[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4xby: Crystal Structure of the L74F/M78V/I80V/L114F mutant of LEH compl... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xby | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the L74F/M78V/I80V/L114F mutant of LEH complexed with cyclopentene oxide | ||||||
![]() | Limonene-1,2-epoxide hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / epoxide hydrolase | ||||||
Function / homology | ![]() limonene-1,2-epoxide hydrolase / limonene-1,2-epoxide hydrolase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | A mutant of limonene 1,2-epoxide hydrolase | ||||||
![]() | Kong, X.D. / Sun, Z. / Xu, J.H. / Reetz, M.T. / Zhou, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Reshaping an Enzyme Binding Pocket for Enhanced and Inverted Stereoselectivity: Use of Smallest Amino Acid Alphabets in Directed Evolution Authors: Sun, Z. / Lonsdale, R. / Kong, X.D. / Xu, J.H. / Zhou, J. / Reetz, M.T. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 242.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 194.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 516.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 526.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 46.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 65.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xbtC ![]() 4xbxC ![]() 4xdvC ![]() 4xdwC ![]() 1nu3S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 17369.381 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 5-149 / Mutation: L74F/M78V/I80V/L114F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-3ZS / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.8 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 1.4 M citrate sodium |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 24, 2014 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 63084 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 36.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.027 / Net I/av σ(I): 7.787 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 276030 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1NU3 Resolution: 2.3→29.87 Å / FOM work R set: 0.7888 / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.06 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.74 Å2 / Biso mean: 31.41 Å2 / Biso min: 9.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→29.87 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
|