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- PDB-4zji: PAK1 in complex with 2-chloro-5-ethyl-8-fluoro-11-(4-methylpipera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zji
タイトルPAK1 in complex with 2-chloro-5-ethyl-8-fluoro-11-(4-methylpiperazin-1-yl)-dibenzodiazepine
要素Serine/threonine-protein kinase PAK 1
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / kinase / PAK1 / allosteric
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHOV GTPase cycle / branching morphogenesis of an epithelial tube / regulation of axonogenesis / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / RHOJ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / exocytosis / RHOU GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / intercalated disc / Generation of second messenger molecules / ephrin receptor signaling pathway / Smooth Muscle Contraction / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phosphorylation / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / collagen binding / positive regulation of microtubule polymerization / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / CD209 (DC-SIGN) signaling / neuron projection morphogenesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament / FCERI mediated MAPK activation / wound healing / MAPK6/MAPK4 signaling / Z disc / G beta:gamma signalling through CDC42 / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / chromosome / actin cytoskeleton organization / nuclear membrane / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / chromatin remodeling / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / axon / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / : / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / : / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4OQ / Serine/threonine-protein kinase PAK 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Gutmann, S. / Rummel, G.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Optimization of a Dibenzodiazepine Hit to a Potent and Selective Allosteric PAK1 Inhibitor.
著者: Karpov, A.S. / Amiri, P. / Bellamacina, C. / Bellance, M.H. / Breitenstein, W. / Daniel, D. / Denay, R. / Fabbro, D. / Fernandez, C. / Galuba, I. / Guerro-Lagasse, S. / Gutmann, S. / Hinh, L. ...著者: Karpov, A.S. / Amiri, P. / Bellamacina, C. / Bellance, M.H. / Breitenstein, W. / Daniel, D. / Denay, R. / Fabbro, D. / Fernandez, C. / Galuba, I. / Guerro-Lagasse, S. / Gutmann, S. / Hinh, L. / Jahnke, W. / Klopp, J. / Lai, A. / Lindvall, M.K. / Ma, S. / Mobitz, H. / Pecchi, S. / Rummel, G. / Shoemaker, K. / Trappe, J. / Voliva, C. / Cowan-Jacob, S.W. / Marzinzik, A.L.
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
B: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
C: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
D: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,19410
ポリマ－133,6544
非ポリマー1,5406
水14,322795
1
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7862
ポリマ－33,4131
非ポリマー3731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7862
ポリマ－33,4131
非ポリマー3731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8113
ポリマ－33,4131
非ポリマー3972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8113
ポリマ－33,4131
非ポリマー3972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.520, 115.060, 116.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase PAK 1 / Alpha-PAK / p21-activated kinase 1 / PAK-1 / p65-PAK


分子量: 33413.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13153, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-4OQ / 2-chloro-5-ethyl-8-fluoro-11-(4-methylpiperazin-1-yl)-dibenzodiazepine


分子量: 372.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22ClFN4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Equal volumes (1.0 uL) of reservoir solution and protein solution were mixed. Reservoir solution: 17.2% (w/v) PEG3350, 0.2 M magnesium formate (dihydrate)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→81.83 Å / Num. obs: 91689 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.73 % / Biso Wilson estimate: 28.72 Å2 / Net I/σ(I): 15.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→81.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9444 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9281 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.133
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 5052 5.01 %RANDOM
Rwork0.1909 ---
obs0.1924 100933 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5998 Å20 Å20 Å2
2---8.6272 Å20 Å2
3---4.0274 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.222 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→81.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8429 0 106 795 9330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018686HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0211811HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2981SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes211HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1311HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8686HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.38
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1186SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10867SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 374 5.11 %
Rwork0.1963 6945 -
all0.1967 7319 -
obs--98.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13750.18680.35140.51480.19470.63520.0468-0.05920.0133-0.0148-0.0244-0.02930.04780.0352-0.0224-0.04-0.00560.0012-0.08430.0027-0.05844.132840.555247.9922
21.2025-0.31120.54980.4527-0.41091.2336-0.01860.11210.08220.02640.00020.0084-0.107-0.11190.0184-0.0650.0263-0.0048-0.05580.0301-0.098-24.447741.110610.4089
31.3667-0.02190.29130.47-0.04580.92250.03620.2040.0058-0.05710.03310.0803-0.0035-0.1626-0.0694-0.09450.0066-0.0017-0.05210.0161-0.0695-38.206815.90326.7833
41.4375-0.09660.36230.5037-0.02070.88430.0235-0.01930.0660.0367-0.0019-0.0446-0.00040.1103-0.0216-0.06410.00550.0047-0.0963-0.0023-0.061917.415315.630731.0935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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