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万見
- EMDB-5116: 30S subunit of ribosomal protein S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5116
タイトル30S subunit of ribosomal protein S1
マップデータsurface view of S1 protein
試料
  • 試料: Protein S1
  • タンパク質・ペプチド: Protein S1
キーワードprotein S1 / EM density / spider / ribosome / single particle reconstruction
生物種unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å
データ登録者Sengupta J / Agrawal RK / Frank J
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2001
タイトル: Visualization of protein S1 within the 30S ribosomal subunit and its interaction with messenger RNA.
著者: J Sengupta / R K Agrawal / J Frank /
要旨: S1 is the largest ribosomal protein, present in the small subunit of the bacterial ribosome. It has a pivotal role in stabilizing the mRNA on the ribosome. Thus far, S1 has eluded structural ...S1 is the largest ribosomal protein, present in the small subunit of the bacterial ribosome. It has a pivotal role in stabilizing the mRNA on the ribosome. Thus far, S1 has eluded structural determination. We have identified the S1 protein mass in the cryo-electron microscopic map of the Escherichia coli ribosome by comparing the map with a recent x-ray crystallographic structure of the 30S subunit, which lacks S1. According to our finding, S1 is located at the junction of head, platform, and main body of the 30S subunit, thus explaining all existing biochemical and crosslinking data. Protein S1 as identified in our map has a complex, elongated shape with two holes in its central portion. The N-terminal domain, forming one of the extensions, penetrates into the head of the 30S subunit. Evidence for direct interaction of S1 with 11 nucleotides of the mRNA, immediately upstream of the Shine-Dalgarno sequence, explains the protein's role in the recognition of the 5' region of mRNA.
#1: ジャーナル: CELL (CAMBRIDGE,MASS.) / 年: 2000
タイトル: Solution structure of the E. coli 70S ribosome at 11.5 angstrom resolution
著者: Gabashvili IS / Agrawal RK / Spahn CMT / Grassucci RA / Svergun DI / Frank J / Penczek P
履歴
登録2009年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年4月20日-
マップ公開2009年4月20日-
更新2010年7月7日-
現状2010年7月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5116_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5116.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈surface view of S1 protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.93 Å/pix.
x 125 pix.
= 366.25 Å		2.93 Å/pix.
x 125 pix.
= 366.25 Å		2.93 Å/pix.
x 125 pix.
= 366.25 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 20.0 / ムービー #1: 30
最小 - 最大-19.281300000000002 - 183.097000000000008
平均 (標準偏差)0.108505 (±2.95157)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ125125125
Spacing125125125
セルA=B=C: 366.25 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.932.932.93
M x/y/z125125125
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.250366.250366.250
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS125125125
D min/max/mean-19.281183.0970.109

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Protein S1

全体名称: Protein S1
要素
  • 試料: Protein S1
  • タンパク質・ペプチド: Protein S1

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超分子 #1000: Protein S1

超分子名称: Protein S1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: see additional reference by Gabashvili I S, Agrawal R K, Spahn C M T, Grassucci R,Svergun D I,and Frank J, 7. Penczek P (2000) Cell 100,537-549
Number unique components: 1

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分子 #1: Protein S1

分子名称: Protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Protein S1 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
日付1999年7月1日
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: see the additional reference
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: spider / 詳細: see the additional reference

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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