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万見
- PDB-5ece: Tankyrase 1 with Phthalazinone 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ece
タイトルTankyrase 1 with Phthalazinone 1
要素Tankyrase-1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Tankyrase / Inhibitor / PARP / Centrosome clustering / oncology / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region ...: / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / mitotic spindle pole / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / mRNA transport / nuclear pore / spindle assembly / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / peptidyl-threonine phosphorylation / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / peptidyl-serine phosphorylation / nuclear membrane / histone binding / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / nuclear body / Golgi membrane / cell division / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5N2 / ACETATE ION / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kazmirski, S.L. / Johannes, J. / Read, J.A. / Howard, T. / Larsen, N.A. / Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Discovery of AZ0108, an orally bioavailable phthalazinone PARP inhibitor that blocks centrosome clustering.
著者: Johannes, J.W. / Almeida, L. / Daly, K. / Ferguson, A.D. / Grosskurth, S.E. / Guan, H. / Howard, T. / Ioannidis, S. / Kazmirski, S. / Lamb, M.L. / Larsen, N.A. / Lyne, P.D. / Mikule, K. / ...著者: Johannes, J.W. / Almeida, L. / Daly, K. / Ferguson, A.D. / Grosskurth, S.E. / Guan, H. / Howard, T. / Ioannidis, S. / Kazmirski, S. / Lamb, M.L. / Larsen, N.A. / Lyne, P.D. / Mikule, K. / Ogoe, C. / Peng, B. / Petteruti, P. / Read, J.A. / Su, N. / Sylvester, M. / Throner, S. / Wang, W. / Wang, X. / Wu, J. / Ye, Q. / Yu, Y. / Zheng, X. / Scott, D.A.
履歴
登録2015年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-1
B: Tankyrase-1
C: Tankyrase-1
D: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,32919
ポリマ－97,2224
非ポリマー2,10715
水6,269348
1
A: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8844
ポリマ－24,3061
非ポリマー5783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9465
ポリマ－24,3061
非ポリマー6404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9435
ポリマ－24,3061
非ポリマー6374
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5575
ポリマ－24,3061
非ポリマー2524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.970, 59.980, 77.190
Angle α, β, γ (deg.)86.210, 78.890, 89.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Tankyrase-1 / TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / ...TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / TNKS-1 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase / Tankyrase I


分子量: 24305.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS, PARP5A, PARPL, TIN1, TINF1, TNKS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 363分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-5N2 / 2-[4-[3-[(4-oxidanylidene-3~{H}-phthalazin-1-yl)methyl]phenyl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile


分子量: 450.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H22N6O2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 Sodium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.684→75.593 Å / Num. all: 47363 / Num. obs: 47363 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 34.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.114 / Rrim(I) all: 0.161 / Rsym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 1.753 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 90715
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.321.90.5180.61200063860.5180.518289.5
2.32-2.461.90.3621.31285465930.3620.3622.697.5
2.46-2.631.90.2652.11221762710.2650.2653.597.7
2.63-2.841.90.2121.41124457790.2120.2124.797.8
2.84-3.111.90.1364.61033553350.1360.1366.598
3.11-3.481.90.11.9933048490.10.19.598.3
3.48-4.021.90.0821.5812342610.0820.08212.598.3
4.02-4.921.90.0598.4680136070.0590.05915.398.2
4.92-6.961.80.0569495227640.0560.05614.697.2
6.96-75.5931.90.0539.2285915180.0530.05317.698

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.2.21データスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 2.2→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9404 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9125 / SU R Cruickshank DPI: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.192
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2237 2366 5 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.1833 47321 96.59 %-
原子変位パラメータBiso max: 137.82 Å2 / Biso mean: 37.93 Å2 / Biso min: 12.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1217 Å22.7849 Å2-0.2022 Å2
2---0.8985 Å20.2808 Å2
3---1.0202 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.274 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6555 0 138 348 7041
Biso mean--54.98 37.75 -
残基数----812
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2420SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes165HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1013HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6871HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion836SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7111SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6871HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9230HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.61
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 150 5.09 %
Rwork0.214 2797 -
all0.2163 2947 -
obs--81.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43320.8847-0.12151.42930.02540.8756-0.04790.0126-0.047-0.00860.0773-0.0270.03330.0205-0.0293-0.04-0.12660.016-0.03860.0029-0.169110.545-3.93836.441
20.91180.80750.18121.49840.22281.26610.0335-0.11150.1413-0.0171-0.06710.0931-0.0831-0.11270.0337-0.0556-0.1070.0202-0.016-0.012-0.172521.86-19.0153.12
31.64460.94530.32831.56180.07211.0029-0.0052-0.0402-0.06690.0065-0.0120.04110.0373-0.02230.0172-0.0379-0.10460.0236-0.0460.0029-0.164626.328-29.43839.343
41.92611.7499-0.28222.7244-0.40021.0543-0.15050.091-0.0773-0.31480.0924-0.0060.0663-0.04740.0581-0.0324-0.14030.016-0.04390.0232-0.1549-0.0060.0840.303
51.30330.4295-0.60371.613-0.23021.55080.04790.0049-0.11690.0237-0.0204-0.22910.0103-0.0878-0.0276-0.0395-0.1155-0.04170.07340.04660.104322.025-18.00927.498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1104 - A|1316 }A1104 - 1316
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1104 - B|1314 }B1104 - 1314
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1104 - C|1315 }C1104 - 1315
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|1104 - D|1316 }D1104 - 1316
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|1402 - A|1402 C|1403 - C|1403 B|1403 - B|1403 }A1402
6X-RAY DIFFRACTION5{ A|1402 - A|1402 C|1403 - C|1403 B|1403 - B|1403 }C1403
7X-RAY DIFFRACTION5{ A|1402 - A|1402 C|1403 - C|1403 B|1403 - B|1403 }B1403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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