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- PDB-4v1n: Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v1n
タイトルArchitecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex
要素
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ...) x 7
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC ...) x 5
  • (TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF SUBUNIT ...) x 2
  • NONTEMPLATE DNA
  • RNA
  • TATA-BOX-BINDING PROTEIN
  • TEMPLATE DNA
  • TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION INITIATION / RNA POLYMERASE II / GENERAL TRANSCRIPTION FACTORS
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RPB4-RPB7 complex ...RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RPB4-RPB7 complex / RNA polymerase II core complex assembly / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / transcription factor TFIIF complex / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Initiation / DNA binding, bending / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase II transcription / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / : / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / : / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase II complex binding / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / acetyltransferase activity / transcription factor TFIID complex / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / translesion synthesis / RNA polymerase II activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / translation initiation factor binding / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase / peroxisome / disordered domain specific binding / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site ...Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIB / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Transcription initiation factor IIF subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SACCHAROMYCES MIKATAE (酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Plaschka, C. / Lariviere, L. / Wenzeck, L. / Hemann, M. / Tegunov, D. / Petrotchenko, E.V. / Borchers, C.H. / Baumeister, W. / Herzog, F. / Villa, E. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core initiation complex.
著者: C Plaschka / L Larivière / L Wenzeck / M Seizl / M Hemann / D Tegunov / E V Petrotchenko / C H Borchers / W Baumeister / F Herzog / E Villa / P Cramer /
要旨: The conserved co-activator complex Mediator enables regulated transcription initiation by RNA polymerase (Pol) II. Here we reconstitute an active 15-subunit core Mediator (cMed) comprising all ...The conserved co-activator complex Mediator enables regulated transcription initiation by RNA polymerase (Pol) II. Here we reconstitute an active 15-subunit core Mediator (cMed) comprising all essential Mediator subunits from Saccharomyces cerevisiae. The cryo-electron microscopic structure of cMed bound to a core initiation complex was determined at 9.7 Å resolution. cMed binds Pol II around the Rpb4-Rpb7 stalk near the carboxy-terminal domain (CTD). The Mediator head module binds the Pol II dock and the TFIIB ribbon and stabilizes the initiation complex. The Mediator middle module extends to the Pol II foot with a 'plank' that may influence polymerase conformation. The Mediator subunit Med14 forms a 'beam' between the head and middle modules and connects to the tail module that is predicted to bind transcription activators located on upstream DNA. The Mediator 'arm' and 'hook' domains contribute to a 'cradle' that may position the CTD and TFIIH kinase to stimulate Pol II phosphorylation.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32015年9月16日Group: Other
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / em_3d_fitting ...atom_site / em_3d_fitting / em_image_scans / em_software / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
改定 2.12019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation ...diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_ref
Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_ref.db_code
改定 2.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2785
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3
I: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4
M: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB
N: NONTEMPLATE DNA
O: TATA-BOX-BINDING PROTEIN
P: RNA
Q: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF SUBUNIT ALPHA
R: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF SUBUNIT BETA
T: TEMPLATE DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)728,68829
ポリマ－728,07519
非ポリマー61310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ... , 7種, 7分子 ABCDGIK

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 1 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B1 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III ...RNA POLYMERASE II SUBUNIT 1 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B1 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III LARGEST SUBUNIT / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 2 / B150 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 140 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 3 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B3 / B44.5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II ...RNA POLYMERASE II SUBUNIT 3 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B3 / B44.5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 45 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P16370
#4: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B4 / B32 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 32 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P20433
#7: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B7 / B16


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P34087
#9: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B9 / B12.6 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 14.2 KDA POLYPEPTIDE / DNA- ...RNA POLYMERASE II SUBUNIT B9 / B12.6 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 14.2 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT 9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P27999
#11: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B11 / B13.6 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 13.6 KDA POLYPEPTIDE


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / Fragment: 2.7.7.6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P38902

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1 / RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC1 / ABC27 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / ...RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC1 / ABC27 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III 27 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT RPABC 1


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P20434
#6: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2 / RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC2 / ABC23 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / ...RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC2 / ABC23 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III 23 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT RPABC 2


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P20435
#8: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 3 / RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC3 / ABC14.4 / ABC14 .5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES ...RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC3 / ABC14.4 / ABC14 .5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III 14.5 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT RPABC 3


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P20436
#10: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 5 / RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC5 / ABC10-BETA / ABC8 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES ...RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC5 / ABC10-BETA / ABC8 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III 8.3 KDA POLYPEPTIDE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT RPABC 5


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P22139
#12: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4 / RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC4 / ABC10-ALPHA / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / ...RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT ABC4 / ABC10-ALPHA / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I\ / II\ / AND III SUBUNIT RPABC 4


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: BJ5464 RPB3 HIS-BIO / 参照: UniProt: P40422

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タンパク質 , 2種, 2分子 MO

#13: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB / GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR TFIIB / TRANSCRIPTION FACTOR E


分子量: 38257.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P29055
#15: タンパク質 TATA-BOX-BINDING PROTEIN / TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TBP / TATA-BINDING FACTOR / TATA-BOX FACTOR / TRANSCRIPTION FACTOR ...TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TBP / TATA-BINDING FACTOR / TATA-BOX FACTOR / TRANSCRIPTION FACTOR D / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID TBP SUBUNIT


分子量: 20251.949 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 61-240 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P13393

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 NONTEMPLATE DNA


分子量: 15449.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#19: DNA鎖 TEMPLATE DNA


分子量: 17812.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#16: RNA鎖 RNA


分子量: 1860.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF SUBUNIT ... , 2種, 2分子 QR

#17: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF SUBUNIT ALPHA


分子量: 82366.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES MIKATAE (酵母) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P29055, UniProt: A0A0H2UKZ8*PLUS
#18: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIF SUBUNIT BETA / ATP-DEPENDENT HELICASE TFG2 / TFIIF MEDIUM SUBUNIT / TFIIF-BETA / TRANSCRIPTION FACTOR G 54 KDA SUBUNIT


分子量: 37918.438 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-140,210-400 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P41896, DNA helicase

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非ポリマー , 2種, 10分子

#20: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#21: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CITC / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
pH: 7.5
詳細: 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結凍結剤: ETHANE
詳細: GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY ...詳細: GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年8月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 37000 X / 倍率（補正後）: 37169 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 1.2 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.8 Å / 粒子像の数: 4439 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.35 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.35 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD -2785.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY
精密化最高解像度: 7.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36213 2223 10 0 38446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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