PDB-4yff: TNNI3K complexed with inhibitor 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yff

タイトル

TNNI3K complexed with inhibitor 2

要素

Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

bundle of His cell to Purkinje myocyte communication / peptidyl-serine autophosphorylation / regulation of cardiac conduction / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of heart rate / protein phosphorylation / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.07 Å

データ登録者

Shewchuk, L.M. / Wang, L. / Lawhorn, B.G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Identification of Purines and 7-Deazapurines as Potent and Selective Type I Inhibitors of Troponin I-Interacting Kinase (TNNI3K).
著者: Lawhorn, B.G. / Philp, J. / Zhao, Y. / Louer, C. / Hammond, M. / Cheung, M. / Fries, H. / Graves, A.P. / Shewchuk, L. / Wang, L. / Cottom, J.E. / Qi, H. / Zhao, H. / Totoritis, R. / Zhang, G. ...

履歴

登録	2015年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yff.cif.gz	415.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yff.ent.gz	343.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yff	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yfiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dak-2 4yfi-1 4yfi-2 4rlp-2 4bcr-d 6wan-3 4rvj-d 5d9h-d 1ly9-d 1yw6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

B: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

C: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

D: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

D: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

C: Serine/threonine-protein kinase TNNI3K

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.447, 106.071, 93.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	E
2	3	F
3	3	G
4	3	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	445 - 725
2	1	1	1	B	445 - 725
1	1	2	1	C	455 - 725
2	1	2	1	D	455 - 725
1	1	3	1	E	1
2	1	3	1	F	1
3	1	3	1	G	1
4	1	3	1	H	1

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.999986, -0.005281, 0.000883), (0.005325, 0.99805, -0.06219), (-0.000553, 0.062194, 0.998064)	38.783119, -52.748131, -5.72273
3	given	(0.194156, -0.553357, -0.81), (-0.506279, -0.76377, 0.40042), (-0.840229, 0.332342, -0.428444)	78.121773, -5.72037, 23.87322
4	given	(0.174494, -0.546632, -0.818991), (-0.564708, -0.736927, 0.371542), (-0.806633, 0.397659, -0.437277)	39.1992, -20.191351, 72.149117

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase TNNI3K / Cardiac ankyrin repeat kinase / Cardiac troponin I-interacting kinase / TNNI3-interacting kinase 分子量: 34888.363 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 521-831 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNI3K, CARK / プラスミド: pFASTBAC / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) 参照: UniProt: Q59H18, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-4CV / 3-[(5-bromo-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]-N-methyl-4-(morpholin-4-yl)benzenesulfonamide 分子量: 467.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉BrN₆O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 8% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, and 0.1M Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.06→50 Å / Num. obs: 30089 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 2.233 / Net I/av σ(I): 20.486 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 103684

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
3.06-3.2	3.5	0.779	1467	1.75	99.9
3.2-3.26	3.5	0.574	1548	1.549	100
3.26-3.33	3.6	0.548	1475	1.728	99.9
3.33-3.39	3.5	0.395	1542	1.79	100
3.39-3.47	3.6	0.36	1491	1.803	99.8
3.47-3.55	3.6	0.273	1511	1.881	99.8
3.55-3.64	3.6	0.214	1498	1.977	99.7
3.64-3.73	3.5	0.191	1526	2.057	99.8
3.73-3.84	3.6	0.166	1476	2.185	99.9
3.84-3.97	3.5	0.141	1532	2.134	99.7
3.97-4.11	3.5	0.123	1500	2.334	99.6
4.11-4.27	3.4	0.098	1512	2.435	99.5
4.27-4.47	3.4	0.089	1501	2.692	98.5
4.47-4.7	3.3	0.079	1489	2.721	99.1
4.7-5	3.3	0.075	1501	2.545	98.9
5-5.38	3.4	0.073	1511	2.574	99.2
5.38-5.93	3.4	0.07	1525	2.469	99.3
5.93-6.78	3.4	0.065	1517	2.515	99.3
6.78-8.54	3.2	0.047	1510	2.741	98.7
8.54-50	2.8	0.039	1457	3.368	92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.07→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 39.507 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1512	5 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.211	28481	95.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.3 Å²	0 Å²	0.07 Å²
2-	-	8.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.07→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8089	0	112	19	8220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	8412
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	7896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.231	1.97	11428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.888	3	18127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.758	5	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.01	23.768	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.353	15	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.074	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.66	6.713	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.658	6.712	4161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.004	10.048	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.004	10.049	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.592	6.94	4250
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.499	6.941	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.715	10.285	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.889	53.256	9562
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.697	52.744	9336
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3983	3.95
2	1	C	3831	4.86
3	3	A	28	8.31
3	3	B	28	4.1
3	3	C	28	12.52
3	3	D	28	4.04

LS精密化シェル

解像度: 3.07→3.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	62	-
R_work	0.341	1253	-
obs	-	-	57.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.62	0.3232	0.4986	0.1427	0.2314	0.4038	-0.1022	-0.0961	-0.2564	-0.0634	0.0178	-0.001	-0.1244	-0.0151	0.0845	0.1552	-0.0141	0.0076	0.0209	-0.0105	0.2166	39.003	-37.652	3.234
2	2.1738	0.1678	0.6405	0.0645	0.0949	0.2566	-0.0954	-0.2891	-0.261	-0.0605	0.0719	-0.008	-0.103	-0.0283	0.0235	0.1316	-0.0054	0.0208	0.1405	0.0951	0.2146	0.18	15.605	8.116
3	0.1029	0.1237	0.2244	0.636	0.5668	1.6267	0.0418	0.0865	-0.0704	0.1434	0.1117	0.0674	-0.3476	0.2016	-0.1534	0.2822	-0.0075	0.062	0.1213	-0.0542	0.1086	26.029	38.897	27.749
4	0.1906	0.0715	0.0353	0.8721	0.1729	0.5857	0.1112	0.0835	-0.0644	0.2385	-0.0251	0.0335	-0.0333	0.0609	-0.0861	0.2276	-0.005	0.0257	0.0657	-0.0176	0.1531	65.661	-14.504	23.857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	445 - 726
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	445 - 726
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	452 - 725
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	452 - 726

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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