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万見
- EMDB-5527: Reconstruction of the deltaGCC mutant HCV IRES bound to rabbit 40... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5527
タイトルReconstruction of the deltaGCC mutant HCV IRES bound to rabbit 40S ribosomal subunit
マップデータReconstruction of mutant HCV IRES bound to 40S
試料
  • 試料: mutant HCV IRES bound to 40S
  • 複合体: Rabbit 40S ribosomal subunit
  • RNA: hepatitis C virus internal ribosome entry site
キーワードHCV IRES / 40S
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Hepatitis C virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.5 Å
データ登録者Vollmar BS / Shi D / Filbin ME / Kieft JS / Gonen T
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013
タイトル: HCV IRES manipulates the ribosome to promote the switch from translation initiation to elongation.
著者: Megan E Filbin / Breanna S Vollmar / Dan Shi / Tamir Gonen / Jeffrey S Kieft /
要旨: The internal ribosome entry site (IRES) of the hepatitis C virus (HCV) drives noncanonical initiation of protein synthesis necessary for viral replication. Functional studies of the HCV IRES have ...The internal ribosome entry site (IRES) of the hepatitis C virus (HCV) drives noncanonical initiation of protein synthesis necessary for viral replication. Functional studies of the HCV IRES have focused on 80S ribosome formation but have not explored its role after the 80S ribosome is poised at the start codon. Here, we report that mutations of an IRES domain that docks in the 40S subunit's decoding groove cause only a local perturbation in IRES structure and result in conformational changes in the IRES-rabbit 40S subunit complex. Functionally, the mutations decrease IRES activity by inhibiting the first ribosomal translocation event, and modeling results suggest that this effect occurs through an interaction with a single ribosomal protein. The ability of the HCV IRES to manipulate the ribosome provides insight into how the ribosome's structure and function can be altered by bound RNAs, including those derived from cellular invaders.
履歴
登録2012年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年11月21日-
マップ公開2013年4月17日-
更新2013年4月17日-
現状2013年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5527_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of mutant HCV IRES bound to 40S
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.66 Å/pix.
x 150 pix.
= 399. Å		2.66 Å/pix.
x 150 pix.
= 399. Å		2.66 Å/pix.
x 150 pix.
= 399. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.25 / ムービー #1: 2.25
最小 - 最大-6.43432808 - 9.639652249999999
平均 (標準偏差)0.0 (±1.00000012)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 399.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.662.662.66
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.000399.000399.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-6.4349.6400.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mutant HCV IRES bound to 40S

全体名称: mutant HCV IRES bound to 40S
要素
  • 試料: mutant HCV IRES bound to 40S
  • 複合体: Rabbit 40S ribosomal subunit
  • RNA: hepatitis C virus internal ribosome entry site

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超分子 #1000: mutant HCV IRES bound to 40S

超分子名称: mutant HCV IRES bound to 40S / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Rabbit 40S ribosomal subunit

超分子名称: Rabbit 40S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 40S ribosome / 詳細: Mutant HCV IRES bound to 40S / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 細胞: reticulocyte

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分子 #1: hepatitis C virus internal ribosome entry site

分子名称: hepatitis C virus internal ribosome entry site / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: HCV IRES
詳細: Deletion of GCC (82-84) of HCV IRES (nucleotides 40-372)
分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Hepatitis C virus (ウイルス) / 別称: HCV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 200 mM KOAc, 2.5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 40 mM KCl
グリッド詳細: Quantifoil R1.2/1.3 400 mesh copper grids with holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot and plunge into liquid ethane

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2012年3月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
実像数: 1790 / 平均電子線量: 15 e/Å2
詳細: Used 2x binned images yielding a pixel size of 2.66 A/pixel.
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 117293 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles selected manually using Electron Micrographe Utility (cryoem.ucsf.edu)
CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 29920

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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