PDB-5ek3: Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ek3

タイトル

Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) complexed with NLG919 analogue

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.209 Å

データ登録者

Peng, Y.H. / Wu, J.S. / Wu, S.Y.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Important Hydrogen Bond Networks in Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 (IDO1) Inhibitor Design Revealed by Crystal Structures of Imidazoleisoindole Derivatives with IDO1
著者: Peng, Y.H. / Ueng, S.H. / Tseng, C.T. / Hung, M.S. / Song, J.S. / Wu, J.S. / Liao, F.Y. / Fan, Y.S. / Wu, M.H. / Hsiao, W.C. / Hsueh, C.C. / Lin, S.Y. / Cheng, C.Y. / Tu, C.H. / Lee, L.C. / ...

履歴

登録	2015年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ek3.cif.gz	323.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ek3.ent.gz	262.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ek3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ek3_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ek3_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	5ek3_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	5ek3_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ek2C 5ek4C 5etwC 2d0tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wpe-1 6kof-2 6cxv-1 6e44-2 2d0u-2 6e40-2 7a62-1 5xe1-3 6wjy-2 6e44-4 6azu-2 6e45-2 7a62-2 6azv-2 6e46-4 6kps-2 4u72-2 6e42-4 6dpr-1 6e44-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.745, 92.256, 129.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 45384.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-5PK / (1~{R})-1-cyclohexyl-2-[(5~{S})-5~{H}-imidazo[1,5-b]isoindol-5-yl]ethanol 分子量: 282.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG, Ammonium Fluoride / PH範囲: 5.5-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 50213 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 1.059 / Net I/av σ(I): 24.45 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 223304

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.28	4.4	0.551	4887	0.844	0.3	0.629	1.073	95.2
2.28-2.37	4.4	0.36	4871	0.911	0.196	0.411	1.097	95
2.37-2.48	4.3	0.28	4916	0.948	0.152	0.319	1.097	95.8
2.48-2.61	4.3	0.202	4985	0.968	0.11	0.231	1.052	96.4
2.61-2.77	4.3	0.133	5032	0.986	0.072	0.152	1.021	97.7
2.77-2.99	4.5	0.086	5131	0.994	0.045	0.098	1.046	99
2.99-3.29	4.5	0.064	4803	0.996	0.033	0.072	1.066	92.4
3.29-3.76	4.6	0.048	5182	0.998	0.024	0.053	1.054	99.5
3.76-4.73	4.7	0.037	5242	0.999	0.018	0.041	1.014	99.4
4.73-30	4.5	0.033	5164	0.998	0.016	0.037	1.078	93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2D0T

2d0t

解像度: 2.209→19.822 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	2564	5.12 %
R_work	0.1839	47544	-
obs	0.1864	50108	96.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 173.92 Å² / B_iso mean: 57.0304 Å² / B_iso min: 19.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.209→19.822 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5944	0	128	248	6320
B_iso mean	-	-	38.57	56.21	-
残基数	-	-	-	-	752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	8463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	914
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.046	3707

