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- PDB-5dl1: ClpP from Staphylococcus aureus in complex with AV145 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dl1
タイトルClpP from Staphylococcus aureus in complex with AV145
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / caseinolytic protease / allosteric regulation / binding analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5C2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vielberg, M.-T. / Groll, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Reversible Inhibitors Arrest ClpP in a Defined Conformational State that Can Be Revoked by ClpX Association.
著者: Pahl, A. / Lakemeyer, M. / Vielberg, M.T. / Hackl, M.W. / Vomacka, J. / Korotkov, V.S. / Stein, M.L. / Fetzer, C. / Lorenz-Baath, K. / Richter, K. / Waldmann, H. / Groll, M. / Sieber, S.A.
履歴
登録2015年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22018年10月24日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,65528
ポリマ－301,51114
非ポリマー5,14414
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.820, 97.750, 131.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
12H
22I
32J
42K
52L
62M
72N

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 300
2111B1 - 300
3111C1 - 300
4111D1 - 300
5111E1 - 300
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7111G1 - 300
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5121L1 - 300
6121M1 - 300
7121N1 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.80939, -0.539985, -0.230875), (0.573289, 0.641226, 0.510068), (-0.127386, -0.545202, 0.82857)-0.94318, -0.81654, -0.47923
3given(0.368236, -0.663598, -0.651183), (0.748272, -0.204162, 0.631194), (-0.551807, -0.719691, 0.421372)-1.21225, -2.15363, -1.36507
4given(-0.018531, -0.257456, -0.966112), (0.394383, -0.889812, 0.229558), (-0.918759, -0.376764, 0.118025)-1.04901, -3.27843, -1.54321
5given(0.793392, 0.5885, -0.155556), (-0.565262, 0.61748, -0.546989), (-0.225851, 0.521906, 0.82256)1.34592, -1.42974, 0.98888
6given(0.336767, 0.747693, -0.572314), (-0.667345, -0.239263, -0.705269), (-0.664258, 0.619442, 0.418394)1.27097, -3.40412, 1.07217
7given(-0.032465, 0.369485, -0.928669), (-0.239684, -0.904924, -0.351659), (-0.970308, 0.211171, 0.117938)0.19252, -4.36787, -0.53413
8given(1), (1), (1)
9given(0.805719, 0.573442, -0.14826), (-0.549653, 0.630641, -0.547881), (-0.220679, 0.522929, 0.823314)1.04413, -0.88179, 0.92897
10given(0.35358, 0.751144, -0.557463), (-0.660983, -0.221059, -0.717101), (-0.661878, 0.622026, 0.418332)0.84248, -2.00952, 0.99828
11given(-0.025122, 0.377298, -0.925751), (-0.250841, -0.898796, -0.359505), (-0.967702, 0.223184, 0.117222)-0.5403, -4.23933, -0.48753
12given(0.799272, -0.554543, -0.231615), (0.58268, 0.620725, 0.524581), (-0.147133, -0.55424, 0.819249)-1.0737, -0.57693, -1.00936
13given(0.353505, -0.661639, -0.661263), (0.754165, -0.216632, 0.619925), (-0.553417, -0.717847, 0.422404)-1.45433, -1.54582, -1.56928
14given(-0.029389, -0.243634, -0.969422), (0.38936, -0.896028, 0.213385), (-0.920617, -0.371183, 0.121194)-2.36632, -2.71699, -1.7307

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 21536.531 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: clpP, SAB0722 / プラスミド: pET301 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q2YSF8, UniProt: Q2G036*PLUS, endopeptidase Clp
#2: 化合物
ChemComp-5C2 / 1-(propan-2-yl)-N-{[2-(thiophen-2-yl)-1,3-oxazol-4-yl]methyl}-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxamide / AV-145


分子量: 367.425 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17N5O2S

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 200 mM KNO3, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 56975 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V5E

