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- PDB-5c4q: Crystal Structure Analysis of bromodomain from Leishmania donovan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c4q
タイトルCrystal Structure Analysis of bromodomain from Leishmania donovani complexed with bromosporine
要素Bromodomain
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics Consortium / SGC / Bromodomain / Bromosporine / Leishmania donovani
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromosporine / Bromodomain factor 2 protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.932 Å
データ登録者Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M. / Hou, C.F.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure Analysis of bromodomain from Leishmania donovani complexed with bromosporine
著者: Jiang, D.Q. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M. / Hou, C.F.D.
履歴
登録2015年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain
B: Bromodomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,69013
ポリマ－28,8812
非ポリマー80911
水2,522140
1
A: Bromodomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8456
ポリマ－14,4401
非ポリマー4045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8457
ポリマ－14,4401
非ポリマー4046
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.916, 34.385, 86.463
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly of the protein indicated by Mass spectrometry and Gel filtration is monomer.

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain


分子量: 14440.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (strain BPK282A1) (ドノバンリーシュマニア)
株: BPK282A1 / 遺伝子: LDBPK_363130 / プラスミド: V3R pRARE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E9BU22
#2: 化合物 ChemComp-BMF / Bromosporine / ethyl (3-methyl-6-{4-methyl-3-[(methylsulfonyl)amino]phenyl}[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-8-yl)carbamate


分子量: 404.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N6O4S
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→20 Å / Num. obs: 16741 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.524 / Net I/av σ(I): 14.418 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 61331
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.93-1.9620.4455380.7560.3290.5570.67661.6
1.96-22.30.3866440.7890.2780.4790.70672.6
2-2.042.70.3797020.8520.2530.4590.67282
2.04-2.082.90.3377730.8840.2160.4030.6990
2.08-2.123.20.3228470.8840.20.3810.73495.1
2.12-2.173.50.3298460.9260.1970.3851.47397.1
2.17-2.233.70.2498530.9430.1480.290.75599.6
2.23-2.293.80.238950.950.1340.2670.85599.6
2.29-2.3640.2328550.9530.1340.2680.88999.8
2.36-2.4340.1978930.9580.1140.2290.944100
2.43-2.5240.1688610.970.0960.1940.84799.8
2.52-2.6240.1619030.9730.0930.1860.966100
2.62-2.7440.1428570.9820.0810.1640.976100
2.74-2.8840.1168750.9850.0660.1351.147100
2.88-3.0640.0988850.9890.0560.1141.298100
3.06-3.340.088870.9880.0450.0921.973100
3.3-3.6340.0668870.9880.0380.0772.595100
3.63-4.1540.0628980.990.0360.0723.432100
4.15-5.2140.0529080.9960.0290.062.898100
5.21-203.80.0559340.9960.0320.0633.43299.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HBW

4hbw


解像度: 1.932→19.16 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Bromosporine restraints generated by PHENIX.ELBOW were modified to restrain coordinates of the lactamate moiety in a single plane, prompted by a MOGUL query of related structures in the ...詳細: Bromosporine restraints generated by PHENIX.ELBOW were modified to restrain coordinates of the lactamate moiety in a single plane, prompted by a MOGUL query of related structures in the Cambridge Structural Database.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 802 4.79 %
Rwork0.1814 15936 -
obs0.1842 16738 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.05 Å2 / Biso mean: 23.9427 Å2 / Biso min: 10.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.932→19.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 0 91 140 2057
Biso mean--26.04 28 -
残基数----232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0322691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.493698
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9324-2.05340.3057990.23641990208972
2.0534-2.21170.27511210.20032674279596
2.2117-2.43390.25611360.191827902926100
2.4339-2.78510.28561760.201527602936100
2.7851-3.50550.26991300.180128182948100
3.5055-19.16060.17461400.158129043044100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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