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万見
- PDB-4yaz: 3',3'-cGAMP riboswitch bound with 3',3'-cGAMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yaz
タイトル3',3'-cGAMP riboswitch bound with 3',3'-cGAMP
要素RNA (84-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / riboswitch (リボスイッチ) / 3' / 3'-cGAMP / spinach (ホウレンソウ) / RNA structure (核酸構造) / c-di-GMP
機能・相同性Chem-4BW / : / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Geobacter (ゲオバクター属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ren, A.M. / Patel, D.J. / Rajashankar, R.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1 U19 CA179564 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Molecular Discrimination by a 3',3'-cGAMP Sensing Riboswitch.
著者: Ren, A. / Wang, X.C. / Kellenberger, C.A. / Rajashankar, K.R. / Jones, R.A. / Hammond, M.C. / Patel, D.J.
履歴
登録2015年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年7月22日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (84-MER)
A: RNA (84-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,26612
ポリマ－54,6792
非ポリマー1,58810
水3,225179
1
R: RNA (84-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1898
ポリマ－27,3391
非ポリマー8507
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RNA (84-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0774
ポリマ－27,3391
非ポリマー7383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.623, 50.517, 78.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (84-MER)


分子量: 27339.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geobacter (ゲオバクター属)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (In vitro)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-4BW / 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one / 3',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(3',5')pA(3',5')p] / cGAMP


分子量: 674.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Na/K-phosphate, pH 6.2-6.6, 0.2 M NaCl and 40-45% PEG400.
PH範囲: 6.2-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→78.3 Å / Num. obs: 32313 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2→2.16 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IRW

3irw


解像度: 2→42.504 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 1484 5.09 %
Rwork0.2125 --
obs0.2144 29171 81.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3624 98 179 3901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2026480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.8872106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.06420.3869750.31031400X-RAY DIFFRACTION24
2.0642-2.1380.40181000.29291642X-RAY DIFFRACTION28
2.138-2.22360.33581100.28331871X-RAY DIFFRACTION31
2.2236-2.32480.29711030.28732086X-RAY DIFFRACTION35
2.3248-2.44730.30821330.29642401X-RAY DIFFRACTION40
2.4473-2.60060.32741590.31532720X-RAY DIFFRACTION46
2.6006-2.80140.38571410.30283010X-RAY DIFFRACTION50
2.8014-3.08320.30991600.26153022X-RAY DIFFRACTION51
3.0832-3.52920.21351520.16793095X-RAY DIFFRACTION51
3.5292-4.44560.18211650.14463093X-RAY DIFFRACTION51
4.4456-42.51370.17041860.15613347X-RAY DIFFRACTION56
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 81.0664 Å / Origin y: -3.4857 Å / Origin z: 99.0224 Å
111213212223313233
T0.1997 Å2-0.0639 Å20.0362 Å2-0.1556 Å2-0.0202 Å2--0.165 Å2
L0.9173 °20.1581 °20.2803 °2-0.403 °20.2405 °2--0.4908 °2
S-0.066 Å °0.1114 Å °-0.1387 Å °-0.082 Å °0.029 Å °0.0078 Å °-0.0646 Å °0.0665 Å °0.0275 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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