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万見
- PDB-4ydn: High resolution crystal structure of human transthyretin bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydn
タイトルHigh resolution crystal structure of human transthyretin bound to ligand and conjugates of 4-(5-(3,5-dichloro-4-hydroxyphenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl)phenyl fluorosulfate
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Hormone transport protein / Thyroxine / retinol
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2WN / Chem-4B8 / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Connelly, S. / Bradbury, N.C.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: A Fluorogenic Aryl Fluorosulfate for Intraorganellar Transthyretin Imaging in Living Cells and in Caenorhabditis elegans.
著者: Baranczak, A. / Liu, Y. / Connelly, S. / Du, W.G. / Greiner, E.R. / Genereux, J.C. / Wiseman, R.L. / Eisele, Y.S. / Bradbury, N.C. / Dong, J. / Noodleman, L. / Sharpless, K.B. / Wilson, I.A. ...著者: Baranczak, A. / Liu, Y. / Connelly, S. / Du, W.G. / Greiner, E.R. / Genereux, J.C. / Wiseman, R.L. / Eisele, Y.S. / Bradbury, N.C. / Dong, J. / Noodleman, L. / Sharpless, K.B. / Wilson, I.A. / Encalada, S.E. / Kelly, J.W.
履歴
登録2015年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly_auth_evidence ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8465
ポリマ－27,7132
非ポリマー1,1343
水2,810156
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,69310
ポリマ－55,4264
非ポリマー2,2676
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint16.5 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.093, 85.522, 64.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

2WN

21A-201-

2WN

31A-201-

2WN

41A-201-

2WN

51A-202-

4B8

61A-202-

4B8

71A-202-

4B8

81B-201-

2WN

91B-201-

2WN

101B-201-

2WN

111B-201-

2WN

121B-201-

2WN

詳細Tetramer confirmed by by size exclusion chromatography

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 13856.417 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pmmHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-2WN / 4-[5-(3,5-dichloro-4-hydroxyphenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl]phenyl sulfurofluoridate / フルオロ硫酸4-[5-(3,5-ジクロロ-4-ヒドロキシフェニル)-1,3,4-オキサジアゾ-ル-2-イル]フェニル


分子量: 405.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H7Cl2FN2O5S
#3: 化合物 ChemComp-4B8 / 2,6-dichloro-4-[5-(4-hydroxyphenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl]phenol


分子量: 323.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8Cl2N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The wt-TTR was concentrated to 4 mg/ml in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature with inhibitors using the vapor-diffusion sitting drop method, crystals ...詳細: The wt-TTR was concentrated to 4 mg/ml in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature with inhibitors using the vapor-diffusion sitting drop method, crystals were grown from 1.395 M sodium citrate, 3.5% v/v glycerol at ph 5.5. The crystals were frozen using a cryo-protectant solution of 1.395 m sodium citrate, ph 5.5, containing 10% v/v glycerol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月22日
放射モノクロメーター: ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS SIDE SCATTERING BENT CUBE-ROOT I -BEAM SINGLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.349→38.484 Å / Num. all: 53165 / Num. obs: 53165 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.031 / Rsym value: 0.028 / Net I/av σ(I): 13.804 / Net I/σ(I): 28.4 / Num. measured all: 338134
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.35-1.426.20.4491.64678375140.1940.4494.898
1.42-1.516.30.2762.64588572590.1190.2767.399.8
1.51-1.616.60.1554.64527568750.0650.15511.999.9
1.61-1.746.20.0997.23981263980.0430.09916.999.8
1.74-1.916.70.05612.73946359050.0230.05626.9100
1.91-2.136.30.03618.93393053610.0160.03640.499.8
2.13-2.466.60.02923.43122847600.0120.02951.499.8
2.46-3.026.20.02426.42506740430.0110.02459.199.8
3.02-4.276.20.01932.51990431970.0080.01974.399.4
4.27-38.4845.80.01731.61078718530.0080.01773.799.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QGB

2qgb


解像度: 1.35→38.484 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1917 / WRfactor Rwork: 0.1581 / FOM work R set: 0.8886 / SU B: 1.625 / SU ML: 0.031 / SU R Cruickshank DPI: 0.0572 / SU Rfree: 0.0556 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1951 2693 5 %RANDOM
Rwork0.1574 50399 --
obs0.1591 50399 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.06 Å2 / Biso mean: 21.614 Å2 / Biso min: 10.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→38.484 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1789 0 96 156 2041
Biso mean--23.09 33.46 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6942.0132877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3613.0034335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9355268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.79123.64785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76915311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4811511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0921.805974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0131.801973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4172.7081229
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.01233948
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.602555
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.12853974
LS精密化 シェル解像度: 1.349→1.384 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 180 -
Rwork0.213 3531 -
all-3711 -
obs--95.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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