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- PDB-4v5x: The cryo-EM structure of a 3D DNA-origami object -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v5x
タイトルThe cryo-EM structure of a 3D DNA-origami object
要素
  • (STAPLE STRAND) x 161
  • SCAFFOLD STRAND,SCAFFOLD STRAND
キーワードDNA / DNA-TEMPLATED DESIGN / SYNTHETIC BIOLOGY
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE M13 (ファージ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å
データ登録者Bai, X.C. / Martin, T.G. / Scheres, S.H.W. / Dietz, H.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Cryo-EM structure of a 3D DNA-origami object.
著者: Xiao-Chen Bai / Thomas G Martin / Sjors H W Scheres / Hendrik Dietz /
要旨: A key goal for nanotechnology is to design synthetic objects that may ultimately achieve functionalities known today only from natural macromolecular complexes. Molecular self-assembly with DNA has ...A key goal for nanotechnology is to design synthetic objects that may ultimately achieve functionalities known today only from natural macromolecular complexes. Molecular self-assembly with DNA has shown potential for creating user-defined 3D scaffolds, but the level of attainable positional accuracy has been unclear. Here we report the cryo-EM structure and a full pseudoatomic model of a discrete DNA object that is almost twice the size of a prokaryotic ribosome. The structure provides a variety of stable, previously undescribed DNA topologies for future use in nanotechnology and experimental evidence that discrete 3D DNA scaffolds allow the positioning of user-defined structural motifs with an accuracy that is similar to that observed in natural macromolecules. Thereby, our results indicate an attractive route to fabricate nanoscale devices that achieve complex functionalities by DNA-templated design steered by structural feedback.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2YMF, 2YMG, 2YMH, 2YMI, 2YMR
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年3月25日Group: Other
改定 2.02017年8月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software ...atom_site / em_software / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
改定 3.02019年7月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _entity_src_gen.entity_id / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_gen.pdbx_src_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_src_syn.entity_id / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_planes.auth_asym_id / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _struct_conn.details / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.12019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 3.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2210
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: SCAFFOLD STRAND,SCAFFOLD STRAND
A0: STAPLE STRAND
A1: STAPLE STRAND
A2: STAPLE STRAND
A3: STAPLE STRAND
A4: STAPLE STRAND
A5: STAPLE STRAND
A6: STAPLE STRAND
A7: STAPLE STRAND
A8: STAPLE STRAND
