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Yorodumi- PDB-5bqp: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bqp | ||||||
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Title | Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) from Sulfolobus solfataricus with xanthosine and phosphate bound in the nucleotide binding site and with sulfate bound in the pyrophosphate binding site | ||||||
Components | Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2) | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / HGXPRT / HGPRT / purine phosphoribosyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information XMP salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Sulfolobus solfataricus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Christoffersen, S. | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Sulfolobus solfataricus P2 Authors: Christoffersen, S. / Hansen, M.R. / Jensen, K.S. / Larsen, S. / Jensen, K.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bqp.cif.gz | 180 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bqp.ent.gz | 141.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bqp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bqp_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5bqp_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 5bqp_validation.xml.gz | 40.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5bqp_validation.cif.gz | 59.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/5bqp | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 20682.057 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: hgxprt Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (archaea) Gene: gpT-2, SSO2424 / Plasmid: pKU1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): NF1830 References: UniProt: Q97W22, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases |
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-Non-polymers , 7 types, 971 molecules
#2: Chemical | ChemComp-4UO / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PGE / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 / Details: 3.15 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.9771 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9771 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 114176 / Num. obs: 113561 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.54 % / Biso Wilson estimate: 18.74 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 13.16 / Num. measured all: 401615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→47.007 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.75 Å2 / Biso mean: 27.1796 Å2 / Biso min: 7.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→47.007 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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