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- PDB-5dxt: p110alpha with GDC-0326 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dxt
タイトルp110alpha with GDC-0326
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードTransferase/Inhibitor / lipid kinase / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / IRS-mediated signalling / autosome genomic imprinting / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / cellular response to hydrostatic pressure ...response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / IRS-mediated signalling / autosome genomic imprinting / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / cellular response to hydrostatic pressure / regulation of cellular respiration / positive regulation of protein localization to membrane / Activated NTRK2 signals through PI3K / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Activated NTRK3 signals through PI3K / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / vasculature development / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / cardiac muscle cell contraction / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / Nephrin family interactions / anoikis / Signaling by LTK in cancer / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Signaling by LTK / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / relaxation of cardiac muscle / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / negative regulation of macroautophagy / PI-3K cascade:FGFR2 / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / response to dexamethasone / negative regulation of anoikis / RET signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / protein kinase activator activity / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / regulation of multicellular organism growth / intercalated disc / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of TOR signaling / RAC2 GTPase cycle / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / GAB1 signalosome / Role of phospholipids in phagocytosis / adipose tissue development / phagocytosis / endothelial cell migration / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Signaling by FGFR4 in disease / positive regulation of lamellipodium assembly / energy homeostasis / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / cardiac muscle contraction / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / response to muscle stretch / T cell costimulation / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / Downstream signal transduction / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / liver development / response to activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Regulation of signaling by CBL / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to glucose stimulus / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. ...PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5H5 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Heffron, T.P. / Heald, R.A. / Ndubaku, C. / Wei, B.Q. / Augustin, M. / Do, S. / Edgar, K. / Eigenbrot, C. / Friedman, L. / Gancia, E. ...Heffron, T.P. / Heald, R.A. / Ndubaku, C. / Wei, B.Q. / Augustin, M. / Do, S. / Edgar, K. / Eigenbrot, C. / Friedman, L. / Gancia, E. / Jackson, P.S. / Jones, G. / Kolesnikov, A. / Lee, L.B. / Lesnick, J.D. / Lewis, C. / McLean, N. / Mortle, M. / Nonomiya, J. / Pang, J. / Price, S. / Prior, W.W. / Salphati, L. / Sideris, S. / Staben, S.T. / Steinbacher, S. / Tsui, V. / Wallin, J. / Sampath, D. / Olivero, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Rational Design of Selective Benzoxazepin Inhibitors of the alpha-Isoform of Phosphoinositide 3-Kinase Culminating in the Identification of (S)-2-((2-(1-Isopropyl-1H-1,2,4-triazol-5- ...タイトル: The Rational Design of Selective Benzoxazepin Inhibitors of the alpha-Isoform of Phosphoinositide 3-Kinase Culminating in the Identification of (S)-2-((2-(1-Isopropyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-5,6-dihydrobenzo[f]imidazo[1,2-d][1,4]oxazepin-9-yl)oxy)propanamide (GDC-0326).
著者: Heffron, T.P. / Heald, R.A. / Ndubaku, C. / Wei, B. / Augistin, M. / Do, S. / Edgar, K. / Eigenbrot, C. / Friedman, L. / Gancia, E. / Jackson, P.S. / Jones, G. / Kolesnikov, A. / Lee, L.B. / ...著者: Heffron, T.P. / Heald, R.A. / Ndubaku, C. / Wei, B. / Augistin, M. / Do, S. / Edgar, K. / Eigenbrot, C. / Friedman, L. / Gancia, E. / Jackson, P.S. / Jones, G. / Kolesnikov, A. / Lee, L.B. / Lesnick, J.D. / Lewis, C. / McLean, N. / Mortl, M. / Nonomiya, J. / Pang, J. / Price, S. / Prior, W.W. / Salphati, L. / Sideris, S. / Staben, S.T. / Steinbacher, S. / Tsui, V. / Wallin, J. / Sampath, D. / Olivero, A.G.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4983
ポリマ－112,0541
非ポリマー4442
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.507, 133.672, 141.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 112053.500 Da / 分子数: 1 / 断片: PI3-KINASE P110 ALPHA, UNP residues 107-1068 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-5H5 / (2S)-2-({2-[1-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepin-9-yl}oxy)propanamide / GDC-0326 / GDC-0326


分子量: 382.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N6O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 20000 / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→97.12 Å / Num. obs: 51953 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→97.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 13.795 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26196 1388 2.7 %RANDOM
Rwork0.22721 ---
obs0.22812 50478 97.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å20 Å2
2--1.54 Å20 Å2
3----2.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.227 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→97.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7187 0 32 198 7417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0511.969714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.882314875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0665869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13224.277332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.798151209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.931540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1490.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1260.26169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1540.23377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0730.23674
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0780.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0690.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.0940.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.06825703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.15821757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27337063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84743280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.60362651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 115 -
Rwork0.303 3667 -
obs--97.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5293-1.6732-0.77383.1028-0.40092.2009-0.0047-0.4420.02940.80360.0531-0.44080.28980.5789-0.0484-0.13010.0436-0.0285-0.0276-0.0313-0.123516.251-3.45336.974
21.8732.0862-1.61612.8093-0.68054.8555-0.160.2807-0.2526-0.20070.12280.0671.0756-0.27490.03710.1936-0.01470.0274-0.2265-0.0347-0.1168.641-19.8243.953
30.8857-0.1226-1.14430.17490.17384.25760.05630.09610.0524-0.08730.0214-0.0535-0.22940.2795-0.0776-0.262-0.0184-0.0011-0.1997-0.0333-0.199316.0263.978.438
41.7478-0.62530.60441.5706-0.68623.24280.0535-0.2221-0.07360.07450.09930.3035-0.0315-0.5538-0.1529-0.25840.03490.0078-0.1327-0.037-0.1871-10.6796.62534.236
55.188212.517-5.218730.9197-12.51755.25680.21160.01310.79190.4317-0.86550.694-0.7538-0.03660.6539-0.0060.10110.0555-0.064-0.1271-0.0103-3.62121.96745.299
64.3186-1.2786-0.95872.66820.4742.9038-0.05280.35740.2291-0.20480.10510.3164-0.3976-0.4869-0.0523-0.11720.0448-0.0372-0.09030.0928-0.111-13.75321.25512.83
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A107 - 165
2X-RAY DIFFRACTION1A291 - 310
3X-RAY DIFFRACTION2A322 - 487
4X-RAY DIFFRACTION3A488 - 699
5X-RAY DIFFRACTION4A700 - 785
6X-RAY DIFFRACTION4A796 - 850
7X-RAY DIFFRACTION5A786 - 795
8X-RAY DIFFRACTION6A851 - 1333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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