AB: STAPLE STRAND
AC: STAPLE STRAND
AD: STAPLE STRAND
AE: STAPLE STRAND
AF: STAPLE STRAND
AG: STAPLE STRAND
AH: STAPLE STRAND
AI: STAPLE STRAND
AJ: STAPLE STRAND
AK: STAPLE STRAND
AL: STAPLE STRAND
AM: STAPLE STRAND
AN: STAPLE STRAND
AO: STAPLE STRAND
AP: STAPLE STRAND
AQ: STAPLE STRAND
AR: STAPLE STRAND
AS: STAPLE STRAND
AT: STAPLE STRAND
AU: STAPLE STRAND
AV: STAPLE STRAND
AW: STAPLE STRAND
AX: STAPLE STRAND
AY: STAPLE STRAND
AZ: STAPLE STRAND
Ab: STAPLE STRAND
Ac: STAPLE STRAND
Ad: STAPLE STRAND
Af: STAPLE STRAND
Ag: STAPLE STRAND
Ah: STAPLE STRAND
Ai: STAPLE STRAND
Aj: STAPLE STRAND
Ak: STAPLE STRAND
Al: STAPLE STRAND
Am: STAPLE STRAND
An: STAPLE STRAND
Ao: STAPLE STRAND
As: STAPLE STRAND
Au: STAPLE STRAND
Av: STAPLE STRAND
Aw: STAPLE STRAND
Ax: STAPLE STRAND
Ay: STAPLE STRAND
Az: STAPLE STRAND
B0: STAPLE STRAND
B1: STAPLE STRAND
B2: STAPLE STRAND
B3: STAPLE STRAND
B4: STAPLE STRAND
B5: STAPLE STRAND
B6: STAPLE STRAND
B7: STAPLE STRAND
B8: STAPLE STRAND
B9: STAPLE STRAND
BB: STAPLE STRAND
BC: STAPLE STRAND
BD: STAPLE STRAND
BE: STAPLE STRAND
BF: STAPLE STRAND
BG: STAPLE STRAND
BH: STAPLE STRAND
BI: STAPLE STRAND
BJ: STAPLE STRAND
BK: STAPLE STRAND
BL: STAPLE STRAND
BM: STAPLE STRAND
BN: STAPLE STRAND
BO: STAPLE STRAND
BP: STAPLE STRAND
BQ: STAPLE STRAND
BR: STAPLE STRAND
BS: STAPLE STRAND
BT: STAPLE STRAND
BU: STAPLE STRAND
BV: STAPLE STRAND
BW: STAPLE STRAND
BX: STAPLE STRAND
BY: STAPLE STRAND
BZ: STAPLE STRAND
Ba: STAPLE STRAND
Bb: STAPLE STRAND
Bc: STAPLE STRAND
Bd: STAPLE STRAND
Be: STAPLE STRAND
Bf: STAPLE STRAND
Bg: STAPLE STRAND
Bh: STAPLE STRAND
Bi: STAPLE STRAND
Bj: STAPLE STRAND
Bk: STAPLE STRAND
Bl: STAPLE STRAND
Bm: STAPLE STRAND
Bn: STAPLE STRAND
Bo: STAPLE STRAND
Bp: STAPLE STRAND
Bq: STAPLE STRAND
Br: STAPLE STRAND
Bs: STAPLE STRAND
C0: STAPLE STRAND
C1: STAPLE STRAND
C2: STAPLE STRAND
C3: STAPLE STRAND
C4: STAPLE STRAND
C5: STAPLE STRAND
C6: STAPLE STRAND
C7: STAPLE STRAND
C8: STAPLE STRAND
CB: STAPLE STRAND
CC: STAPLE STRAND
CD: STAPLE STRAND
CE: STAPLE STRAND
CF: STAPLE STRAND
CG: STAPLE STRAND
CH: STAPLE STRAND
CI: STAPLE STRAND
CJ: STAPLE STRAND
CK: STAPLE STRAND
CL: STAPLE STRAND
CM: STAPLE STRAND
CN: STAPLE STRAND
CO: STAPLE STRAND
CP: STAPLE STRAND
CQ: STAPLE STRAND
CR: STAPLE STRAND
CS: STAPLE STRAND
CT: STAPLE STRAND
CU: STAPLE STRAND
CV: STAPLE STRAND
CW: STAPLE STRAND
CX: STAPLE STRAND
CY: STAPLE STRAND
CZ: STAPLE STRAND
Cb: STAPLE STRAND
Cc: STAPLE STRAND
Cd: STAPLE STRAND
Ce: STAPLE STRAND
Cf: STAPLE STRAND
Cg: STAPLE STRAND
Ch: STAPLE STRAND
Ck: STAPLE STRAND
Cp: STAPLE STRAND
Cq: STAPLE STRAND
Cr: STAPLE STRAND
Cs: STAPLE STRAND
Ct: STAPLE STRAND
Cu: STAPLE STRAND
Cv: STAPLE STRAND
Cw: STAPLE STRAND
Cx: STAPLE STRAND
Cy: STAPLE STRAND
Cz: STAPLE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,692,024162
ポリマ－4,692,024162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
DNA鎖 , 162種, 162分子 AAA0A1A2A3A4A5A6A7A8ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU...

