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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y8d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cyclin-G associated kinase (GAK) complexed with selective 12i inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / kinase / nanobody / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of clathrin coat assembly / Golgi to lysosome transport / synaptic vesicle uncoating / protein localization to Golgi apparatus / clathrin coat disassembly / clathrin coat assembly / clathrin-dependent endocytosis / endoplasmic reticulum organization / clathrin-coated vesicle / clathrin binding ...regulation of clathrin coat assembly / Golgi to lysosome transport / synaptic vesicle uncoating / protein localization to Golgi apparatus / clathrin coat disassembly / clathrin coat assembly / clathrin-dependent endocytosis / endoplasmic reticulum organization / clathrin-coated vesicle / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Golgi organization / chaperone cofactor-dependent protein refolding / intracellular transport / cyclin binding / receptor-mediated endocytosis / protein localization to plasma membrane / negative regulation of neuron projection development / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / protein-folding chaperone binding / vesicle / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Chaikuad, A. / Heroven, C. / Nowak, R. / De Jonghe, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Selective Inhibitors of Cyclin G Associated Kinase (GAK) as Anti-Hepatitis C Agents. 著者: Kovackova, S. / Chang, L. / Bekerman, E. / Neveu, G. / Barouch-Bentov, R. / Chaikuad, A. / Heroven, C. / Sala, M. / De Jonghe, S. / Knapp, S. / Einav, S. / Herdewijn, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4y8d.cif.gz | 329.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4y8d.ent.gz | 267.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4y8d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/4y8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/4y8d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4c58S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38183.551 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 14-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 pRARE2 参照: UniProt: O14976, non-specific serine/threonine protein kinase #2: タンパク質 | 分子量: 15085.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lama glama (ラマ) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.75 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 9% Broad-molecular weight PEG Smears (BMW PEG smears), 0.1M MES pH 6.2, 0.15M calcium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→43.58 Å / Num. obs: 45797 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4C58 解像度: 2.1→43.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.053 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.498 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.342 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→43.58 Å
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拘束条件 |
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