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- PDB-4c2i: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 1 complexed with Fab f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c2i
タイトルCryo-EM structure of Dengue virus serotype 1 complexed with Fab fragments of human antibody 1F4
要素
  • ENVELOPE PROTEIN
  • HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
  • LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
  • POLYPROTEIN
キーワードVIRUS / E PROTEINS / NEUTRALIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種DENGUE VIRUS 1 (デング熱ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, C, E, B, D, F, H, M, L, N
データ登録者Fibriansah, G. / Tan, J.L. / de Alwis, R. / Smith, S.A. / Ng, T.-S. / Kostyuchenko, V.A. / Ibarra, K.D. / Harris, E. / de Silva, A. / Crowe Junior, J.E. / Lok, S.-M.
引用ジャーナル: EMBO Mol Med / 年: 2014
タイトル: A potent anti-dengue human antibody preferentially recognizes the conformation of E protein monomers assembled on the virus surface.
著者: Guntur Fibriansah / Joanne L Tan / Scott A Smith / Adamberage R de Alwis / Thiam-Seng Ng / Victor A Kostyuchenko / Kristie D Ibarra / Jiaqi Wang / Eva Harris / Aravinda de Silva / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
要旨: Dengue virus (DENV), which consists of four serotypes (DENV1-4), infects over 400 million people annually. Previous studies have indicated most human monoclonal antibodies (HMAbs) from dengue ...Dengue virus (DENV), which consists of four serotypes (DENV1-4), infects over 400 million people annually. Previous studies have indicated most human monoclonal antibodies (HMAbs) from dengue patients are cross-reactive and poorly neutralizing. Rare neutralizing HMAbs are usually serotype-specific and bind to quaternary structure-dependent epitopes. We determined the structure of DENV1 complexed with Fab fragments of a highly potent HMAb 1F4 to 6 Å resolution by cryo-EM. Although HMAb 1F4 appeared to bind to virus and not E proteins in ELISAs in the previous study, our structure showed that the epitope is located within an envelope (E) protein monomer, and not across neighboring E proteins. The Fab molecules bind to domain I (DI), and DI-DII hinge of the E protein. We also showed that HMAb 1F4 can neutralize DENV at different stages of viral entry in a cell type and receptor dependent manner. The structure reveals the mechanism by which this potent and specific antibody blocks viral infection.
履歴
登録2013年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Other / Source and taxonomy
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.image_processing_id
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2442
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MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE PROTEIN
B: POLYPROTEIN
C: ENVELOPE PROTEIN
D: POLYPROTEIN
E: ENVELOPE PROTEIN
F: POLYPROTEIN
H: HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
L: LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
M: HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
N: LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,28716
ポリマ－286,53810
非ポリマー2,7506
水00
1
A: ENVELOPE PROTEIN
B: POLYPROTEIN
C: ENVELOPE PROTEIN
D: POLYPROTEIN
E: ENVELOPE PROTEIN
F: POLYPROTEIN
H: HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
L: LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
M: HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
N: LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,357,240960
ポリマ－17,192,264600
非ポリマー164,976360
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: ENVELOPE PROTEIN
B: POLYPROTEIN
C: ENVELOPE PROTEIN
D: POLYPROTEIN
E: ENVELOPE PROTEIN
F: POLYPROTEIN
H: HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
L: LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
M: HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
N: LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.45 MDa, 50 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,446,43780
ポリマ－1,432,68950
非ポリマー13,74830
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: ENVELOPE PROTEIN
B: POLYPROTEIN
C: ENVELOPE PROTEIN
D: POLYPROTEIN
E: ENVELOPE PROTEIN
F: POLYPROTEIN
H: HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
L: LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
M: HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
N: LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.74 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,735,72496
ポリマ－1,719,22660
非ポリマー16,49836
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
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48generate(0.447214, -0.850651, -0.276393), (-0.525731, -0.850651), (0.723607, 0.525731, -0.447214)
49generate(-0.67082, -0.16246, 0.723607), (-0.688191, 0.5, -0.525731), (-0.276393, -0.850651, -0.447214)
50generate(0.447214, -0.525731, 0.723607), (-0.850651, 0.525731), (-0.276393, -0.850651, -0.447214)
51generate(0.361803, -0.262866, 0.894427), (0.587785, 0.809017), (-0.723607, 0.525731, 0.447214)
52generate(0.638197, -0.262866, 0.723607), (0.262866, -0.809017, -0.525731), (0.723607, 0.525731, -0.447214)
53generate(0.861803, -0.425325, 0.276393), (0.425325, 0.309017, -0.850651), (0.276393, 0.850651, 0.447214)
54generate(-0.052786, -0.688191, 0.723607), (-0.688191, -0.5, -0.525731), (0.723607, -0.525731, -0.447214)
55generate(0.361803, 0.262866, 0.894427), (-0.587785, 0.809017), (-0.723607, -0.525731, 0.447214)
56generate(0.861803, 0.425325, 0.276393), (-0.425325, 0.309017, 0.850651), (0.276393, -0.850651, 0.447214)
57generate(0.309017, -0.951057), (0.951057, 0.309017), (1)
58generate(-0.447214, 0.894427), (-1), (0.894427, 0.447214)
59generate(-0.138197, -0.951057, 0.276393), (0.425325, -0.309017, -0.850651), (0.894427, 0.447214)
60generate(-0.138197, 0.425325, 0.894427), (-0.951057, -0.309017), (0.276393, -0.850651, 0.447214)

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 ENVELOPE PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 53894.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STRAIN PVP159 / 由来: (天然) DENGUE VIRUS 1 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: Q7TGE4
#2: タンパク質 POLYPROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8081.494 Da / 分子数: 3 / Fragment: MEMBRANE PROTEIN, RESIDUES 206-280 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: STRAIN PVP159 / 由来: (天然) DENGUE VIRUS 1 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: G3F5K5

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抗体 , 2種, 4分子 HMLN

#3: 抗体 HEAVY CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24835.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B CELLS
#4: 抗体 LIGHT CHAIN FAB FRAGMENT OF ANTIBODY 1F4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 25468.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B CELLS

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糖 , 3種, 6分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

配列の詳細DENGUE VIRUS SEROTYPE 1 STRAIN PVP159 USED IN THIS STRUCTURAL STUDY IS A LABORATORY STRAIN. IT HAS ...DENGUE VIRUS SEROTYPE 1 STRAIN PVP159 USED IN THIS STRUCTURAL STUDY IS A LABORATORY STRAIN. IT HAS SEVERAL MUTATIONS COMPARED TO THAT DESCRIBED IN Q7TGE4. IT HAS BEEN SEQUENCED AS A PART OF POLYPROTEIN ENCODED BY THE VIRAL GENOME.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DENGUE VIRUS SEROTYPE 1 WITH FAB FRAGMENTS OF HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY 1F4
タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 12 MM TRIS-HCL PH 8.0, 120 MM NACL AND 1 MM EDTA / pH: 8 / 詳細: 12 MM TRIS-HCL PH 8.0, 120 MM NACL AND 1 MM EDTA
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT WITH FILTER PAPER FOR 2 S BEFORE PLUNGING,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年9月14日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影電子線照射量: 17.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 254
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN３次元再構成
2MPSA３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: CROSS-COMMON LINES / 解像度: 6 Å / 粒子像の数: 10270 / ピクセルサイズ（公称値）: 1 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2442. (DEPOSITION ID: 11902).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM
原子モデル構築PDB-ID: 4AZX

4azx
PDB 未公開エントリ


Accession code: 4AZX / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2579 0 182 0 2761

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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