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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bqp | ||||||
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タイトル | Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) from Sulfolobus solfataricus with xanthosine and phosphate bound in the nucleotide binding site and with sulfate bound in the pyrophosphate binding site | ||||||
要素 | Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / HGXPRT / HGPRT / purine phosphoribosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 XMP salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Christoffersen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Sulfolobus solfataricus P2 著者: Christoffersen, S. / Hansen, M.R. / Jensen, K.S. / Larsen, S. / Jensen, K.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bqp.cif.gz | 180 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bqp.ent.gz | 141.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5bqp_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5bqp_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5bqp_validation.xml.gz | 40.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5bqp_validation.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bqp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 20682.057 Da / 分子数: 4 / 断片: hgxprt / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌) 遺伝子: gpT-2, SSO2424 / プラスミド: pKU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NF1830 参照: UniProt: Q97W22, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの |
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-非ポリマー , 7種, 971分子
#2: 化合物 | ChemComp-4UO / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PGE / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 3.15 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9771 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9771 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 114176 / Num. obs: 113561 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.54 % / Biso Wilson estimate: 18.74 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 13.16 / Num. measured all: 401615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→47.007 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.75 Å2 / Biso mean: 27.1796 Å2 / Biso min: 7.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→47.007 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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