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万見
- EMDB-5793: A common solution to group 2 influenza virus neutralization -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5793
タイトルA common solution to group 2 influenza virus neutralization
マップデータInfluenza (A/Hong Kong/1/1968, H3N2) hemagglutinin bound to neutralizing antibody CR8043
試料
  • 試料: Influenza (A/Hong Kong/1/1968, H3N2) hemagglutinin bound to neutralizing antibody CR8043
  • タンパク質・ペプチド: CR8043 Fab
  • タンパク質・ペプチド: Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) hemagglutinin
キーワードAntibody recognition / Hemagglutinin
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Friesen RHE / Leeb PS / Stoop EJM / Hoffman RMB / Ekiert DC / Bhabha G / Yu W / Juraszek J / Koudstaal W / Jongeneelen M ...Friesen RHE / Leeb PS / Stoop EJM / Hoffman RMB / Ekiert DC / Bhabha G / Yu W / Juraszek J / Koudstaal W / Jongeneelen M / Korse HJWM / Ophorst C / Brinkman-van der Linden ECM / Throsby M / Kwakkenbos MJ / Bakkerd AQ / Beaumont Y / Spits H / Kwaks T / Vogels R / Ward AB / Goudsmit J / Wilson IA
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: A common solution to group 2 influenza virus neutralization.
著者: Robert H E Friesen / Peter S Lee / Esther J M Stoop / Ryan M B Hoffman / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Wenli Yu / Jarek Juraszek / Wouter Koudstaal / Mandy Jongeneelen / Hans J W M Korse / ...著者: Robert H E Friesen / Peter S Lee / Esther J M Stoop / Ryan M B Hoffman / Damian C Ekiert / Gira Bhabha / Wenli Yu / Jarek Juraszek / Wouter Koudstaal / Mandy Jongeneelen / Hans J W M Korse / Carla Ophorst / Els C M Brinkman-van der Linden / Mark Throsby / Mark J Kwakkenbos / Arjen Q Bakker / Tim Beaumont / Hergen Spits / Ted Kwaks / Ronald Vogels / Andrew B Ward / Jaap Goudsmit / Ian A Wilson /
要旨: The discovery and characterization of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza viruses have raised hopes for the development of monoclonal antibody (mAb)-based immunotherapy and the ...The discovery and characterization of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza viruses have raised hopes for the development of monoclonal antibody (mAb)-based immunotherapy and the design of universal influenza vaccines. Only one human bnAb (CR8020) specifically recognizing group 2 influenza A viruses has been previously characterized that binds to a highly conserved epitope at the base of the hemagglutinin (HA) stem and has neutralizing activity against H3, H7, and H10 viruses. Here, we report a second group 2 bnAb, CR8043, which was derived from a different germ-line gene encoding a highly divergent amino acid sequence. CR8043 has in vitro neutralizing activity against H3 and H10 viruses and protects mice against challenge with a lethal dose of H3N2 and H7N7 viruses. The crystal structure and EM reconstructions of the CR8043-H3 HA complex revealed that CR8043 binds to a site similar to the CR8020 epitope but uses an alternative angle of approach and a distinct set of interactions. The identification of another antibody against the group 2 stem epitope suggests that this conserved site of vulnerability has great potential for design of therapeutics and vaccines.
履歴
登録2013年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年12月11日-
マップ公開2013年12月11日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5793_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Influenza (A/Hong Kong/1/1968, H3N2) hemagglutinin bound to neutralizing antibody CR8043
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 393.6 Å		2.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 393.6 Å		2.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.08 / ムービー #1: 8.08
最小 - 最大-15.70829487 - 35.731815339999997
平均 (標準偏差)0.0699385 (±1.80856657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 393.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-15.70835.7320.070

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza (A/Hong Kong/1/1968, H3N2) hemagglutinin bound to neutr...

全体名称: Influenza (A/Hong Kong/1/1968, H3N2) hemagglutinin bound to neutralizing antibody CR8043
要素
  • 試料: Influenza (A/Hong Kong/1/1968, H3N2) hemagglutinin bound to neutralizing antibody CR8043
  • タンパク質・ペプチド: CR8043 Fab
  • タンパク質・ペプチド: Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) hemagglutinin

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超分子 #1000: Influenza (A/Hong Kong/1/1968, H3N2) hemagglutinin bound to neutr...

超分子名称: Influenza (A/Hong Kong/1/1968, H3N2) hemagglutinin bound to neutralizing antibody CR8043
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One HA trimer bound to three Fabs / Number unique components: 2
分子量理論値: 288 KDa

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分子 #1: CR8043 Fab

分子名称: CR8043 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 44 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)

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分子 #2: Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) hemagglutinin

分子名称: Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968
分子量理論値: 157 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were applied to freshly glow-discharged grids and stained with 2% uranyl formate (20 seconds).
グリッド詳細: 400 mesh copper with nitrocellulose and thin layer of carbon
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
温度平均: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism corrected at 100,000 times magnification.
日付2013年5月18日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 243
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55

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画像解析

詳細Projection matching seeded with a low-pass filtered hemagglutinin
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: Appion, Spider, Xmipp, Eman1, Sparx
使用した粒子像数: 10033

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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