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- PDB-4y4k: Crystal structure of the mCD1d/EF77/iNKTCR ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y4k
タイトルCrystal structure of the mCD1d/EF77/iNKTCR ternary complex
要素
  • (chimeric TCR ...) x 2
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC-fold / Ig-fold / glycolipid antigen presentation / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / late endosome / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / early endosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-49Y / T cell receptor alpha variable 11 / Beta-chain / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zajonc, D.M. / Birkholz, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI074952 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural modifications of alphaGalCer in both lipid and carbohydrate moiety influence activation of murine and human iNKT cells
著者: Birkholz, A. / Nemcovic, M. / Yu, E.D. / Girardi, E. / Wang, J. / Khurana, A. / Pauwels, N. / Franck, R.W. / Tsuji, M. / Howell, A. / Calenbergh, S. / Kronenberg, M. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Data collection
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: chimeric TCR Valpha14Jalpha18 chain (mouse variable, human constant domain)
D: chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1878
ポリマ－94,3764
非ポリマー1,8114
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area36710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.960, 191.070, 151.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1


分子量: 32632.668 Da / 分子数: 1 / 断片: Ectodomain, UNP residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, Cd1.1 / プラスミド: pBACpHp10 / 詳細 (発現宿主): dual promotor
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pBACp10pH / 詳細 (発現宿主): dual promotor
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01887

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Chimeric TCR ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 chimeric TCR Valpha14Jalpha18 chain (mouse variable, human constant domain) / Protein Trav11d / Human nkt tcr beta chain


分子量: 23055.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 遺伝子: Trav11, Trav11d, B2M, HDCMA22P / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A0A0B4J1J9*PLUS
#4: タンパク質 chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable, human constant domain) / Beta-chain / T-cell receptor beta-2 chain C region


分子量: 27026.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 遺伝子: TRBC2, TCRBC2 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A2NTY6*PLUS

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糖 , 2種, 3分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-49Y / (4Z)-9-[(1R,2R)-2-decylcyclopropyl]-N-[(2S,3S,4S)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]non-4-enamide


分子量: 798.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H87NO9

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詳細

配列の詳細Chimeric TCR Valpha14Jalpha18 chain (chain C) is made of: Mouse variable domain ...Chimeric TCR Valpha14Jalpha18 chain (chain C) is made of: Mouse variable domain (MKTQVEQSPQSLVVRQGENCVLQCNYSVTPDNHLRWFKQDTGKGLVSLTVLVDQKDKTSNGRYSATLDKDAKHSTLHITATLLDDTATYICVVGDRGSALGRLHFGAGTQLIVI) and Human constant domain (PDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS) Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (chain D) is made of: Mouse variable domain (MEAAVTQSPRNKVAVTGGKVTLSCNQTNNHNNMYWYRQDTGHGLRLIHYSYGAGSTEKGDIPDGYKASRPSQENFSLILELATPSQTSVYFCASGDEGYTQYFGPGTRLLVLEDLRNVTPPKVSLFEPSK) and Human constant domain (AEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYSLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRA)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M ammonium citrate dibasic / PH範囲: 5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9767 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月23日
放射モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9767 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→95.695 Å / Num. obs: 25092 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 32.27 Å2 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.206 / Rsym value: 0.172 / Net I/av σ(I): 4.105 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 81215
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-3.063.40.5941.21239736860.3840.5942.299.1
3.06-3.243.30.3971.91118934380.2580.397398.4
3.24-3.473.10.2752.7979232000.1810.2754.296.1
3.47-3.743.30.2013.3987230150.130.2015.598
3.74-4.13.30.1524.8935827990.0970.1526.998.3
4.1-4.593.10.1076.5770424840.0680.1078.395.4
4.59-5.293.30.0986.9757622710.0620.0989.198.8
5.29-6.483.20.126.1611318810.0770.127.896.4
6.48-9.173.20.0828.6465214700.0540.0829.495.3
9.17-75.65530.05511.425628480.0370.05512.394.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q7Y and 3QUZ

2q7y

3quz


解像度: 2.9→95.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 40.106 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2672 1272 5.1 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.21 23746 97.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.88 Å2 / Biso mean: 37.567 Å2 / Biso min: 19.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→95.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6165 0 122 0 6287
Biso mean--36.95 --
残基数----805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196492
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4661.9478877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9683.00513272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8985805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36324.25280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.95115928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9141527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.5643223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.861.5643222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5582.3374021
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 102 -
Rwork0.28 1751 -
all-1853 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01140.4067-0.24450.91820.02110.0886-0.02030.0556-0.12410.0173-0.04150.0841-0.00970.00740.06180.0914-0.0028-0.00660.3536-0.02150.0549cd1d-4.170613.734117.426
23.31510.6257-0.74131.5756-0.74020.5351-0.05890.2140.06030.23750.00460.1773-0.1087-0.05560.05430.12410.01530.00610.3358-0.03460.1683beta2m-22.822120.425620.6891
30.55290.51790.01640.8693-0.2910.29180.0256-0.0067-0.0910.0911-0.0287-0.0862-0.05050.0730.00310.1276-0.0141-0.03340.4443-0.01330.0244TCRalpha43.182851.366427.2339
40.90930.7555-0.24931.1507-0.19410.2784-0.0278-0.09790.0105-0.05070.00750.0488-0.01570.02840.02030.10960.0018-0.00160.37150.01610.0059TCRbeta34.70662.560613.5326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D2 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 203
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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