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- PDB-4xx4: Renin in complex with (4S)-4-isopropyl-4-methyl-6-oxo-1-(3-(2-oxo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xx4
タイトルRenin in complex with (4S)-4-isopropyl-4-methyl-6-oxo-1-(3-(2-oxo-4-phenylpyrrolidin-1-yl)benzyl)tetrahydropyrimidin-2(1H)-iminium
要素Renin
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Animals / Antihypertensive Agents / Blood Pressure / Drug Design / Enzyme Inhibitors / Models / Molecular / Protein Conformation / Renin / Structure-Activity Relationship / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process ...renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / response to cAMP / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / insulin-like growth factor receptor binding / regulation of blood pressure / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Orth, P.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2015
タイトル: Iminopyrimidinones: a novel pharmacophore for the development of orally active renin inhibitors.
著者: McKittrick, B.A. / Caldwell, J.P. / Bara, T. / Boykow, G. / Chintala, M. / Clader, J. / Czarniecki, M. / Courneya, B. / Duffy, R. / Fleming, L. / Giessert, R. / Greenlee, W.J. / Heap, C. / ...著者: McKittrick, B.A. / Caldwell, J.P. / Bara, T. / Boykow, G. / Chintala, M. / Clader, J. / Czarniecki, M. / Courneya, B. / Duffy, R. / Fleming, L. / Giessert, R. / Greenlee, W.J. / Heap, C. / Hong, L. / Huang, Y. / Iserloh, U. / Josien, H. / Khan, T. / Korfmacher, W. / Liang, X. / Mazzola, R. / Mitra, S. / Moore, K. / Orth, P. / Rajagopalan, M. / Roy, S. / Sakwa, S. / Strickland, C. / Vaccaro, H. / Voigt, J. / Wang, H. / Wong, J. / Zhang, R. / Zych, A.
履歴
登録2015年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Data collection
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5925
ポリマ－74,5342
非ポリマー1,0583
水3,729207
1
A: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9073
ポリマ－37,2671
非ポリマー6402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6862
ポリマ－37,2671
非ポリマー4191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,77715
ポリマ－223,6026
非ポリマー3,1759
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area14110 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area73070 Å2
手法PISA
4
A: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7209
ポリマ－111,8013
非ポリマー1,9196
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area3990 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area40690 Å2
手法PISA
5
B: Renin
ヘテロ分子

B: Renin
ヘテロ分子

B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0576
ポリマ－111,8013
非ポリマー1,2563
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area3950 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area38550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.410, 142.410, 142.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-618-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Renin / Angiotensinogenase


分子量: 37267.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LTLG NTTSSVILTN YMDTQYYGEI GIGTPPQTFK VVFDTGSSNV WVPSSKCSRL YTACVYHKLF DASDSSSYKH NGTELTLRYS TGTVSGFLSQ DIITVGGITV TQMFGEVTEM PALPFMLAEF DGVVGMGFIE QAIGRVTPIF DNIISQGVLK EDVFSFYYNR DSENSQSLGG ...詳細: LTLG NTTSSVILTN YMDTQYYGEI GIGTPPQTFK VVFDTGSSNV WVPSSKCSRL YTACVYHKLF DASDSSSYKH NGTELTLRYS TGTVSGFLSQ DIITVGGITV TQMFGEVTEM PALPFMLAEF DGVVGMGFIE QAIGRVTPIF DNIISQGVLK EDVFSFYYNR DSENSQSLGG QIVLGGSDPQ HYEGNFHYIN LIKTGVWQIQ MKGVSVGSST LLCEDGCLAL VDTGASYISG STSSIEKLME ALGAKKRLFD YVVKCNEGPT LPDISFHLGG KEYTLTSADY VFQESYSSKK LCTLAIHAMD IPPPTGPTWA LGATFIRKFY TEFDRRNNRI GFALAR
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN / 細胞株 (発現宿主): 293 HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-70Y / (2Z,6S)-2-imino-6-methyl-3-{3-[(4R)-2-oxo-4-phenylpyrrolidin-1-yl]benzyl}-6-(propan-2-yl)tetrahydropyrimidin-4(1H)-one


分子量: 418.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG3350, 625 mM NaCl and citrate buffer pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 36079 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.065 / Net I/av σ(I): 7.891 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 108629
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allMean I/σ(I) obs
2.4-2.492.40.42834851.127192.4
2.49-2.582.60.33533851.09791.3
2.58-2.72.70.25434301.06692
2.7-2.842.80.19635241.06494.2
2.84-3.0230.15336411.09897.3
3.02-3.253.20.12537501.07799.3
3.25-3.583.30.10237431.04499.5
3.58-4.093.30.08637501.01999.1
4.09-5.143.30.07437131.01797.210
5.14-203.40.05936581.07992.910

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2I4Q

2i4q


解像度: 2.4→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9406 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9366 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2293 1379 3.84 %RANDOM
Rwork0.2098 ---
obs0.2105 35898 95.11 %-
原子変位パラメータBiso max: 122.73 Å2 / Biso mean: 46.9442 Å2 / Biso min: 23.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5120 0 76 207 5403
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1725SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes807HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5336HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion718SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5919SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5336HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7275HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.04
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 112 4.03 %
Rwork0.2589 2664 -
all0.2589 2776 -
obs--95.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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