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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50930 | |||||||||
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タイトル | Rhinovirus A2 uncoating intermediate revealing the natural pocket factor (pH 5.8 and 4 degrees Celsius) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Uncoating Intermediate / Pocket Factor / Lauric Acid / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / channel activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / channel activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / monoatomic ion transmembrane transport / nucleoside-triphosphate phosphatase / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | rhinovirus A2 (ライノウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Real-Hohn A / Blaas D | |||||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Rhinovirus A2 uncoating intermediate revealing the natural pocket factor (pH 5.8 and 4 degrees Celsius) 著者: Real-Hohn A / Blaas D | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50930.map.gz | 88.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50930-v30.xml emd-50930.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50930_fsc.xml | 20.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50930.png | 127.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50930.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_50930_half_map_1.map.gz emd_50930_half_map_2.map.gz | 273.6 MB 273.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50930 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50930 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50930_validation.pdf.gz | 1000.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50930_full_validation.pdf.gz | 999.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50930_validation.xml.gz | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50930_validation.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50930 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50930 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9g0bMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.998 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50930_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50930_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : rhinovirus A2
全体 | 名称: rhinovirus A2 (ライノウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: rhinovirus A2
超分子 | 名称: rhinovirus A2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 12130 / 生物種: rhinovirus A2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 310.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: rhinovirus A2 (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 32.2741 KDa |
配列 | 文字列: NPVENYIDEV LNEVLVVPNI NSSNPTTSNS APALDAAETG HTSSVQPEDV IETRYVQTSQ TRDEMSLESF LGRSGCIHES KLEVTLANY NKENFTVWAI NLQEMAQIRR KFELFTYTRF DSEITLVPCI SALSQDIGHI TMQYMYVPPG APVPNSRDDY A WQSGTNAS ...文字列: NPVENYIDEV LNEVLVVPNI NSSNPTTSNS APALDAAETG HTSSVQPEDV IETRYVQTSQ TRDEMSLESF LGRSGCIHES KLEVTLANY NKENFTVWAI NLQEMAQIRR KFELFTYTRF DSEITLVPCI SALSQDIGHI TMQYMYVPPG APVPNSRDDY A WQSGTNAS VFWQHGQAYP RFSLPFLSVA SAYYMFYDGY DEQDQNYGTA NTNNMGSLCS RIVTEKHIHK VHIMTRIYHK AK HVKAWCP RPPRALEYTR AHRTNFKIED RSIQTAIVTR PIITTA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: rhinovirus A2 (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 29.009588 KDa |
配列 | 文字列: SPTVEACGYS DRIIQITRGD STITSQDVAN AIVAYGVWPH YLSSKDASAI DKPSQPDTSS NRFYTLRSVT WSSSSKGWWW KLPDALKDM GIFGENMFYH YLGRSGYTIH VQCNASKFHQ GTLIVALIPE HQIASALHGN VNVGYNYTHP GETGREVKAE T RLNPDLQP ...文字列: SPTVEACGYS DRIIQITRGD STITSQDVAN AIVAYGVWPH YLSSKDASAI DKPSQPDTSS NRFYTLRSVT WSSSSKGWWW KLPDALKDM GIFGENMFYH YLGRSGYTIH VQCNASKFHQ GTLIVALIPE HQIASALHGN VNVGYNYTHP GETGREVKAE T RLNPDLQP TEEYWLNFDG TLLGNITIFP HQFINLRSNN SATIIAPYVN AVPMDSMRSH NNWSLVIIPI CPLETSSAIN TI PITISIS PMCAEFSGAR AKRQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: rhinovirus A2 (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.107793 KDa |
配列 | 文字列: GLPVFITPGS GQFLTTDDFQ SPCALPWYHP TKEISIPGEV KNLVEICQVD SLVPINNTDT YINSENMYSV VLQSSINAPD KIFSIRTDV ASQPLATTLI GEISSYFTHW TGSLRFSFMF CGTANTTVKL LLAYTPPGIA EPTTRKDAML GTHVIWDVGL Q STISMVVP ...文字列: GLPVFITPGS GQFLTTDDFQ SPCALPWYHP TKEISIPGEV KNLVEICQVD SLVPINNTDT YINSENMYSV VLQSSINAPD KIFSIRTDV ASQPLATTLI GEISSYFTHW TGSLRFSFMF CGTANTTVKL LLAYTPPGIA EPTTRKDAML GTHVIWDVGL Q STISMVVP WISASHYRNT SPGRSTSGYI TCWYQTRLVI PPQTPPTARL LCFVSGCKDF CLRMARDTNL HLQSGAIAQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: Capsid protein VP4
分子 | 名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: rhinovirus A2 (ライノウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.356971 KDa |
配列 | 文字列: GAQVSRQNVG THSTQNSVSN GSSLNYFNIN YFKDAASNGA SKLEFTQDPS KFTDPVKDVL EKGIPTLQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #5: LAURIC ACID
分子 | 名称: LAURIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: DAO |
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分子量 | 理論値: 200.318 Da |
Chemical component information | ChemComp-DAO: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 5.8 構成要素:
詳細: 0.1 M phosphate buffer, pH 5.8 | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP | |||||||||
詳細 | The virus sample was purified from HeLa cells, diluted to a final concentration of 1 mg/mL in 100 mM potassium phosphate buffer, pH 5.8, and incubated at four degrees for one hour before the vitrification. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 246 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |