PDB-5cpo: Crystal structure of XenA from Pseudomonas putida in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cpo

タイトル

Crystal structure of XenA from Pseudomonas putida in complex with an NADH mimic (mBu)

要素

Xenobiotic reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / XenA / mimic mBu

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Levy, C.W.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Better than Nature: Nicotinamide Biomimetics That Outperform Natural Coenzymes.
著者: Knaus, T. / Paul, C.E. / Levy, C.W. / de Vries, S. / Mutti, F.G. / Hollmann, F. / Scrutton, N.S.

履歴

登録	2015年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cpo.cif.gz	286.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cpo.ent.gz	232.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cpo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cpo_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cpo_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5cpo_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	5cpo_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/5cpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/5cpo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cplC 5cpmC 5cpnC 2h90S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l68-1 5cpl-d 4utl-1 3l5m-1 4uti-1 3l5l-1 2ahf-d 5gxh-d 5lnj-1 3gr8-3 6igb-d 1z48-d 4utm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Xenobiotic reductase

B: Xenobiotic reductase

ヘテロ分子

83.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.110, 84.140, 156.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Xenobiotic reductase / Xenobiotic reductase A 分子量: 40964.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xenA / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R9V9
#2: 化合物	ChemComp-XEN / 1-butyl-1,4,5,6-tetrahydropyridine-3-carboxamide 分子量: 182.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈N₂O
#3: 化合物	ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₄O₉P
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate buffer pH 6.5, 40% v/v PEG 300 (JCSG+ HT96 A10 Molecular Dimensions).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→57.38 Å / Num. obs: 91730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.1103 / Net I/σ(I): 12.48
反射シェル	解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.618 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1977	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2H90

2h90

解像度: 1.65→57.38 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1867	4506	4.91 %	RAndom
R_work	0.1568	-	-	-
obs	0.1583	91681	99.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→57.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5552	0	89	694	6335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5858
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.243	7991
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.753	2057
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	835
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1050

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6688	0.3328	136	0.344	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6688-1.6884	0.3536	151	0.3317	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6884-1.709	0.3589	137	0.3054	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.7306	0.3245	158	0.2913	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7306-1.7534	0.2818	143	0.2732	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7534-1.7774	0.2738	155	0.2609	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7774-1.8028	0.2707	136	0.2452	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8028-1.8297	0.3297	141	0.229	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8297-1.8583	0.2396	156	0.2085	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8583-1.8888	0.2398	143	0.1983	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8888-1.9213	0.2256	132	0.1855	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9213-1.9563	0.2066	147	0.179	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9563-1.9939	0.1982	156	0.1825	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9939-2.0346	0.2022	133	0.1701	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0346-2.0789	0.2131	154	0.156	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0789-2.1272	0.2057	161	0.1534	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1272-2.1804	0.1979	160	0.1449	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1804-2.2394	0.1733	157	0.1403	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2394-2.3053	0.1905	159	0.1407	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3053-2.3797	0.1606	169	0.1337	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3797-2.4647	0.1976	154	0.1313	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4647-2.5634	0.1657	150	0.1288	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5634-2.6801	0.1622	145	0.1242	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6801-2.8214	0.1853	140	0.13	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8214-2.9981	0.1678	135	0.1456	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9981-3.2296	0.164	145	0.1531	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2296-3.5546	0.1695	156	0.1407	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5546-4.0688	0.1577	157	0.1279	2979	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0688-5.1258	0.1392	170	0.1224	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1258-57.4193	0.1739	170	0.1666	3145	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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