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万見
- PDB-5bvg: Selenium incorporated nitrogenase MoFe-protein (Av1-Se2B) from A.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bvg
タイトルSelenium incorporated nitrogenase MoFe-protein (Av1-Se2B) from A. vinelandii
要素(Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitrogenase / FeMo-cofactor / Se-incorporation
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / : / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(8)-S(7) CLUSTER / : / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Chem-ICG / IMIDAZOLE / SELENIUM ATOM / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Spatzal, T. / Perez, K.A. / Howard, J.B. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Catalysis-dependent selenium incorporation and migration in the nitrogenase active site iron-molybdenum cofactor.
著者: Spatzal, T. / Perez, K.A. / Howard, J.B. / Rees, D.C.
履歴
登録2015年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
C: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,18225
ポリマ－229,7964
非ポリマー4,38621
水25,8151433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28410 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area58950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.582, 130.825, 107.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 55362.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase
#2: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 59535.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

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非ポリマー , 8種, 1454分子

#3: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#4: 化合物 ChemComp-ICG / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon with selenium incorporated


分子量: 834.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7MoS8Se
#5: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / イミダゾリウム


分子量: 69.085 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#8: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-SE / SELENIUM ATOM / ヒドリドセレン


分子量: 78.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Se
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The author indicates that UniProt annotation of residue 440 is incorrect.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, NaCl, Imidazole/Malate, Sodiumdithionite

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→38.76 Å / Num. obs: 256394 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U7Q

3u7q


解像度: 1.6→101.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.939 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17913 12691 5 %RANDOM
Rwork0.15156 ---
obs0.15292 243657 96.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.776 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20.37 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→101.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15897 0 145 1433 17475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01916903
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.98423323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.484336413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96952079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58424.036778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.519152945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5815100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02119104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5360.7248202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5360.7248201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6961.08610319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.6961.08610320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6650.818701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6650.818702
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.821.18512527
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.7816.74620756
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.7816.74620757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.711332648
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.8135350
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.236533228
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 956 -
Rwork0.219 17961 -
obs--96.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35390.0945-0.05550.5017-0.01510.6348-0.019-0.05960.02180.0941-0.02660.02570-0.01610.04560.0491-0.00510.01290.0197-0.00850.0097-12.17156.920360.2921
20.2083-0.0123-0.11560.18370.07280.6486-0.05080.0187-0.05190.0394-0.03170.03550.1557-0.11020.08250.0691-0.03160.04260.0212-0.01830.0304-20.0323-11.081537.201
30.3231-0.0895-0.00810.5777-0.0670.4783-0.01060.0491-0.0333-0.0692-0.0185-0.05070.06920.03420.02910.02610.00170.01710.0154-0.00420.014310.0005-6.8548-4.5219
40.2523-0.0308-0.05070.22460.01850.5478-0.01070.02270.0201-0.0058-0.02120.0124-0.0511-0.06920.03190.01420.0024-0.00060.0126-0.00530.007-10.237311.24818.8787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 505
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 606
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 506
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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