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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e0i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HBV capsid Y132A mutant (VCID 8772) in complex with NVR10-001E2 at 1.95A resolution | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / NVR10-001E2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Lukacs, C.M. / Abendroth, J. / Klumpp, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: High-resolution crystal structure of a hepatitis B virus replication inhibitor bound to the viral core protein. 著者: Klumpp, K. / Lam, A.M. / Lukacs, C. / Vogel, R. / Ren, S. / Espiritu, C. / Baydo, R. / Atkins, K. / Abendroth, J. / Liao, G. / Efimov, A. / Hartman, G. / Flores, O.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e0i.cif.gz | 368.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e0i.ent.gz | 302.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/5e0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/5e0i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4bmgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17688.203 Da / 分子数: 6 / 断片: HBV CAPSID Y132A / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス) 株: isolate United Kingdom/adyw/1979 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03147 #2: 化合物 | ChemComp-5J6 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M AMMONIUM CITRATE/CITRIC ACID PH 6.5, 9% ISOPROPANOL, 10% PEG 3350, 10% MPD, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 96089 / Num. obs: 95947 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.74 % / Biso Wilson estimate: 26.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 11.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.77 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BMG 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 8.92 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
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拘束条件 |
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