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- PDB-5bx7: PKA in complex with a benzothiophene fragment compound. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bx7
タイトルPKA in complex with a benzothiophene fragment compound.
要素(cAMP-dependent protein kinase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / protein kinase / structure-guided / fragment-based
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / mitochondrial protein catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of protein binding / nucleotide-activated protein kinase complex / high-density lipoprotein particle assembly ...PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / mitochondrial protein catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of protein binding / nucleotide-activated protein kinase complex / high-density lipoprotein particle assembly / Rap1 signalling / renal water homeostasis / regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / regulation of osteoblast differentiation / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / Triglyceride catabolism / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / PKA activation in glucagon signalling / : / Regulation of MECP2 expression and activity / mesoderm formation / RET signaling / DARPP-32 events / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac conduction / sperm flagellum / regulation of macroautophagy / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / regulation of proteasomal protein catabolic process / Ion homeostasis / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / positive regulation of gluconeogenesis / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / protein kinase A signaling / Mitochondrial protein degradation / calcium channel complex / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cellular response to epinephrine stimulus / regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / regulation of heart rate / CD209 (DC-SIGN) signaling / AURKA Activation by TPX2 / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of protein export from nucleus / acrosomal vesicle / neural tube closure / Regulation of insulin secretion / cellular response to glucose stimulus / Degradation of GLI1 by the proteasome / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / neuromuscular junction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / mRNA processing / cytokine-mediated signaling pathway / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cellular response to heat / manganese ion binding / peptidyl-serine phosphorylation / dendritic spine / regulation of cell cycle
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-benzothiophen-3-ylmethanol / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Narayanan, D. / Alam, K.A. / Engh, R.A.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
FRINAT191303 ノルウェー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PKA based studies of ligand interactions with a methionine gatekeeper.
著者: Narayanan, D. / Gani, O.A. / Alam, K.A. / Engh, R.A.
履歴
登録2015年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5786
ポリマ－43,1152
非ポリマー4634
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.653, 75.417, 80.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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CAMP-dependent protein kinase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40888.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKACA, PKACA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PRAR / 参照: UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 6-25 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: UNP residues 6-25 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925

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非ポリマー , 4種, 206分子

#3: 化合物 ChemComp-4W1 / 1-benzothiophen-3-ylmethanol / 3-ベンゾ[b]チオフェンメタノ-ル


分子量: 164.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8OS
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The droplets, containing 10 mg/ml PKA. 25 mM Bis-Tris-HCl, pH 7.0, 150 mM KCl, 1.5mM octanoyl-N-methylglucamide and 0.8 mM PKI peptide, were equilibrated against 12-26 % (v/v) methanol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→37.71 Å / Num. all: 35550 / Num. obs: 35516 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Coot0.8.2モデル構築
MOLREP11位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VQH

3vqh


解像度: 1.89→37.71 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2262 1838 5.18 %Random selection
Rwork0.1751 ---
obs0.1777 35516 98.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→37.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 0 31 202 3243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0594245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.831177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8888-1.93990.31881100.24862393X-RAY DIFFRACTION91
1.9399-1.9970.31321280.2452562X-RAY DIFFRACTION99
1.997-2.06140.28961330.22552585X-RAY DIFFRACTION99
2.0614-2.13510.26871350.20532609X-RAY DIFFRACTION99
2.1351-2.22060.23641280.19212593X-RAY DIFFRACTION99
2.2206-2.32160.23251500.18242581X-RAY DIFFRACTION99
2.3216-2.4440.27041590.18572608X-RAY DIFFRACTION100
2.444-2.59710.23371730.17932561X-RAY DIFFRACTION99
2.5971-2.79760.22461250.18862628X-RAY DIFFRACTION99
2.7976-3.0790.22521620.17822571X-RAY DIFFRACTION99
3.079-3.52430.22321580.17642601X-RAY DIFFRACTION99
3.5243-4.43910.21171320.14012669X-RAY DIFFRACTION98
4.4391-37.710.16031450.14172717X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0601-0.176-0.10651.92250.42322.4642-0.01190.0222-0.1276-0.0822-0.02120.25280.2243-0.28170.01720.09250.0101-0.01770.24210.00610.2266-36.28356.0184-9.4256
23.62460.7462-2.31711.082-0.63053.29990.0611-0.19030.33890.1550.03830.0586-0.3311-0.0778-0.03660.14560.029-0.01390.203-0.01660.2008-30.255119.59130.0214
30.5211-0.3069-0.0981.0801-0.42961.4094-0.0505-0.0260.01430.04490.04820.08770.0757-0.2028-0.00250.0975-0.00510.00110.1626-0.02450.1475-30.34114.4105-2.2068
41.4077-0.0577-0.04111.5372-0.55162.2195-0.01110.01-0.19430-0.0223-0.00790.4584-0.0320.02730.2067-0.00990.01290.115-0.01830.1259-23.4602-8.2721-2.4403
50.6742-0.2338-0.26092.9899-1.54193.54710.0189-0.18080.17040.3708-0.0024-0.1546-0.4450.0318-0.02050.15270.0262-0.02450.2359-0.04160.2574-26.84819.92241.6561
63.25290.03692.37229.7732-2.44153.3809-0.08390.08560.01110.1939-0.20720.34160.1951-0.15640.33690.18490.04260.04350.2134-0.0190.134-13.0323-8.176216.1225
75.9296-1.43541.7673.5050.40664.7494-0.19630.11730.4157-0.31860.0326-0.4431-0.53660.07820.16470.2604-0.00980.00420.1251-0.00420.1794-13.8863.72374.4123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 81 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 160 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 161 through 316 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 317 through 350 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 11 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 12 through 24 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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