#1: DNA鎖 SCAFFOLD STRAND,SCAFFOLD STRAND


分子量: 2236529.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ISOLATED M13 PHAGE GENOME (SINGLE-STRANDED),ISOLATED M13 PHAGE GENOME (SINGLE-STRANDED)
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE M13 (ファージ)
解説: M13 SINGLE-STRANDED PHAGE GENOME WAS PRODUCED IN E.COLI CELLS
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17040.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13578.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15511.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12230.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#6: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14807.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#7: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14780.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#8: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15464.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#9: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14646.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#10: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14915.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#11: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12142.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#12: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15050.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#13: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15408.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#14: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14141.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#15: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14669.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#16: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14206.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#17: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14627.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#18: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14811.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#19: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16067.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#20: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18479.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#21: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14739.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#22: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15255.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#23: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14723.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#24: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14647.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#25: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12225.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#26: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17719.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#27: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 19372.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#28: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 19698.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#29: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14866.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#30: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14811.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#31: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16044.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#32: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15186.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#33: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14668.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#34: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12847.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#35: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16569.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#36: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13844.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#37: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 21594.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#38: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14677.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#39: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14724.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#40: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14873.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#41: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13352.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#42: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14051.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#43: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 19167.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#44: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14427.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#45: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14603.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#46: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14738.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#47: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14783.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#48: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11088.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#49: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14856.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#50: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14668.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#51: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14776.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#52: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14700.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#53: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16015.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#54: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11672.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#55: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15777.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#56: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14858.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#57: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18217.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#58: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11130.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#59: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14792.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#60: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14648.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#61: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12362.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#62: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15522.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#63: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13550.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#64: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12030.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#65: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16897.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#66: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14819.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#67: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13567.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#68: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 10961.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#69: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 20973.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#70: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12298.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#71: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15221.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#72: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12828.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#73: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12823.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#74: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17870.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#75: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13573.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#76: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14710.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#77: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16003.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#78: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 19274.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#79: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14948.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#80: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 20124.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#81: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14687.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#82: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 19689.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#83: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14721.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#84: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15960.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#85: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16950.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#86: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13490.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#87: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16259.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#88: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15029.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#89: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14731.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#90: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 20185.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#91: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14797.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#92: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 20881.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#93: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15441.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#94: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17205.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#95: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14825.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#96: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14900.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#97: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14388.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#98: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14887.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#99: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 20567.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#100: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13759.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#101: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 20663.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#102: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14911.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#103: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14672.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#104: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 20798.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#105: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 20573.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#106: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14902.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#107: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18002.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#108: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15694.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#109: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16673.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#110: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12603.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#111: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15650.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#112: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17173.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#113: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14633.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#114: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 21768.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#115: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 19270.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#116: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14873.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#117: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16051.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#118: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13617.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#119: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16552.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#120: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14576.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#121: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14929.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#122: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12401.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#123: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12350.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#124: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13706.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#125: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14949.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#126: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13565.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#127: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18067.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#128: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14922.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#129: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14789.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#130: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16638.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#131: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12745.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#132: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14860.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#133: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17217.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#134: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11567.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#135: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14660.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#136: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14767.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#137: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14951.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#138: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9754.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#139: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16271.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#140: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11708.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#141: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14417.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#142: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13206.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#143: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14907.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#144: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13626.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#145: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 19047.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#146: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12966.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#147: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16020.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#148: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14770.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#149: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14218.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#150: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14330.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#151: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8874.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#152: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14865.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#153: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12440.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#154: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14115.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#155: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15330.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#156: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13488.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#157: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18509.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#158: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14077.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#159: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16704.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#160: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14153.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#161: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 20481.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#162: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14727.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: POINTER-SHAPED 3D DNA- ORIGAMI OBJECT / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 10 MM TRIS-HCL, 20 MM MGCL2, 5 MM NACL, 1 MM EDTA / pH: 7.6 / 詳細: 10 MM TRIS-HCL, 20 MM MGCL2, 5 MM NACL, 1 MM EDTA
試料濃度: 48 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2012年4月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 31000 X / 倍率（補正後）: 39436 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4460 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 890 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 80 K
撮影電子線照射量: 10 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 283
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: WIENER FILTER (RELION)
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MAXIMUM A POSTERIORI ESTIMATION / 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28502 / ピクセルサイズ（公称値）: 3.55 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 3.55 Å / 倍率補正: EXPERIMENTAL CROSS-GRATING
詳細: TWO MODELS WERE REFINED INDEPENDENTLY TO PREVENT OVERFITTING THROUGH GOLD-STANDARD FOURIER-SHELL CORRELATIONS. THERE IS A MISSING COVALENT BOND BETWEEN THE LAST BASE OF THIS PDB FILE AND THE ...詳細: TWO MODELS WERE REFINED INDEPENDENTLY TO PREVENT OVERFITTING THROUGH GOLD-STANDARD FOURIER-SHELL CORRELATIONS. THERE IS A MISSING COVALENT BOND BETWEEN THE LAST BASE OF THIS PDB FILE AND THE FIRST ONE IN PDB ENTRY 2YMG. IN ADDITION THERE IS A COVALENT BOND BETWEEN THE FIRST BASE IN THIS FILE AND THE LAST IN 2YMG GIVING A CIRCULAR MOLECULE. IN TOTAL THERE ARE FIVE PDB FILES. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2210.(DEPOSITION ID: 11146).
Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
詳細: METHOD--MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING REFINEMENT PROTOCOL--THEORETICAL
精密化最高解像度: 11.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 11.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 99989 0 0 99989

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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