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- PDB-4x8u: FACTOR VIIA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR 5-CHLORO-1H-INDOLE-2-CA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x8u
タイトルFACTOR VIIA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR 5-CHLORO-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID
要素
  • Factor VIIa (Heavy Chain)
  • Factor VIIa (Light Chain)
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / GLYCOPROTEIN / HYDROLASE / SERINE PROTEASE / PLASMA / BLOOD COAGULATION FACTOR / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / CALCIUM- BINDING / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / response to vitamin K / response to carbon dioxide ...coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / response to vitamin K / response to carbon dioxide / response to thyroxine / positive regulation of leukocyte chemotaxis / response to growth hormone / response to cholesterol / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / animal organ regeneration / positive regulation of blood coagulation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / protein processing / Golgi lumen / response to estrogen / circadian rhythm / blood coagulation / response to estradiol / collagen-containing extracellular matrix / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-chloro-1H-indole-2-carboxylic acid / Coagulation factor VII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wei, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of Novel P1 Groups for Coagulation Factor VIIa Inhibition Using Fragment-Based Screening.
著者: Cheney, D.L. / Bozarth, J.M. / Metzler, W.J. / Morin, P.E. / Mueller, L. / Newitt, J.A. / Nirschl, A.H. / Rendina, A.R. / Tamura, J.K. / Wei, A. / Wen, X. / Wurtz, N.R. / Seiffert, D.A. / ...著者: Cheney, D.L. / Bozarth, J.M. / Metzler, W.J. / Morin, P.E. / Mueller, L. / Newitt, J.A. / Nirschl, A.H. / Rendina, A.R. / Tamura, J.K. / Wei, A. / Wen, X. / Wurtz, N.R. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Priestley, E.S.
履歴
登録2014年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Factor VIIa (Heavy Chain)
L: Factor VIIa (Light Chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,93810
ポリマ－34,1342
非ポリマー8048
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.200, 95.200, 116.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-440-

HOH

詳細chains H & L

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 HL

#1: タンパク質 Factor VIIa (Heavy Chain) / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 213-466 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#2: タンパク質 Factor VIIa (Light Chain) / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 6030.827 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 150-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa

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非ポリマー , 5種, 277分子

#3: 化合物 ChemComp-3ZB / 5-chloro-1H-indole-2-carboxylic acid / 5-クロロ-1H-インド-ル-2-カルボン酸


分子量: 195.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6ClNO2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES, pH 6.0, 20 mM CACL2, 17.5%(W/V) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 30550 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 27.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Rejects: 0 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FACTOR VIIA/LIGAND

解像度: 2.1→39.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9484 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9295 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2014 2984 10.09 %RANDOM
Rwork0.1735 ---
obs0.1763 29583 92.86 %-
原子変位パラメータBiso max: 108.51 Å2 / Biso mean: 30.13 Å2 / Biso min: 11.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0457 Å20 Å20 Å2
2--2.0457 Å20 Å2
3----4.0913 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.213 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→39.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 0 46 269 2656
Biso mean--49.46 37.53 -
残基数----306
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d838SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes401HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2496HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion320SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3022SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2496HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3420HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.88
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 282 10.2 %
Rwork0.1954 2483 -
all0.1988 2765 -
obs--92.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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