3v5e


解像度: 3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 73.661 / SU ML: 0.564 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27409 2849 5 %RANDOM
Rwork0.25162 ---
obs0.25273 54126 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 116.775 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.55 Å20 Å211.28 Å2
2--1.82 Å2-0 Å2
3----9.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20342 0 364 0 20706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0220496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8931.99728378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7343.00447138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.252604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.87125.455924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.271153794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.32915112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.23276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0223660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.98341496
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.306541202
Refine LS restraints NCS

数: 2943 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A6.36
12B7.85
13C6.22
14D6.09
15E6.81
16F6.65
17G6.61
21H6.34
22I7.57
23J6.34
24K5.69
25L7.88
26M7.42
27N7.05
LS精密化 シェル解像度: 3→3.075 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 203 -
Rwork0.37 3852 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21960.4011-0.01150.9987-0.93211.0152-0.18920.2259-0.0133-0.14480.1485-0.05390.1499-0.16090.04070.3006-0.194-0.27150.4793-0.19460.6513-34.0061-19.8048-1.2794
21.7620.1856-1.44441.003-0.10532.64490.19510.0740.15810.03460.086-0.117-0.505-0.513-0.28120.33150.0629-0.29770.55040.0840.5744-37.54396.1116-2.7166
30.85970.03970.23291.34461.09881.38970.0162-0.33490.0222-0.1690.2615-0.0467-0.74440.2794-0.27771.0437-0.23890.01380.36180.00850.7796-25.332125.301710.2481
41.0123-0.91630.69531.81060.35441.98950.1344-0.12250.0478-0.0184-0.0791-0.2371-0.34420.3292-0.05530.6065-0.596-0.16330.875-0.08450.8332-6.148923.093928.0763
51.34270.41510.30171.229-0.04612.2842-0.25420.006-0.1920.16650.06860.18090.79350.35650.18560.57710.1768-0.09320.4104-0.11830.8386-17.1467-33.336113.6837
60.90940.31670.1180.67890.97521.8965-0.2643-0.1301-0.16750.21710.09960.16310.63540.82420.16470.42060.3271-0.17291.04880.01220.78620.6286-23.909230.7734
70.2636-0.3142-0.8223.1023-0.29493.1796-0.0336-0.22450.04690.1510.0638-0.07020.01820.8959-0.03020.2381-0.2231-0.38131.4379-0.090.84675.53421.175437.0976
81.67220.0082-0.19650.71310.94211.3715-0.0785-0.34360.08990.1830.1139-0.05490.35440.4259-0.03540.41440.2275-0.33950.60180.16380.5872-27.5962-21.330966.1185
90.80660.01130.37281.47410.281.02240.0304-0.03410.15280.02620.12440.1628-0.21120.66-0.15480.3818-0.1974-0.28430.7221-0.14160.5679-26.21674.774569.1238
101.72160.21270.35761.3564-1.10911.91050.09040.25660.0714-0.13930.01110.0332-0.4978-0.0722-0.10150.7833-0.0625-0.10090.3253-0.10580.668-40.385323.421856.9508
110.65570.83380.54891.87090.02811.2369-0.02140.1036-0.00330.05310.030.079-0.3434-0.1977-0.00860.56090.3231-0.10840.67990.0080.8398-59.487720.02238.9976
121.39690.3230.26910.82940.01283.1169-0.1676-0.1096-0.0840.024-0.062-0.0860.7057-0.00810.22970.6715-0.0441-0.15630.18460.07390.7108-43.1673-35.383550.253
130.2442-0.15630.560.9168-0.8372.717-0.04910.12830.0790.1298-0.0118-0.07880.5649-0.30340.06090.4839-0.3244-0.23180.6139-0.09680.7103-61.6234-27.009233.6068
140.210.2315-0.7061.95350.28173.04340.04250.22010.01480.12580.0068-0.0535-0.0941-0.8214-0.04930.15430.1254-0.33520.9932-0.00590.8433-68.9723-2.360628.7054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 193
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 193
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 193
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13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 193
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 193

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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