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- PDB-5bne: Bianthranilate-like inhibitor with 6 atom "line" and phosphonate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bne
タイトルBianthranilate-like inhibitor with 6 atom "line" and phosphonate "hook" fishing for hydrogen bond donors in Mycobacterium tuberculosis anthranilate phosphoribosyltransferase (AnPRT; trpD)
要素Anthranilate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / inhibitor / complex / Lobenzarit-like analogue / TrpD / AnPRT / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / phosphoribosyltransferase / magnesium binding / phosphoribosylpyrophosphate / PRPP / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain ...Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7P3 / IMIDAZOLE / Anthranilate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Evans, G.L. / Baker, E.N. / Lott, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)HRC12/1111 ニュージーランド
FRST (Foundation for Research, Science and Technology)UOAX1005 ニュージーランド
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Binding and mimicking of the phosphate-rich substrate, PRPP.
著者: Evans, G.L. / Baker, E.N. / Lott, J.S.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate phosphoribosyltransferase
B: Anthranilate phosphoribosyltransferase
C: Anthranilate phosphoribosyltransferase
D: Anthranilate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,33811
ポリマ－155,7924
非ポリマー1,5467
水6,359353
1
A: Anthranilate phosphoribosyltransferase
B: Anthranilate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9507
ポリマ－77,8962
非ポリマー1,0545
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
2
C: Anthranilate phosphoribosyltransferase
D: Anthranilate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3884
ポリマ－77,8962
非ポリマー4922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area24690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.300, 78.400, 117.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Anthranilate phosphoribosyltransferase


分子量: 38948.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpD, Rv2192c, MTCY190.03c / プラスミド: pET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WFX5, anthranilate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-7P3 / 2-[(2-carboxyphenyl)amino]-5-[(5-phosphonopentyl)oxy]benzoic acid


分子量: 423.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22NO8P
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 % / 解説: Flat-diamond shape
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M imidazole-malate, 15% PEG-4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47 Å / Num. obs: 75079 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSNovember 3, 2014データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3QR9 chain A

3qr9


解像度: 2.15→46.972 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 3613 4.81 %Random selection
Rwork0.2066 ---
obs0.208 75043 98.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9280 0 107 353 9740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74513083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1433171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.19140.33191790.28353909X-RAY DIFFRACTION97
2.1914-2.23610.28322010.26324019X-RAY DIFFRACTION100
2.2361-2.28470.28662000.25763980X-RAY DIFFRACTION99
2.2847-2.33790.29621780.24174040X-RAY DIFFRACTION100
2.3379-2.39630.30821870.24063985X-RAY DIFFRACTION99
2.3963-2.46110.292120.24063962X-RAY DIFFRACTION99
2.4611-2.53350.27172520.23143961X-RAY DIFFRACTION99
2.5335-2.61530.29341850.22664000X-RAY DIFFRACTION99
2.6153-2.70880.25942010.22323975X-RAY DIFFRACTION99
2.7088-2.81720.24952040.22833974X-RAY DIFFRACTION99
2.8172-2.94540.24011940.22183961X-RAY DIFFRACTION99
2.9454-3.10060.23362400.21753958X-RAY DIFFRACTION98
3.1006-3.29490.24861880.21763967X-RAY DIFFRACTION98
3.2949-3.54920.24921750.20623996X-RAY DIFFRACTION98
3.5492-3.90620.18891490.1824004X-RAY DIFFRACTION97
3.9062-4.47110.21511730.16343938X-RAY DIFFRACTION97
4.4711-5.63160.18382540.17493889X-RAY DIFFRACTION96
5.6316-46.98290.19152410.17433912X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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