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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5658 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure of the mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29 | |||||||||
試料 |
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キーワード | 43S / preinitiation complex / eIF3 / eIF2 / Met-tRNAiMet / DHX29 / 40S | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation ...positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / protein deubiquitination / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / positive regulation of translation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / PML body / fibrillar center / metallopeptidase activity / ribosome binding / microtubule / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / postsynaptic density / cadherin binding / mRNA binding / synapse / chromatin / nucleolus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Hashem Y / des Georges A / Dhote V / Langlois R / Liao HY / Grassucci RA / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2013 タイトル: Structure of the mammalian ribosomal 43S preinitiation complex bound to the scanning factor DHX29. 著者: Yaser Hashem / Amedee des Georges / Vidya Dhote / Robert Langlois / Hstau Y Liao / Robert A Grassucci / Christopher U T Hellen / Tatyana V Pestova / Joachim Frank / 要旨: Eukaryotic translation initiation begins with assembly of a 43S preinitiation complex. First, methionylated initiator methionine transfer RNA (Met-tRNAi(Met)), eukaryotic initiation factor (eIF) 2, ...Eukaryotic translation initiation begins with assembly of a 43S preinitiation complex. First, methionylated initiator methionine transfer RNA (Met-tRNAi(Met)), eukaryotic initiation factor (eIF) 2, and guanosine triphosphate form a ternary complex (TC). The TC, eIF3, eIF1, and eIF1A cooperatively bind to the 40S subunit, yielding the 43S preinitiation complex, which is ready to attach to messenger RNA (mRNA) and start scanning to the initiation codon. Scanning on structured mRNAs additionally requires DHX29, a DExH-box protein that also binds directly to the 40S subunit. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of the mammalian DHX29-bound 43S complex at 11.6 Å resolution. It reveals that eIF2 interacts with the 40S subunit via its α subunit and supports Met-tRNAi(Met) in an unexpected P/I orientation (eP/I). The structural core of eIF3 resides on the back of the 40S subunit, establishing two principal points of contact, whereas DHX29 binds around helix 16. The structure provides insights into eukaryote-specific aspects of translation, including the mechanism of action of DHX29. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5658.map.gz | 44.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5658-v30.xml emd-5658.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5658_1.jpg | 79.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5658 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5658 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5658_validation.pdf.gz | 323.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5658_full_validation.pdf.gz | 323.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5658_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5658 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5658 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3j8cM M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5658.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.245 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-electron microscopy structure of the mammalian 43S preinitia...
全体 | 名称: Cryo-electron microscopy structure of the mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Cryo-electron microscopy structure of the mammalian 43S preinitia...
超分子 | 名称: Cryo-electron microscopy structure of the mammalian 43S preinitiation complex bound to DHX29 タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One 40S binds one eIF3, one eIF2, one Met-tRNAiMet, and one DHX29 Number unique components: 5 |
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-超分子 #1: eukaryotic small ribosomal subunit
超分子 | 名称: eukaryotic small ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 40S subunit / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: blood / 細胞: reticulocytes |
分子量 | 理論値: 1.5 MDa |
-分子 #1: eukaryotic initiation factor 3
分子 | 名称: eukaryotic initiation factor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eIF3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: blood / 細胞: reticulocytes |
分子量 | 理論値: 800 KDa |
-分子 #2: eukaryotic initiation factor 2
分子 | 名称: eukaryotic initiation factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: eIF2 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: blood / 細胞: reticulocytes |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #3: eukaryotic initiation factor 1
分子 | 名称: eukaryotic initiation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: eIF1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit |
分子量 | 理論値: 14 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pT7 |
-分子 #4: eukaryotic initiation factor 1A
分子 | 名称: eukaryotic initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: eIF1A / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit |
分子量 | 理論値: 19 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pT7 |
-分子 #5: DHX29
分子 | 名称: DHX29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pT7 |
-分子 #6: Transfer RNA
分子 | 名称: Transfer RNA / タイプ: rna / ID: 6 / Name.synonym: tRNA / 詳細: Met-tRNAiMet / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit |
分子量 | 理論値: 25 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.105 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Tris, 100 mM potassium acetate, 2 mM DTT, 2.5 mM magnesium chloride, 0.25 mM spermidine |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper/molybdenum holey carbon-coated Quantifoil 2/4 grid (Quantifoil Micro Tools GmbH) containing an additional continuous thin layer of carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 平均: 110 K |
日付 | 2012年11月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 8000 / 平均電子線量: 12 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32 |
電子線 | 加速電圧: 110 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 51570 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | The particles of this reconstruction were obtained after particle sorting using Relion |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, Relion / 使用した粒子像数: 29000 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 2xzm |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3j8c: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Domains D1-D2 of eIF2-alpha were fitted manually in Chimera in order to accommodate them to their density |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3j8c: |