PDB-4x7x: MycF mycinamicin III 3'-O-methyltransferase (E35Q, E139A variant)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x7x

タイトル

MycF mycinamicin III 3'-O-methyltransferase (E35Q, E139A variant) in complex with Mg, SAH and macrocin

要素

Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

キーワード

Transferase/Antibiotic / macrolide / methyltransferase / antibiotic / natural product / Transferase-Antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mycinamicin III 3''-O-methyltransferase / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / small molecule binding / methylation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora griseorubida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Bernard, S.M. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Substrate Specificity and Regiochemistry in the MycF/TylF Family of Sugar O-Methyltransferases.
著者: Bernard, S.M. / Akey, D.L. / Tripathi, A. / Park, S.R. / Konwerski, J.R. / Anzai, Y. / Li, S. / Kato, F. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2014年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x7x.cif.gz	222.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x7x.ent.gz	176.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x7x_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x7x_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4x7x_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	4x7x_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x7uC 4x7vC 4x7wC 4x7yC 4x7zC 4x81C 4xvySC 4xvzC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x7v-d 1rrk-d 2y7g-d 4x7z-d 5juc-1 4x81-d 5o2g-d 2zi6-3 1rs0-d 4y6u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

B: Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

ヘテロ分子

64.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.229, 91.642, 128.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase / Mycinamicin biosynthesis protein F 分子量: 30757.541 Da / 分子数: 2 / 変異: E35Q, E139A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora griseorubida (バクテリア) 遺伝子: mycF / プラスミド: pET28b-mycF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q49492, mycinamicin III 3''-O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-3ZP / 2-[(4R,5S,6S,7R,9R,11E,13E,15R,16R)-6-[(2R,3R,4R,5S,6R)-4-(dimethylamino)-5-[(2S,4R,5S,6S)-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-16-ethyl-15-[[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-methoxy-6-methyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-5,9,13-trimethyl-4-oxidanyl-2,10-bis(oxidanylidene)-1-oxacyclohexadeca-11,13-dien-7-yl]ethanal / Macrocin / Tylosin C 分子量: 902.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₇₅NO₁₇ / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化	温度: 293.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20-30% PEG 5000 MME, 100 mM ammonium acetate and 100 mM BisTrisPropane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 60579 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7.3 % / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XVY

4xvy

解像度: 1.75→44.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.553 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18607	3020	5 %	RANDOM
R_work	0.16513	-	-	-
obs	0.16617	57489	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.523 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3964	0	180	399	4543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.347	1.959	5812
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.809	3	9026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.872	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.241	22.981	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.31	15	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.016	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.665	1.137	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.665	1.137	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.088	1.7	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.088	1.701	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.24	1.411	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.24	1.411	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.018	2.068	3299
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.319	10.721	5127
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.319	10.724	5128
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.794 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	222	-
R_work	0.202	3948	-
obs	-	-	93.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1034	0.0681	-0.1257	1.7879	1.0447	0.8988	-0.0367	-0.0636	-0.0112	0.0512	0.0416	-0.0757	0.103	0.1269	-0.0049	0.0388	0.0136	0.0145	0.0663	-0.0003	0.0418	52.9915	188.263	143.74
2	0.5096	0.4606	-0.3005	1.8091	-0.3815	0.2923	-0.0362	-0.003	-0.0583	-0.009	-0.0069	-0.1335	-0.0089	0.0085	0.0431	0.0217	0.0039	0.0086	0.0576	0.0073	0.0312	51.6068	187.3529	150.0067
3	0.3972	-0.056	-0.3492	0.4122	0.0152	0.3167	-0.0735	0.0723	-0.0333	-0.0671	0.0298	-0.0104	0.0681	-0.0763	0.0438	0.0518	-0.016	0.0058	0.0576	-0.0089	0.0352	38.9902	177.9018	148.3919
4	0.0274	0.1506	-0.0721	1.2738	-0.2221	3.8121	0.03	0.0219	0.025	0.1315	0.0338	0.0829	-0.116	-0.0442	-0.0638	0.039	0.031	0.0222	0.0365	0.0264	0.0495	37.2217	200.8577	160.6611
5	0.3684	-0.2037	-0.392	0.6867	-0.3119	0.9582	0.0092	0.1073	-0.006	-0.0488	0.03	0.0488	0.0172	-0.2053	-0.0392	0.0131	-0.0155	-0.0107	0.0897	0.0075	0.0263	31.8582	184.8013	147.9936
6	0.5882	0.4353	0.0519	0.8654	0.2849	0.5177	0.0302	-0.0413	-0.0185	0.0143	-0.0464	0.0078	-0.0009	-0.0187	0.0162	0.0201	-0.0001	0.0035	0.0561	0.0175	0.0369	39.1617	183.124	162.6504
7	0.9309	0.6356	-0.4922	0.605	-0.2404	1.4869	0.0409	-0.1262	-0.0822	0.0104	-0.0638	-0.0503	-0.0062	0.0675	0.0229	0.0077	0.0033	-0.0019	0.0613	0.0355	0.0445	45.2025	181.1824	167.8533
8	0.1986	-0.2201	-0.2215	2.0112	-0.9135	1.0085	-0.0042	0.0738	-0.0143	-0.0907	0.0089	0.0557	0.0732	-0.1402	-0.0046	0.0426	-0.0048	0.0181	0.0682	0.0004	0.0207	47.412	188.3387	128.8541
9	0.4329	-0.4941	-0.3713	2.1113	0.4888	0.4571	-0.0167	0.0167	-0.0515	-0.013	-0.0142	0.1286	-0.0222	-0.018	0.0309	0.0238	0.0031	0.0087	0.0591	-0.0014	0.023	48.7874	187.4147	122.5771
10	0.5002	0.143	-0.2546	0.729	0.0226	0.2155	-0.0705	-0.0524	-0.0187	0.0492	0.0198	0.0307	0.0409	0.0695	0.0508	0.0529	0.0139	0.01	0.0517	0.0108	0.0282	61.3451	177.9232	124.2029
11	0.2655	0.3512	-0.8538	1.0612	-0.7666	3.0448	0.0134	-0.0102	0.0098	-0.0197	-0.0304	-0.0209	-0.07	0.0174	0.017	0.0332	-0.0031	0.0046	0.0116	0.0007	0.0674	63.2449	200.8947	112.114
12	0.4579	0.1731	-0.3162	0.7073	0.3059	1.1522	0.0029	-0.0907	0.0178	0.0683	0.0263	-0.081	0.024	0.1966	-0.0292	0.0105	0.0134	-0.0091	0.0773	0.002	0.0195	68.4861	184.7979	124.7072
13	0.5649	-0.4104	0.0746	0.9871	-0.4087	0.4773	0.0151	0.069	-0.0118	0.0157	-0.0221	0.0043	0.0043	0.0313	0.007	0.0248	-0.0001	0.0054	0.0553	-0.0086	0.0329	61.2698	183.2	110.0187
14	1.4043	-0.4063	-0.5341	0.7276	-0.0429	1.2061	0.0503	0.1609	-0.0469	0.0241	-0.0319	0.0292	0.0265	-0.0579	-0.0184	0.0099	-0.002	0.0013	0.0613	-0.028	0.0301	55.277	181.3039	104.7409

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	73 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	116 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	146 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	183 - 223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	224 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	4 - 36
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	37 - 72
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	73 - 115
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	116 - 145
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	146 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	183 - 223
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	224 - 253

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)