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- EMDB-5684: Molecular structure of the native influenza hemagglutinin H1 on v... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5684
タイトルMolecular structure of the native influenza hemagglutinin H1 on virions complexed with broadly neutralizing stem antibody C179
マップデータReconstruction of H1 with C179 antibody (spherical virions)
試料
  • 試料: H1 hemagglutinin A/California/7/2009 (H1N1) C179 antibody
  • タンパク質・ペプチド: influenza envelope glycoprotein hemagglutinin (HA)
キーワードhemagglutinin / cryoelectron microscopy / influenza vaccine / epitope
生物種Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Harris AK / Meyerson JR / Matsuoka Y / Kuybeda O / Moran A / Bliss D / Das SR / Yewdell JW / Sapiro G / Subbarao K / Subramaniam S
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Structure and accessibility of HA trimers on intact 2009 H1N1 pandemic influenza virus to stem region-specific neutralizing antibodies.
著者: Audray K Harris / Joel R Meyerson / Yumiko Matsuoka / Oleg Kuybeda / Amy Moran / Donald Bliss / Suman R Das / Jonathan W Yewdell / Guillermo Sapiro / Kanta Subbarao / Sriram Subramaniam /
要旨: Rapid antigenic variation of HA, the major virion surface protein of influenza A virus, remains the principal challenge to the development of broader and more effective vaccines. Some regions of HA, ...Rapid antigenic variation of HA, the major virion surface protein of influenza A virus, remains the principal challenge to the development of broader and more effective vaccines. Some regions of HA, such as the stem region proximal to the viral membrane, are nevertheless highly conserved across strains and among most subtypes. A fundamental question in vaccine design is the extent to which HA stem regions on the surface of the virus are accessible to broadly neutralizing antibodies. Here we report 3D structures derived from cryoelectron tomography of HA on intact 2009 H1N1 pandemic virions in the presence and absence of the antibody C179, which neutralizes viruses expressing a broad range of HA subtypes, including H1, H2, H5, H6, and H9. By fitting previously derived crystallographic structures of trimeric HA into the density maps, we deduced the locations of the molecular surfaces of HA involved in interaction with C179. Using computational methods to distinguish individual unliganded HA trimers from those that have bound C179 antibody, we demonstrate that ∼75% of HA trimers on the surface of the virus have C179 bound to the stem domain. Thus, despite their close packing on the viral membrane, the majority of HA trimers on intact virions are available to bind anti-stem antibodies that target conserved HA epitopes, establishing the feasibility of universal influenza vaccines that elicit such antibodies.
履歴
登録2013年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月21日-
マップ公開2013年8月21日-
更新2013年8月21日-
現状2013年8月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5684_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5684.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of H1 with C179 antibody (spherical virions)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 91 pix.
= 373.1 Å		4.1 Å/pix.
x 59 pix.
= 241.9 Å		4.1 Å/pix.
x 59 pix.
= 241.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.25 / ムービー #1: 1.25
最小 - 最大0.0003567 - 1.97819078
平均 (標準偏差)0.68835592 (±0.44200572)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ595991
Spacing595991
セルA: 241.9 Å / B: 241.9 Å / C: 373.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z595991
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z241.900241.900373.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS595991
D min/max/mean0.0001.9780.688

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : H1 hemagglutinin A/California/7/2009 (H1N1) C179 antibody

全体名称: H1 hemagglutinin A/California/7/2009 (H1N1) C179 antibody
要素
  • 試料: H1 hemagglutinin A/California/7/2009 (H1N1) C179 antibody
  • タンパク質・ペプチド: influenza envelope glycoprotein hemagglutinin (HA)

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超分子 #1000: H1 hemagglutinin A/California/7/2009 (H1N1) C179 antibody

超分子名称: H1 hemagglutinin A/California/7/2009 (H1N1) C179 antibody
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 3

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分子 #1: influenza envelope glycoprotein hemagglutinin (HA)

分子名称: influenza envelope glycoprotein hemagglutinin (HA) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: influenza surface spike / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/California/07/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer, 3 mg/mL C179 antibody
グリッド詳細: Quantifoil Multi-A, 200 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2010年9月6日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 100 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 34000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 61. Average tomographic tilt angle increment: 2.
最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 317

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3lzg

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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