PDB-4v6x: Structure of the human 80S ribosome

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4v6x

タイトル

Structure of the human 80S ribosome

要素

(40S ribosomal protein ...) x 32
(60S acidic ribosomal protein ...) x 3
(60S ribosomal protein ...) x 44
18S ribosomal RNA
28S ribosomal RNA
5.8S ribosomal RNA
5S ribosomal RNA
E-tRNA
Elongation factor 2
Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding protein

キーワード

RIBOSOME / eukarya / eukaryotic / ribosomal / 80S / RNA / protein synthesis / mass spectrometry

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of diphthamide-EEF2 / cytoplasmic translational elongation / non-membrane-bounded organelle / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / PML body organization / SUMO binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding ...Synthesis of diphthamide-EEF2 / cytoplasmic translational elongation / non-membrane-bounded organelle / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / PML body organization / SUMO binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / eukaryotic 80S initiation complex / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of protein neddylation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / translation at presynapse / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / nucleolus organization / ribosomal protein import into nucleus / IRE1-RACK1-PP2A complex / : / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / 90S preribosome assembly / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of RNA splicing / negative regulation of DNA repair / TORC2 complex binding / GAIT complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / oxidized purine DNA binding / supercoiled DNA binding / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / middle ear morphogenesis / aggresome / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / A band / laminin receptor activity / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein kinase A binding / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / optic nerve development / translational elongation / ion channel inhibitor activity / pigmentation / mammalian oogenesis stage / positive regulation of mitochondrial depolarization / response to aldosterone / retinal ganglion cell axon guidance / Uptake and function of diphtheria toxin / G1 to G0 transition / homeostatic process / activation-induced cell death of T cells / lung morphogenesis / negative regulation of Wnt signaling pathway / fibroblast growth factor binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of activated T cell proliferation / protein kinase activator activity / iron-sulfur cluster binding / male meiosis I / regulation of cell division / Protein hydroxylation / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / BH3 domain binding / mTORC1-mediated signalling / macrophage chemotaxis / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Peptide chain elongation / monocyte chemotaxis / Selenocysteine synthesis / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / Formation of a pool of free 40S subunits / phagocytic cup / Eukaryotic Translation Termination / blastocyst development
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類似検索 - 構成要素

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å

データ登録者

Anger, A.M. / Armache, J.-P. / Berninghausen, O. / Habeck, M. / Subklewe, M. / Wilson, D.N. / Beckmann, R.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structures of the human and Drosophila 80S ribosome.
著者: Andreas M Anger / Jean-Paul Armache / Otto Berninghausen / Michael Habeck / Marion Subklewe / Daniel N Wilson / Roland Beckmann /

要旨: Protein synthesis in all cells is carried out by macromolecular machines called ribosomes. Although the structures of prokaryotic, yeast and protist ribosomes have been determined, the more complex ...

履歴

登録	2013年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2014年12月10日	ID: 3J3A, 3J3D, 3J3B, 3J3F
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Other
改定 1.2	2015年4月8日	Group: Other
改定 1.3	2018年7月18日	Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.4	2019年12月18日	Group: Database references / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_ref_seq_dif Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_ref_seq_dif.details
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登録構造単位

