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- EMDB-5465: Cryo-electron microscopy reconstruction of the Enterovirus 71 A-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5465
タイトルCryo-electron microscopy reconstruction of the Enterovirus 71 A-particle
マップデータReconstruction of the Enterovirus 71 A-particle, produced by heat treating mature capsids in isotonic solution.
試料
  • 試料: Enterovirus 71 A-Particle
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
キーワードEnterovirus 71 / EV71 / A-particle / 135S
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Shingler KL / Yoder JL / Carnegie MS / Ashley RE / Makhov AM / Conway JF / Hafenstein S
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: The enterovirus 71 A-particle forms a gateway to allow genome release: a cryoEM study of picornavirus uncoating.
著者: Kristin L Shingler / Jennifer L Yoder / Michael S Carnegie / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Susan Hafenstein /
要旨: Since its discovery in 1969, enterovirus 71 (EV71) has emerged as a serious worldwide health threat. This human pathogen of the picornavirus family causes hand, foot, and mouth disease, and also has ...Since its discovery in 1969, enterovirus 71 (EV71) has emerged as a serious worldwide health threat. This human pathogen of the picornavirus family causes hand, foot, and mouth disease, and also has the capacity to invade the central nervous system to cause severe disease and death. Upon binding to a host receptor on the cell surface, the virus begins a two-step uncoating process, first forming an expanded, altered "A-particle", which is primed for genome release. In a second step after endocytosis, an unknown trigger leads to RNA expulsion, generating an intact, empty capsid. Cryo-electron microscopy reconstructions of these two capsid states provide insight into the mechanics of genome release. The EV71 A-particle capsid interacts with the genome near the icosahedral two-fold axis of symmetry, which opens to the external environment via a channel ∼10 Å in diameter that is lined with patches of negatively charged residues. After the EV71 genome has been released, the two-fold channel shrinks, though the overall capsid dimensions are conserved. These structural characteristics identify the two-fold channel as the site where a gateway forms and regulates the process of genome release.
履歴
登録2012年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月3日-
マップ公開2013年4月3日-
更新2013年4月17日-
現状2013年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j22
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j22
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5465.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 161.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the Enterovirus 71 A-particle, produced by heat treating mature capsids in isotonic solution.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.27 Å/pix.
x 351 pix.
= 445.77 Å		1.27 Å/pix.
x 351 pix.
= 445.77 Å		1.27 Å/pix.
x 351 pix.
= 445.77 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-4.72561073 - 6.55992079
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-175-175-175
サイズ351351351
Spacing351351351
セルA=B=C: 445.77 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.271.271.27
M x/y/z351351351
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z445.770445.770445.770
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-175-175-175
NC/NR/NS351351351
D min/max/mean-4.7266.560-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus 71 A-Particle

全体名称: Enterovirus 71 A-Particle
要素
  • 試料: Enterovirus 71 A-Particle
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)

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超分子 #1000: Enterovirus 71 A-Particle

超分子名称: Enterovirus 71 A-Particle / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was purified mature virus heated in solution.
集合状態: icosahedral virus / Number unique components: 1
分子量実験値: 7 MDa / 理論値: 7 MDa / 手法: Calculation

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超分子 #1: Human enterovirus 71

超分子名称: Human enterovirus 71 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: EV71, Hand foot and mouth disease virus / 詳細: purified virus in solution / NCBI-ID: 39054 / 生物種: Human enterovirus 71 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: EV71, Hand foot and mouth disease virus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 7 MDa / 理論値: 7 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: single capsid shell / 直径: 300 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 20 mM NaCl, 5 mM MgCl2
グリッド詳細: glow discharged holey carbon Quantifoil electron microscopy grids
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 76 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: CTFFIND3 (EMAN)
日付2012年4月17日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 40 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.28 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.73 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program (EMAN).
CTF補正詳細: auto3DEM
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2, auto3DEM / 詳細: A single data set was used for the reconstruction / 使用した粒子像数: 11436

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3vbu


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C
ソフトウェア名称: Chimera, Situs
詳細Protocol: rigid body. One protomer was fit in Chimera, used to generate a full crystal map, then docked as a rigid body using Situs into the cryoEM density map.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3j22:
The Enterovirus 71 A-particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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