登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d0b |
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タイトル | Crystal structure of epoxyqueuosine reductase with a tRNA-TYR epoxyqueuosine-modified tRNA stem loop |
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要素 | - Epoxyqueuosine reductase
- RNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*UP*(56B)P*UP*AP*AP*AP*UP*CP*UP*GP*C)-3')
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キーワード | oxidoreductase/RNA / B12 / tRNA modification / HEAT-domain / queuosine / oxidoreductase-RNA complex |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
epoxyqueuosine reductase / epoxyqueuosine reductase activity / tRNA modification / queuosine biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm類似検索 - 分子機能 Epoxyqueuosine reductase QueG / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / 4Fe-4S double cluster binding domain / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / HEAT repeats / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. ...Epoxyqueuosine reductase QueG / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / 4Fe-4S double cluster binding domain / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / HEAT repeats / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold類似検索 - ドメイン・相同性 COBALAMIN / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / Epoxyqueuosine reductase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) Escherichia coli (大腸菌) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.645 Å |
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データ登録者 | Dowling, D.P. / Miles, Z.D. / Kohrer, C. / Bandarian, V. / Drennan, C.L. |
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資金援助 | 米国, 2件 組織 | 認可番号 | 国 |
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Howard Hughes Medical Institute (HHMI) | | 米国 | National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) | GM72623 | 米国 |
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: Molecular basis of cobalamin-dependent RNA modification. 著者: Dowling, D.P. / Miles, Z.D. / Kohrer, C. / Maiocco, S.J. / Elliott, S.J. / Bandarian, V. / Drennan, C.L. |
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履歴 | 登録 | 2015年8月3日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2016年9月28日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2016年10月5日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2016年12月14日 | Group: Database references |
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改定 1.3 | 2017年9月20日 | Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization |
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改定 1.4 | 2019年11月20日 | Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization |
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改定 1.5 | 2023年9月27日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id |
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