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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zuo | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of acetylpolyamine amidohydrolase from Mycoplana ramosa in complex with a hydroxamate inhibitor | |||||||||
要素 | Acetylpolyamine aminohydrolase | |||||||||
キーワード | Hydrolase/Hydrolase inhibitor / acetylpolyamine amidohydrolase / arginase fold / enzyme-inhibitor complex / polyamine / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycoplana ramosa (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Decroos, C. / Christianson, D.W. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Design, Synthesis, and Evaluation of Polyamine Deacetylase Inhibitors, and High-Resolution Crystal Structures of Their Complexes with Acetylpolyamine Amidohydrolase. 著者: Decroos, C. / Christianson, D.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zuo.cif.gz | 304 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zuo.ent.gz | 244.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zuo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4zuo_validation.pdf.gz | 461 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4zuo_full_validation.pdf.gz | 463 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4zuo_validation.xml.gz | 36.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4zuo_validation.cif.gz | 58.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zuo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36369.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycoplana ramosa (バクテリア) / 遺伝子: aphA, aph / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48935 |
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-非ポリマー , 6種, 1021分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M NH4Cl, 20% (w/v) PEG 3,350 Additional 2 day soaking in precipitant solution supplemented with 2.5 mM inhibitor |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.069 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.069 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→38.9 Å / Num. obs: 155090 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.38 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3Q9B 解像度: 1.33→38.84 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 13.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→38.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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