Az: Elongation factor 2

Ag: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1

AU: 40S ribosomal protein S20

AK: 40S ribosomal protein S10

AO: 40S ribosomal protein S14

AX: 40S ribosomal protein S23

AM: 40S ribosomal protein S12

AS: 40S ribosomal protein S18

Ad: 40S ribosomal protein S29

AN: 40S ribosomal protein S13

AL: 40S ribosomal protein S11

AR: 40S ribosomal protein S17

AP: 40S ribosomal protein S15

AT: 40S ribosomal protein S19

AB: 40S ribosomal protein S3a

AA: 40S ribosomal protein SA

AV: 40S ribosomal protein S21

AY: 40S ribosomal protein S24

AZ: 40S ribosomal protein S25

Aa: 40S ribosomal protein S26

Ab: 40S ribosomal protein S27

Ac: 40S ribosomal protein S28

AD: 40S ribosomal protein S3

Ae: 40S ribosomal protein S30

Af: 40S ribosomal protein S27a

AJ: 40S ribosomal protein S9

AE: 40S ribosomal protein S4, X isoform

AC: 40S ribosomal protein S2

AG: 40S ribosomal protein S6

AF: 40S ribosomal protein S5

AH: 40S ribosomal protein S7

AW: 40S ribosomal protein S15a

AI: 40S ribosomal protein S8

AQ: 40S ribosomal protein S16

Ah: Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding protein

B2: 18S ribosomal RNA

BC: E-tRNA

Cz: 60S ribosomal protein L10a

Cq: 60S acidic ribosomal protein P0

CK: 60S ribosomal protein L12

CO: 60S ribosomal protein L13a

CL: 60S ribosomal protein L13

CV: 60S ribosomal protein L23

CM: 60S ribosomal protein L14

Ca: 60S ribosomal protein L27a

CN: 60S ribosomal protein L15

CI: 60S ribosomal protein L10-like

CD: 60S ribosomal protein L5

CQ: 60S ribosomal protein L18

CR: 60S ribosomal protein L19

CA: 60S ribosomal protein L8

CS: 60S ribosomal protein L18a

CT: 60S ribosomal protein L21

CP: 60S ribosomal protein L17

CU: 60S ribosomal protein L22

CX: 60S ribosomal protein L23a

CY: 60S ribosomal protein L26

CW: 60S ribosomal protein L24

CZ: 60S ribosomal protein L27

Cr: 60S ribosomal protein L28

Ch: 60S ribosomal protein L35

Cb: 60S ribosomal protein L29

CB: 60S ribosomal protein L3

CF: 60S ribosomal protein L7

Cc: 60S ribosomal protein L30

Cd: 60S ribosomal protein L31

Ce: 60S ribosomal protein L32

Cf: 60S ribosomal protein L35a

Cg: 60S ribosomal protein L34

Ci: 60S ribosomal protein L36

Cj: 60S ribosomal protein L37

Ck: 60S ribosomal protein L38

Cl: 60S ribosomal protein L39

CC: 60S ribosomal protein L4

Cm: 60S ribosomal protein L40

Cn: 60S ribosomal protein L41

Cp: 60S ribosomal protein L37a

Co: 60S ribosomal protein L36a

CJ: 60S ribosomal protein L11

CH: 60S ribosomal protein L9

CE: 60S ribosomal protein L6

CG: 60S ribosomal protein L7a

Cs: 60S acidic ribosomal protein P1

Ct: 60S acidic ribosomal protein P1

Cu: 60S acidic ribosomal protein P2

Cv: 60S acidic ribosomal protein P2

A5: 28S ribosomal RNA

A7: 5S ribosomal RNA

A8: 5.8S ribosomal RNA

4.05 MDa, 89 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

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タンパク質 , 3種, 3分子 AzAgAh

#1: タンパク質	Elongation factor 2 / EF-2 分子量: 95463.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13639
#2: タンパク質	Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244
#35: タンパク質	Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding protein / PAI1 RNA-binding protein 1 / PAI-RBP1 / SERPINE1 mRNA-binding protein 1 分子量: 45051.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NC51

+
40S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 AUAKAOAXAMASAdANALARAPATABAAAVAYAZAaAbAcADAeAfAJAEACAGAFAHAWAIAQ

#3: タンパク質	40S ribosomal protein S20 分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#4: タンパク質	40S ribosomal protein S10 分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#5: タンパク質	40S ribosomal protein S14 分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#6: タンパク質	40S ribosomal protein S23 分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#7: タンパク質	40S ribosomal protein S12 分子量: 14548.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#8: タンパク質	40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3 分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#9: タンパク質	40S ribosomal protein S29 分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#10: タンパク質	40S ribosomal protein S13 分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#11: タンパク質	40S ribosomal protein S11 分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#12: タンパク質	40S ribosomal protein S17 分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#13: タンパク質	40S ribosomal protein S15 / RIG protein 分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#14: タンパク質	40S ribosomal protein S19 分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#15: タンパク質	40S ribosomal protein S3a / v-fos transformation effector protein / Fte-1 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#16: タンパク質	40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#17: タンパク質	40S ribosomal protein S21 分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#18: タンパク質	40S ribosomal protein S24 分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#19: タンパク質	40S ribosomal protein S25 分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#20: タンパク質	40S ribosomal protein S26 分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#21: タンパク質	40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#22: タンパク質	40S ribosomal protein S28 分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#23: タンパク質	40S ribosomal protein S3 分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23396
#24: タンパク質	40S ribosomal protein S30 分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861
#25: タンパク質	40S ribosomal protein S27a 分子量: 9445.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979
#26: タンパク質	40S ribosomal protein S9 分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#27: タンパク質	40S ribosomal protein S4, X isoform / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein 分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#28: タンパク質	40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#29: タンパク質	40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#30: タンパク質	40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S5 / N-terminally processed 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#31: タンパク質	40S ribosomal protein S7 分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#32: タンパク質	40S ribosomal protein S15a 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#33: タンパク質	40S ribosomal protein S8 分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#34: タンパク質	40S ribosomal protein S16 分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 B2BCA5A7A8