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2093-2.2517	0.3773	127	0.3325	2427	2554	89
2.2517-2.2976	0.3399	140	0.2895	2558	2698	95
2.2976-2.3475	0.3086	152	0.2572	2551	2703	95
2.3475-2.402	0.3069	144	0.2554	2608	2752	95
2.402-2.462	0.3425	135	0.2411	2601	2736	95
2.462-2.5284	0.275	121	0.2307	2614	2735	96
2.5284-2.6027	0.2666	136	0.232	2621	2757	96
2.6027-2.6865	0.2538	139	0.2283	2669	2808	97
2.6865-2.7823	0.3017	139	0.2146	2674	2813	98
2.7823-2.8933	0.2447	159	0.2277	2672	2831	99
2.8933-3.0246	0.3031	134	0.2223	2728	2862	100
3.0246-3.1834	0.3256	147	0.244	2379	2526	87
3.1834-3.382	0.2838	148	0.2164	2695	2843	99
3.382-3.6416	0.2133	145	0.1881	2746	2891	99
3.6416-4.0054	0.1868	153	0.1489	2750	2903	99
4.0054-4.5787	0.1773	152	0.1291	2784	2936	100
4.5787-5.7453	0.1707	153	0.1275	2807	2960	100
5.7453-19.8232	0.2022	140	0.1528	2660	2800	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9863	-1.4151	2.0908	2.5499	-0.7934	2.0347	-0.0018	0.8521	0.8309	-0.0084	-0.6268	-0.876	-0.3412	1.2219	0.7136	0.4491	-0.0388	0.0423	0.8779	0.2413	0.719	45.2165	3.1184	14.8368
2	4.7847	-0.471	1.1719	3.4797	-0.9434	5.0835	-0.0916	0.4402	0.5732	-0.0482	-0.5062	-0.5426	-0.1118	0.8681	0.4916	0.2717	0.0001	-0.0255	0.5295	0.1417	0.4893	39.6601	0.3175	17.808
3	5.7385	-1.9865	4.7369	1.7649	-1.9981	6.561	0.2131	0.4089	-0.0815	-0.3201	-0.2611	0.1118	0.2457	0.2563	0.018	0.3087	0.0326	0.0099	0.3134	-0.0748	0.3304	21.391	-3.5471	9.34
4	7.0612	-0.7245	2.9647	0.6775	-1.5784	4.9689	-0.1595	-0.3646	0.9671	0.3803	-0.0892	-0.0818	-0.6145	0.168	0.2326	0.587	0.0272	-0.0728	0.3659	-0.1595	0.66	25.1412	7.921	23.6813
5	3.7656	-1.5168	1.9178	1.7423	-0.669	3.1878	-0.0568	-0.0718	0.3239	-0.3174	0.0255	0.2991	-0.2265	-0.3738	0.0856	0.3782	0.0935	-0.0698	0.3239	-0.0406	0.3504	11.8936	2.2936	9.7495
6	5.5296	-6.2172	2.273	6.1146	-4.0138	4.9698	-0.0337	-1.4746	-0.9556	0.2473	0.8933	0.7099	0.006	-0.9591	-0.9403	0.3707	0.0139	0.0062	0.5151	0.1079	0.4545	12.4076	-6.1151	23.2218
7	2.3178	2.7637	-1.1014	4.9789	0.2419	3.9062	-0.1219	0.8658	0.6702	-0.7509	0.2201	0.4041	-0.2273	-0.5075	-0.0556	0.3993	-0.0031	-0.0847	0.4744	0.0183	0.3142	3.2418	31.9406	13.5924
8	4.5864	0.7364	1.0707	5.108	2.164	9.0377	-0.1825	0.356	0.0185	-0.1848	-0.1233	0.809	0.3199	-0.7759	0.2913	0.2519	-0.0893	0.0147	0.4442	-0.0674	0.4769	-13.0062	22.9886	28.6673
9	4.8291	0.0421	-0.5616	5.3978	-2.8793	4.8226	-0.2915	-0.0246	-0.1304	0.1082	-0.0271	0.1152	0.2252	-0.4519	0.2337	0.308	-0.0624	0.0534	0.2664	-0.0966	0.2872	-3.3749	21.4981	31.7732
10	4.072	0.721	-0.8142	4.7439	-1.2057	2.3073	-0.1399	0.2829	0.0964	-0.3314	0.0572	0.2183	0.0189	-0.4285	0.0677	0.2766	-0.0336	-0.0252	0.3376	-0.0517	0.2132	-0.6504	30.0526	24.5086
11	7.0956	0.6442	-5.691	-0.2034	-0.2091	6.6001	-0.1071	0.4457	0.3374	-0.1854	0.1384	-0.063	-0.1381	-0.0504	-0.0727	0.4016	-0.0303	0.0119	0.3295	0.0315	0.3605	19.303	39.4645	17.142
12	4.3306	3.0938	0.3639	5.4349	-0.6926	2.9297	-0.0316	-0.5683	0.1472	0.5432	-0.0994	0.252	0.1093	0.0011	0.1163	0.3031	0.0002	0.016	0.3409	-0.0056	0.2294	5.9249	28.2869	39.8188
13	4.096	0.0112	-1.7899	0.1012	-0.2807	2.6321	0.0695	0.0003	-0.4437	0.3265	-0.0423	-0.0607	0.1867	-0.1048	-0.0801	0.4681	-0.0242	0.0304	0.2642	-0.0555	0.4565	8.7633	17.5543	29.0029
14	6.2959	4.0632	-4.1057	6.2939	-5.1403	6.7671	0.0524	-0.0089	-0.754	-0.0627	-0.4133	-0.5177	0.6112	0.6511	0.4612	0.4599	0.0599	0.0528	0.3496	-0.0579	0.5184	21.6561	20.8821	25.5353
15	9.5267	3.4884	0.4718	5.4871	0.7497	1.0732	-0.531	0.8842	-0.9369	-0.622	0.4032	-0.6309	0.1502	0.1061	0.1998	0.4922	-0.0215	0.1089	0.3799	-0.0421	0.3669	25.7648	26.4762	12.7472
16	1.2675	-0.2627	0.2861	1.8851	-0.3879	1.621	0.2339	-0.2184	0.2904	0.0156	-0.0998	-0.1538	-0.3977	0.4719	-0.3537	0.3076	-0.0512	-0.0063	0.3309	-0.0405	0.2919	26.0128	38.6251	27.0795
17	4.2405	-3.2003	-2.7536	2.5275	2.0413	7.7428	-0.1557	-1.2077	-0.5114	0.4896	-0.2106	0.0972	0.3804	0.7945	0.2728	0.3961	-0.0694	-0.0505	0.4714	0.0133	0.3143	23.672	30.0043	36.739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 72 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 159 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 160 through 240 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 241 through 298 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 299 through 353 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 354 through 403 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 13 through 33 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 34 through 72 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 73 through 104 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 105 through 159 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 160 through 220 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 221 through 240 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 241 through 276 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 277 through 298 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 299 through 325 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 326 through 353 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 354 through 403 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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