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- PDB-5c37: Structure of the beta-ketoacyl reductase domain of human fatty ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c37
タイトルStructure of the beta-ketoacyl reductase domain of human fatty acid synthase bound to a spiro-imidazolone inhibitor
要素Fatty acid synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE Inhibitor / fatty acid synthase / inhibitor / beta-ketoacyl reductase / cancer / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / establishment of endothelial intestinal barrier / glycogen granule / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity ...fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / establishment of endothelial intestinal barrier / glycogen granule / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / host-mediated perturbation of viral process / ChREBP activates metabolic gene expression / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / acetyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / mammary gland development / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / fatty acid synthase activity / monocyte differentiation / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to nutrient / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / osteoblast differentiation / melanosome / cadherin binding / inflammatory response / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain ...: / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4XN / Chem-NDP / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schubert, C. / Milligan, C.M. / Vo, K. / Grasberger, B.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2018
タイトル: Design and synthesis of a series of bioavailable fatty acid synthase (FASN) KR domain inhibitors for cancer therapy.
著者: Lu, T. / Schubert, C. / Cummings, M.D. / Bignan, G. / Connolly, P.J. / Smans, K. / Ludovici, D. / Parker, M.H. / Meyer, C. / Rocaboy, C. / Alexander, R. / Grasberger, B. / De Breucker, S. / ...著者: Lu, T. / Schubert, C. / Cummings, M.D. / Bignan, G. / Connolly, P.J. / Smans, K. / Ludovici, D. / Parker, M.H. / Meyer, C. / Rocaboy, C. / Alexander, R. / Grasberger, B. / De Breucker, S. / Esser, N. / Fraiponts, E. / Gilissen, R. / Janssens, B. / Peeters, D. / Van Nuffel, L. / Vermeulen, P. / Bischoff, J. / Meerpoel, L.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid synthase
C: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,72310
ポリマ－144,0982
非ポリマー2,6248
水4,234235
1
A: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2984
ポリマ－72,0491
非ポリマー1,2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Fatty acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4256
ポリマ－72,0491
非ポリマー1,3765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.080, 80.520, 96.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Fatty acid synthase


分子量: 72049.234 Da / 分子数: 2
断片: PsiME/PsiKR/KR Tri-Domain (UNP residues 1108-1523, 1877-2122)
変異: F1880G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FASN, FAS / プラスミド: Bacmagic 2 / Cell (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3- ...参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific), oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase

-
非ポリマー , 5種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-4XN / 6-{[(3R)-1-(cyclopropylcarbonyl)pyrrolidin-3-yl]methyl}-5-[4-(1-methyl-1H-indazol-5-yl)phenyl]-4,6-diazaspiro[2.4]hept-4-en-7-one


分子量: 467.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29N5O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, Tris, KCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47 Å / Num. obs: 56916 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.25 Å2 / Rmerge F obs: 0.132 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 13.89 / Num. measured all: 191546
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.3-2.363.21.0350.621.9912829418640610.74497
2.36-2.420.7740.5092.5513751414541330.60799.7
2.42-2.490.6190.4173.2713852396439480.49199.6
2.49-2.570.5130.373.9513598389338780.43799.6
2.57-2.660.3830.2775.0712970375437420.32899.7
2.66-2.750.3110.2156.2412435367636520.25599.3
2.75-2.850.2490.1817.2611547352535110.21799.6
2.85-2.970.180.1379.2411352339733860.16399.7
2.97-3.10.1220.10412.1211334326532460.12399.4
3.1-3.250.0930.07914.8810693309330730.09399.4
3.25-3.430.0730.06617.2310186297629590.07899.4
3.43-3.640.0540.04920.489038281527880.05999
3.64-3.890.0430.04224.088521264626160.0598.9
3.89-4.20.0330.03528.028203246724330.04298.6
4.2-4.60.0260.03232.497660226822420.03898.9
4.6-5.140.0270.03131.736642205620330.03798.9
5.14-5.940.030.03230.055704183118090.03998.8
5.94-7.270.0240.02835.265258155915450.03499.1
7.27-10.290.020.02439.273795120511840.02998.3
10.29-470.0170.02441.6721786976770.02897.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEJanuary 30, 2009データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSJanuary 30, 2009データ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VZ9

2vz9


解像度: 2.3→47 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 2029 3.57 %Random
Rwork0.2097 ---
obs0.2112 56850 99.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9292 0 175 235 9702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7413172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9163465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.35061410.30923774X-RAY DIFFRACTION97
2.3575-2.42130.31741270.29743923X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.49250.30371370.28273876X-RAY DIFFRACTION99
2.4925-2.5730.33351520.27613911X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.66490.31391600.26313911X-RAY DIFFRACTION100
2.6649-2.77160.30271290.25423937X-RAY DIFFRACTION100
2.7716-2.89770.3011570.24933879X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-3.05050.28591500.2353920X-RAY DIFFRACTION100
3.0505-3.24160.26171400.22513962X-RAY DIFFRACTION100
3.2416-3.49180.25661480.21473917X-RAY DIFFRACTION99
3.4918-3.8430.21461440.18793912X-RAY DIFFRACTION99
3.843-4.39870.21571440.17453942X-RAY DIFFRACTION99
4.3987-5.54060.19511380.17223954X-RAY DIFFRACTION99
5.5406-47.01390.25161620.19324003X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5411-0.21570.54991.1908-0.01630.447-0.0323-0.4081-0.13430.21340.0170.09840.0582-0.2308-0.68820.4782-0.0146-0.00880.44660.18130.377822.41654.23199.5704
20.53320.16140.06490.25550.03250.1594-0.2070.1748-0.64540.15220.02060.1770.17250.0615-0.07980.54850.07240.07050.39850.03440.792827.1203-10.78980.8564
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40.2831-0.2071-0.21260.3987-0.09470.3740.1041-0.1743-0.04170.3053-0.154-0.50180.01220.28090.06340.50670.0728-0.14330.45530.19040.575538.03433.72522.6847
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91.04840.531-0.71080.8153-0.31510.3995-0.1086-0.0452-0.312-0.1567-0.0942-0.32020.2074-0.0509-0.00030.5370.0177-0.02360.4277-0.02930.5251.643-5.342549.843
100.67390.2907-0.30561.2554-0.01430.6242-0.00540.2197-0.3323-0.22960.2574-0.5471-0.04580.12630.00090.4216-0.03970.06960.5614-0.20220.693612.41757.723440.4951
110.6909-0.0891-0.08290.6673-0.21130.62090.0889-0.02480.1619-0.05390.146-0.3428-0.07870.11600.4451-0.06770.080.4301-0.08190.55327.959129.885852.5097
121.7636-0.3321-0.11810.55660.00150.08610.10960.00230.2149-0.05810.03030.0043-0.1277-0.0957-00.45680.06440.03580.4070.0650.3757-20.68736.207254.6571
130.32030.0578-0.16640.3261-0.03140.08090.0650.0339-0.0987-0.12770.1352-0.01870.0319-0.2666-00.39380.0351-0.04430.4670.04460.3706-17.205428.815448.7067
140.3924-0.03220.1980.2260.17350.23870.11320.3552-0.37150.0238-0.01720.07940.002-0.2314-0.00240.417500.00210.53750.01860.3708-17.251622.072944.1374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1108 through 1150 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1151 through 1222 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1223 through 1335 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1336 through 1373 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1374 through 1474 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1475 through 1522 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1877 through 2050 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 2051 through 2113 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1108 through 1222 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1223 through 1393 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1394 through 1522 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1877 through 2050 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 2051 through 2070 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 2071 through 2114 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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