#36: RNA鎖	18S ribosomal RNA 分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: X03205
#37: RNA鎖	E-tRNA 分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: K00328
#85: RNA鎖	28S ribosomal RNA 分子量: 1640222.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: NR_003287
#86: RNA鎖	5S ribosomal RNA 分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: V00589
#87: RNA鎖	5.8S ribosomal RNA 分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: NR_046235

+
60S ribosomal protein ... , 44種, 44分子 CzCKCOCLCVCMCaCNCICDCQCRCACSCTCPCUCXCYCWCZCrChCbCBCFCcCdCeCf...

#38: タンパク質	60S ribosomal protein L10a / CSA-19 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 6 / NEDD-6 分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62906
#40: タンパク質	60S ribosomal protein L12 分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30050
#41: タンパク質	60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein 分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#42: タンパク質	60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1 分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373
#43: タンパク質	60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17 分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62829
#44: タンパク質	60S ribosomal protein L14 / CAG-ISL 7 分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50914
#45: タンパク質	60S ribosomal protein L27a 分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#46: タンパク質	60S ribosomal protein L15 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61313
#47: タンパク質	60S ribosomal protein L10-like 分子量: 24570.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96L21
#48: タンパク質	60S ribosomal protein L5 分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777
#49: タンパク質	60S ribosomal protein L18 分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#50: タンパク質	60S ribosomal protein L19 分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#51: タンパク質	60S ribosomal protein L8 分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917
#52: タンパク質	60S ribosomal protein L18a 分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#53: タンパク質	60S ribosomal protein L21 分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#54: タンパク質	60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / PD-1 分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#55: タンパク質	60S ribosomal protein L22 / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35268
#56: タンパク質	60S ribosomal protein L23a 分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#57: タンパク質	60S ribosomal protein L26 分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254
#58: タンパク質	60S ribosomal protein L24 / 60S ribosomal protein L30 分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83731
#59: タンパク質	60S ribosomal protein L27 分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61353
#60: タンパク質	60S ribosomal protein L28 分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779
#61: タンパク質	60S ribosomal protein L35 分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#62: タンパク質	60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP 分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47914
#63: タンパク質	60S ribosomal protein L3 / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B 分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39023
#64: タンパク質	60S ribosomal protein L7 分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#65: タンパク質	60S ribosomal protein L30 分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#66: タンパク質	60S ribosomal protein L31 分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62899
#67: タンパク質	60S ribosomal protein L32 分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#68: タンパク質	60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein 分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#69: タンパク質	60S ribosomal protein L34 分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49207
#70: タンパク質	60S ribosomal protein L36 分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#71: タンパク質	60S ribosomal protein L37 / G1.16 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61927
#72: タンパク質	60S ribosomal protein L38 分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#73: タンパク質	60S ribosomal protein L39 分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62891
#74: タンパク質	60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#75: タンパク質	60S ribosomal protein L40 / CEP52 分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62987
#76: タンパク質・ペプチド	60S ribosomal protein L41 / HG12 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945
#77: タンパク質	60S ribosomal protein L37a 分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61513
#78: タンパク質	60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein 分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83881
#79: タンパク質	60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#80: タンパク質	60S ribosomal protein L9 分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#81: タンパク質	60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107 分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#82: タンパク質	60S ribosomal protein L7a / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3 分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424

-
60S acidic ribosomal protein ... , 3種, 5分子 CqCsCtCuCv

#39: タンパク質	60S acidic ribosomal protein P0 / 60S ribosomal protein L10E 分子量: 34309.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05388
#83: タンパク質	60S acidic ribosomal protein P1 分子量: 11521.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05386
#84: タンパク質	60S acidic ribosomal protein P2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-44 分子量: 11676.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05387

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: 80S human ribosome from PBMCs / タイプ: RIBOSOME
分子量	値: 4.5 MDa / 実験値: NO
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % 詳細: Blot for 3 seconds using two pieces of filter paper, then plunge into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年2月11日
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 90000 X / 倍率（補正後）: 90000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 資料ホルダタイプ: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 20 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1

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解析

EMソフトウェア

名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成

CTF補正

詳細: each subvolume

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

手法: Projection matching / 解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 343343 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.2375 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.2375 Å / 対称性のタイプ: POINT

精密化ステップ

サイクル: LAST

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46276	0	0	0	46276

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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