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万見
- EMDB-5690: Cryo-electron microscopy of T7 tail complex formed by gp8, gp11, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5690
タイトルCryo-electron microscopy of T7 tail complex formed by gp8, gp11, and gp12 proteins
マップデータReconstuction of T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11, and gp12
試料
  • 試料: T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11, and gp12
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp11
  • タンパク質・ペプチド: gp12
キーワードBacteriophage / DNA ejection / tail complex / connector / gatekeeper
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, tube / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging
類似検索 - 分子機能
Tail tubular protein Gp11 / Tail tubular protein / Portal protein, Caudovirales / Head-to-tail connector protein, podovirus-type / Bacteriophage head to tail connecting protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Portal protein / Tail tubular protein gp11
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Cuervo A / Pulido-Cid M / Chagoyen M / Arranz R / Gonzalez-Garcia VA / Garcia-Doval C / Caston JR / Valpuesta JM / van Raaij MJ / Martin-Benito J / Carrascosa JL
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: Structural characterization of the bacteriophage T7 tail machinery.
著者: Ana Cuervo / Mar Pulido-Cid / Mónica Chagoyen / Rocío Arranz / Verónica A González-García / Carmela Garcia-Doval / José R Castón / José M Valpuesta / Mark J van Raaij / Jaime Martín- ...著者: Ana Cuervo / Mar Pulido-Cid / Mónica Chagoyen / Rocío Arranz / Verónica A González-García / Carmela Garcia-Doval / José R Castón / José M Valpuesta / Mark J van Raaij / Jaime Martín-Benito / José L Carrascosa /
要旨: Most bacterial viruses need a specialized machinery, called "tail," to inject their genomes inside the bacterial cytoplasm without disrupting the cellular integrity. Bacteriophage T7 is a well ...Most bacterial viruses need a specialized machinery, called "tail," to inject their genomes inside the bacterial cytoplasm without disrupting the cellular integrity. Bacteriophage T7 is a well characterized member of the Podoviridae family infecting Escherichia coli, and it has a short noncontractile tail that assembles sequentially on the viral head after DNA packaging. The T7 tail is a complex of around 2.7 MDa composed of at least four proteins as follows: the connector (gene product 8, gp8), the tail tubular proteins gp11 and gp12, and the fibers (gp17). Using cryo-electron microscopy and single particle image reconstruction techniques, we have determined the precise topology of the tail proteins by comparing the structure of the T7 tail extracted from viruses and a complex formed by recombinant gp8, gp11, and gp12 proteins. Furthermore, the order of assembly of the structural components within the complex was deduced from interaction assays with cloned and purified tail proteins. The existence of common folds among similar tail proteins allowed us to obtain pseudo-atomic threaded models of gp8 (connector) and gp11 (gatekeeper) proteins, which were docked into the corresponding cryo-EM volumes of the tail complex. This pseudo-atomic model of the connector-gatekeeper interaction revealed the existence of a common molecular architecture among viruses belonging to the three tailed bacteriophage families, strongly suggesting that a common molecular mechanism has been favored during evolution to coordinate the transition between DNA packaging and tail assembly.
履歴
登録2013年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年8月7日-
更新2013年9月18日-
現状2013年9月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01314
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01314
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-3j4a, PDB-3j4b
  • 表面レベル: 0.01314
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j4a
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j4b
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5690_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstuction of T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11, and gp12
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.75 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01314 / ムービー #1: 0.01314
最小 - 最大-0.04213833 - 0.04882427
平均 (標準偏差)0.00034643 (±0.00402175)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.752.752.75
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.000440.000440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0420.0490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11, and gp12

全体名称: T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11, and gp12
要素
  • 試料: T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11, and gp12
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp11
  • タンパク質・ペプチド: gp12

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超分子 #1000: T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11, and gp12

超分子名称: T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11, and gp12
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: gp8 (12mer), gp11 (12mer), gp12 (6mer) / Number unique components: 3
分子量理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Connector / コピー数: 12 / 集合状態: 12mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 Bacteriophage
分子量理論値: 59 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C41 / 組換プラスミド: pRSET-B

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分子 #2: gp11

分子名称: gp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: gatekeeper / 詳細: This protein was cloned with and His-tag / コピー数: 12 / 集合状態: 12mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 bacteriophage
分子量理論値: 25 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C41 / 組換プラスミド: pRSET-B

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分子 #3: gp12

分子名称: gp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 集合状態: 6mer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 bacteriophage
分子量理論値: 90 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50mM Tris-HCl, 10mM MgCl2, 100 mM NaCl
グリッド詳細: R2/2 Quantifoil coated with a thin carbon layer
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC
手法: Samples were applied to grids for 1 minute, blotted, and plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 91 K / 最高: 113 K
日付2012年11月8日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 264 / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 108696 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 108696
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP, SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 1820

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1vt0
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細One monomer was manually fitted and then the oligomer was generated using SITUS program.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Volumetric correlation
得られたモデル

PDB-3j4a:
Structure of gp8 connector protein

PDB-3j4b:
Structure of T7 gatekeeper protein (gp11)

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3lj5


Chain - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
詳細One monomer was manually fitted and then the oligomer was generated using SITUS program.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Volumetric correlation
得られたモデル

PDB-3j4a:
Structure of gp8 connector protein

PDB-3j4b:
Structure of T7 gatekeeper protein (gp11)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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