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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zu3 | |||||||||
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タイトル | Halohydrin hydrogen-halide-lyases, HheB | |||||||||
要素 | Halohydrin epoxidase B | |||||||||
キーワード | LYASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Corynebacterium sp. (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Watanabe, F. / Yu, F. / Ohtaki, A. / Yamanaka, Y. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2015 タイトル: Crystal structures of halohydrin hydrogen-halide-lyases from Corynebacterium sp. N-1074 著者: Watanabe, F. / Yu, F. / Ohtaki, A. / Yamanaka, Y. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Odaka, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zu3.cif.gz | 504.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zu3.ent.gz | 421.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zu3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4zu3_validation.pdf.gz | 484.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4zu3_full_validation.pdf.gz | 492.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4zu3_validation.xml.gz | 55.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4zu3_validation.cif.gz | 79.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zu3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25323.432 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア) 遺伝子: hheB / プラスミド: pSTT002 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q46347 #2: 化合物 | ChemComp-4SD / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: PEG 4000, magnesium chloride, calcium chloride, MES [2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid] buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 71131 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 33.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZD6 解像度: 2.2→47.013 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.013 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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