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- PDB-5cfu: Crystal Structure of ANT(2")-Ia in complex with adenylyl-2"-tobramycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cfu
タイトルCrystal Structure of ANT(2")-Ia in complex with adenylyl-2"-tobramycin
要素Aminoglycoside Nucleotidyltransferase (2")-Ia
キーワードtransferase/antibiotic / antibiotic resistance / nucleotidyltransferase / AMPCPP / tobramycin / modified aminoglycoside / Rossmann fold / transferase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Beta Polymerase; domain 2 - #40 / Beta Polymerase; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
'adenylyl-2"-tobramycin' / 1,4-BUTANEDIOL / : / PYROPHOSPHATE 2- / AadB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Rodionov, D. / Bassenden, A.V. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)CIHR MOP-13107 カナダ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Revisiting the Catalytic Cycle and Kinetic Mechanism of AminoglycosideO-Nucleotidyltransferase(2′′): A Structural and Kinetic Study.
著者: Bassenden, A.V. / Park, J. / Rodionov, D. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2015年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside Nucleotidyltransferase (2")-Ia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4939
ポリマ－20,9651
非ポリマー1,5298
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.090, 41.910, 47.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aminoglycoside Nucleotidyltransferase (2")-Ia / AadB


分子量: 20964.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aadB, TNCP6 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6X3H6

-
非ポリマー , 5種, 221分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-51H / adenylyl-2"-tobramycin / (2S,3R,4S,5S,6R)-4-amino-2-{[(1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2R,3R,5S,6R)-3-amino-6-(aminomethyl)-5-hydroxytetrahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl hydrogen (S)-phosphate (non-preferred name)


分子量: 796.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H49N10O15P
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.5, 22% 1,4- butanediol, 1mM MnCl2, 10 mM ATP, 10mM tobramycin

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日 / 詳細: 2x2 binning
放射モノクロメーター: Rigaku VariMax-HF focusing mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→30.83 Å / Num. obs: 15735 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 18.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 41.8 / Num. measured all: 311166
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
1.82-1.879.80.6273.81086411110.21696.5
8.14-30.8318.80.014187.536911960.00498.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
StructureStudio2.2.1データ収集
xia20.3.7.0データスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XJE

4xje


解像度: 1.82→30.828 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1724 802 5.1 %Random selection
Rwork0.1376 14923 --
obs0.1394 15725 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.03 Å2 / Biso mean: 25.6569 Å2 / Biso min: 9.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→30.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1379 0 92 213 1684
Biso mean--25.78 37.99 -
残基数----174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2842070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.569573
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.82-1.93410.24421280.17312425255398
1.9341-2.08340.15991380.144224782616100
2.0834-2.2930.18171280.130824812609100
2.293-2.62460.16181270.130425002627100
2.6246-3.30610.16781360.137524892625100
3.3061-30.83260.16661450.134525502695100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9564-0.1401-0.57531.73190.25032.70530.1383-0.04280.20520.2023-0.03330.0025-0.1839-0.1748-0.10110.1747-0.027-0.00080.1125-0.0150.1236-6.41143.587-6.035
21.6979-0.1332-0.71911.73520.7232.45780.08390.14510.02090.0749-0.15540.07260.041-0.32540.03650.0863-0.011-0.01350.1348-0.00480.1073-8.0332-4.5342-12.9792
31.5219-0.0343-0.36013.61320.90591.69290.0610.25010.1099-0.19980.0747-0.035-0.06490.0453-0.11690.14030.0170.0280.14540.01760.18183.7821-2.6748-26.6262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 41 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 149 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 176 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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