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- PDB-5bqp: Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bqp | ||||||
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Title | Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) from Sulfolobus solfataricus with xanthosine and phosphate bound in the nucleotide binding site and with sulfate bound in the pyrophosphate binding site | ||||||
![]() | Purine phosphoribosyltransferase (GpT-2) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / HGXPRT / HGPRT / purine phosphoribosyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() XMP salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Christoffersen, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Sulfolobus solfataricus P2 Authors: Christoffersen, S. / Hansen, M.R. / Jensen, K.S. / Larsen, S. / Jensen, K.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 180 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 141.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 40.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 20682.057 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: hgxprt Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: gpT-2, SSO2424 / Plasmid: pKU1 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q97W22, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases |
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-Non-polymers , 7 types, 971 molecules ![](data/chem/img/4UO.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-4UO / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PGE / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 / Details: 3.15 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9771 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 114176 / Num. obs: 113561 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.54 % / Biso Wilson estimate: 18.74 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 13.16 / Num. measured all: 401615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.75 Å2 / Biso mean: 27.1796 Å2 / Biso min: 7.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→47.007 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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