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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5eiy | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Bacterial cellulose synthase bound to a substrate analogue | |||||||||
Components |
| |||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / cellulose biosynthesis / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationcellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / cyclic-di-GMP binding / endomembrane system / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Rhodobacter sphaeroides (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.95 Å | |||||||||
Authors | McNamara, J.T. / Zimmer, J. | |||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2016Title: Observing cellulose biosynthesis and membrane translocation in crystallo. Authors: Morgan, J.L. / McNamara, J.T. / Fischer, M. / Rich, J. / Chen, H.M. / Withers, S.G. / Zimmer, J. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5eiy.cif.gz | 580.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5eiy.ent.gz | 473.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5eiy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5eiy_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5eiy_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 5eiy_validation.xml.gz | 54 KB | Display | |
| Data in CIF | 5eiy_validation.cif.gz | 71.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/5eiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/5eiy | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5ej1C ![]() 5ejzC ![]() 4p00S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Putative cellulose ... , 2 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 90014.742 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (bacteria)Strain: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / Gene: RSP_0333 / Production host: ![]() References: UniProt: Q3J125, cellulose synthase (UDP-forming) |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 77013.453 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Strain: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / Gene: RSP_0332 / Production host: ![]() |
-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 2 molecules D
| #3: Protein/peptide | Mass: 783.958 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Production host: ![]() |
|---|---|
| #4: Polysaccharide | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 7 types, 20 molecules 












| #5: Chemical | ChemComp-PLC / | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #6: Chemical | ChemComp-43Y / [( | ||||||||
| #7: Chemical | | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-660 / [[( | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 5.36 Å3/Da / Density % sol: 77.04 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: sodium acetate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 1 / Detector: CCD / Date: Oct 15, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.9→35 Å / Num. obs: 133706 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 5.2 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
|---|
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4P00 Resolution: 2.95→34.92 Å / FOM work R set: 0.7935 / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / Phase error: 28.03 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 239.95 Å2 / Biso mean: 83.94 Å2 / Biso min: 38.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.95→34.92 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Rhodobacter sphaeroides (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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