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- PDB-4xby: Crystal Structure of the L74F/M78V/I80V/L114F mutant of LEH compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xby
タイトルCrystal Structure of the L74F/M78V/I80V/L114F mutant of LEH complexed with cyclopentene oxide
要素Limonene-1,2-epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / epoxide hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


limonene-1,2-epoxide hydrolase / limonene-1,2-epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Limonene-1,2-epoxide hydrolase / Limonene-1,2-epoxide hydrolase catalytic domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(1R,5S)-6-oxabicyclo[3.1.0]hexane / Limonene-1,2-epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
Model detailsA mutant of limonene 1,2-epoxide hydrolase
データ登録者Kong, X.D. / Sun, Z. / Xu, J.H. / Reetz, M.T. / Zhou, J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Reshaping an Enzyme Binding Pocket for Enhanced and Inverted Stereoselectivity: Use of Smallest Amino Acid Alphabets in Directed Evolution
著者: Sun, Z. / Lonsdale, R. / Kong, X.D. / Xu, J.H. / Zhou, J. / Reetz, M.T.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
D: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
E: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
F: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
G: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
H: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,29212
ポリマ－138,9558
非ポリマー3364
水10,737596
1
C: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
D: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9074
ポリマ－34,7392
非ポリマー1682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12350 Å2
手法PISA
2
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9074
ポリマ－34,7392
非ポリマー1682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
3
E: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
F: Limonene-1,2-epoxide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7392
ポリマ－34,7392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
4
G: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
H: Limonene-1,2-epoxide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7392
ポリマ－34,7392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.254, 60.677, 118.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D)

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要素

#1: タンパク質
Limonene-1,2-epoxide hydrolase


分子量: 17369.381 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 5-149 / 変異: L74F/M78V/I80V/L114F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
遺伝子: limA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZAG3, limonene-1,2-epoxide hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-3ZS / (1R,5S)-6-oxabicyclo[3.1.0]hexane / (1α,5α)-6-オキサビシクロ[3.1.0]ヘキサン


分子量: 84.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.4 M citrate sodium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年11月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 63084 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 36.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.027 / Net I/av σ(I): 7.787 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 276030
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.384.40.78165220.6760.40.8821.05999.3
2.38-2.484.50.64865180.7860.3310.7311.06698.9
2.48-2.594.50.50664680.8570.260.5721.09598.2
2.59-2.734.40.37364490.9040.1930.4221.08397.7
2.73-2.94.40.27664580.9430.1420.3131.07597.3
2.9-3.124.40.18863740.9690.0970.2131.03296.8
3.12-3.444.30.13863600.9770.0720.1571.00995.9
3.44-3.934.20.10960740.980.0580.1240.98191.3
3.93-4.954.20.08956570.9790.0480.1020.89284.4
4.95-504.40.07262040.990.0380.0820.93990.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NU3

1nu3


解像度: 2.3→29.87 Å / FOM work R set: 0.7888 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 3117 4.94 %
Rwork0.211 59922 -
obs0.2138 63039 94.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.74 Å2 / Biso mean: 31.41 Å2 / Biso min: 9.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8944 0 23 596 9563
Biso mean--30.92 29.95 -
残基数----1140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09212482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8483282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.33610.33541560.2612745290196
2.3361-2.37430.32251500.24512791294199
2.3743-2.41530.32471730.24032832300599
2.4153-2.45920.32211320.24582800293299
2.4592-2.50640.32041350.24612810294598
2.5064-2.55760.34551370.23652813295098
2.5576-2.61310.28881440.23192808295298
2.6131-2.67390.29351450.23392779292498
2.6739-2.74070.31281650.21732767293298
2.7407-2.81480.30111490.22082771292098
2.8148-2.89750.28231510.21992798294997
2.8975-2.9910.291410.212741288297
2.991-3.09780.28371670.2052744291196
3.0978-3.22170.24921520.21032769292196
3.2217-3.36810.30061540.20952738289296
3.3681-3.54540.28861380.20662681281993
3.5454-3.76710.27021110.19972608271990
3.7671-4.05730.23821250.20192639276492
4.0573-4.46440.2311270.18572462258985
4.4644-5.10770.19451250.18332362248782
5.1077-6.42460.22471210.20572753287494
6.4246-29.87260.2571190.21692711283089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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