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- PDB-4xya: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xya | ||||||
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Title | Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a 2-amine-9H-purine ligand | ||||||
![]() | Bromodomain-containing protein 4 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Bromodomain / ligand / complex / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Amanitin/phalloidin toxin / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / toxin activity / Up-down Bundle / Mainly Alpha / 6-(5-bromo-1-benzofuran-7-yl)-9H-purin-2-amine / Alpha-amanitin proprotein 1![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Picaud, S. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Filippakopoulos, P. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: 9H-Purine Scaffold Reveals Induced-Fit Pocket Plasticity of the BRD9 Bromodomain. Authors: Picaud, S. / Strocchia, M. / Terracciano, S. / Lauro, G. / Mendez, J. / Daniels, D.L. / Riccio, R. / Bifulco, G. / Bruno, I. / Filippakopoulos, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 69.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 49.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 753 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 753 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15099.380 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 42-168 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-43S / |
#3: Chemical | ChemComp-EDO / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 20% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.1M bis-tris-propane pH 8.5, 0.2M sodium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: APEX II CCD / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→44.37 Å / Num. obs: 8708 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.73 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.37 / Num. measured all: 42017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.16 Å2 / Biso mean: 14.528 Å2 / Biso min: 3.97 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→39.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -6.6535 Å / Origin y: 25.6796 Å / Origin z: 8.8315 Å
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