[日本語] English
万見
- PDB-4c4q: Cryo-EM map of the CSFV IRES in complex with the small ribosomal ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c4q
タイトルCryo-EM map of the CSFV IRES in complex with the small ribosomal 40S subunit and DHX29
要素INTERNAL RIBOSOMAL ENTRY SITE
キーワードRNA / INTERNAL RIBOSOMAL ENTRY SITE / 5'-END INDEPENDENT INITIATION / HCV-LIKE IRES
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Hashem, Y. / desGeorges, A. / Dhote, V. / Langlois, R. / Liao, H.Y. / Grassucci, R.A. / Pestova, T.V. / Hellen, C.U.T. / Frank, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Hepatitis-C-virus-like internal ribosome entry sites displace eIF3 to gain access to the 40S subunit.
著者: Yaser Hashem / Amedee des Georges / Vidya Dhote / Robert Langlois / Hstau Y Liao / Robert A Grassucci / Tatyana V Pestova / Christopher U T Hellen / Joachim Frank /
要旨: Hepatitis C virus (HCV) and classical swine fever virus (CSFV) messenger RNAs contain related (HCV-like) internal ribosome entry sites (IRESs) that promote 5'-end independent initiation of ...Hepatitis C virus (HCV) and classical swine fever virus (CSFV) messenger RNAs contain related (HCV-like) internal ribosome entry sites (IRESs) that promote 5'-end independent initiation of translation, requiring only a subset of the eukaryotic initiation factors (eIFs) needed for canonical initiation on cellular mRNAs. Initiation on HCV-like IRESs relies on their specific interaction with the 40S subunit, which places the initiation codon into the P site, where it directly base-pairs with eIF2-bound initiator methionyl transfer RNA to form a 48S initiation complex. However, all HCV-like IRESs also specifically interact with eIF3 (refs 2, 5-7, 9-12), but the role of this interaction in IRES-mediated initiation has remained unknown. During canonical initiation, eIF3 binds to the 40S subunit as a component of the 43S pre-initiation complex, and comparison of the ribosomal positions of eIF3 and the HCV IRES revealed that they overlap, so that their rearrangement would be required for formation of ribosomal complexes containing both components. Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of a 40S ribosomal complex containing eIF3 and the CSFV IRES. Remarkably, although the position and interactions of the CSFV IRES with the 40S subunit in this complex are similar to those of the HCV IRES in the 40S-IRES binary complex, eIF3 is completely displaced from its ribosomal position in the 43S complex, and instead interacts through its ribosome-binding surface exclusively with the apical region of domain III of the IRES. Our results suggest a role for the specific interaction of HCV-like IRESs with eIF3 in preventing ribosomal association of eIF3, which could serve two purposes: relieving the competition between the IRES and eIF3 for a common binding site on the 40S subunit, and reducing formation of 43S complexes, thereby favouring translation of viral mRNAs.
履歴
登録2013年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22013年12月4日Group: Database references
改定 2.02017年8月2日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2450
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2450
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
N: INTERNAL RIBOSOMAL ENTRY SITE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3521
ポリマ－75,3521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: RNA鎖 INTERNAL RIBOSOMAL ENTRY SITE


分子量: 75351.680 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN III OF CSFV IRES, RESIDUES 128-360 / 由来タイプ: 合成
詳細: AS DOMAIN II IS TRUNCATED, THE IRES STRUCTURED BODY CONSISTS MAINLY ON DOMAINS III (RESIDUES 128-360)
由来: (合成) CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス)
参照: GenBank: J04358

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: CSFV IRES TRUNCATED FROM DOMAIN II, IN COMPLEX WITH THE RABBIT SMALL RIBOSOMAL 40S SUBUNIT AND TO DHX29
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20 MM TRIS, 75 MM KCL, 5MM MG, 2 MM DTT AND 0.25 MM SPERMIDINE
pH: 7.5
詳細: 20 MM TRIS, 75 MM KCL, 5MM MG, 2 MM DTT AND 0.25 MM SPERMIDINE
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- 30 SECONDS WAITING AFTER SAMPLE DEPOSITION ON THE GRID, BLOTTING FOR SECONDS BEFORE PLUNGING,

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2013年2月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 51570 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.26 mm
試料ホルダ温度: 110 K
撮影電子線照射量: 12 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 2000
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION３次元再構成
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: TEMPLATE MATCHING / 解像度: 8.5 Å / 粒子像の数: 72900 / ピクセルサイズ（実測値）: 2.245 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2450. (DEPOSITION ID: 11933)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 2XZM

2xzm
PDB 未公開エントリ


Accession code: 2XZM / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 8.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4986 0 0 4986

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る