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万見
- PDB-5c5e: Structure of KaiA dimer in complex with C-terminal KaiC peptide a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c5e
タイトルStructure of KaiA dimer in complex with C-terminal KaiC peptide at 2.8 A resolution
要素
  • Circadian clock protein KaiA
  • KaiC C-terminal peptide
キーワードTRANSCRIPTION / Clock protein KaiA-KaiC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of redox state / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity ...detection of redox state / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
KaiA/RbsU domain / Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / KaiA/RbsU helical domain superfamily ...KaiA/RbsU domain / Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / KaiA/RbsU helical domain superfamily / Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / KaiC-like domain / KaiC / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-52M / Circadian clock oscillator protein KaiC / Circadian clock oscillator protein KaiA
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Pattanayek, R. / Egli, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM073845 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Protein-Protein Interactions in the Cyanobacterial Circadian Clock: Structure of KaiA Dimer in Complex with C-Terminal KaiC Peptides at 2.8 angstrom Resolution.
著者: Pattanayek, R. / Egli, M.
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock protein KaiA
G: KaiC C-terminal peptide
B: Circadian clock protein KaiA
H: KaiC C-terminal peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3006
ポリマ－71,4854
非ポリマー8152
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10860 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area28360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.430, 97.430, 124.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Circadian clock protein KaiA


分子量: 33495.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiA, Synpcc7942_1218, see0009 / プラスミド: PET32A+ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q79PF6
#2: タンパク質・ペプチド KaiC C-terminal peptide


分子量: 2247.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q79PF4*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-52M / 2-(6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-yl)-5-[(sulfanylcarbonyl)amino]benzoic acid / [3-カルボキシ-4-(6-ヒドロキシ-3-オキソ-3H-キサンテン-9-イル)フェニル]チオカルバミド酸


分子量: 407.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H13NO6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 180 mM ammonium sulfate, 85 mM sodium cacodylate pH 6.8, 20% PEG 8000 and 15% glycerol in the reservoir.
PH範囲: 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→46.192 Å / Num. obs: 15075 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/av σ(I): 37.1 / Net I/σ(I): 37.1
反射 シェル解像度: 2.82→2.89 Å / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G86

4g86


解像度: 2.82→46.192 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3029 732 4.87 %Random selection
Rwork0.2397 ---
obs0.243 15027 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→46.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4862 0 58 98 5018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8136795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0591897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003893
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.82-3.03770.3651540.26692782X-RAY DIFFRACTION100
3.0377-3.34340.39081180.27892824X-RAY DIFFRACTION100
3.3434-3.8270.30571530.24792813X-RAY DIFFRACTION100
3.827-4.82070.28131430.20912869X-RAY DIFFRACTION100
4.8207-46.19820.27981640.24133007X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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