[日本語] English
万見
- PDB-4x7r: Crystal structure of S. aureus TarM G117R mutant in complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x7r
タイトルCrystal structure of S. aureus TarM G117R mutant in complex with Fondaparinux, alpha-GlcNAc-glycerol and UDP
要素TarM
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase GT-B Retaining Wall teichoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(ribitol-phosphate) alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / poly(ribitol-phosphate) N-acetylglucosaminyltransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
fondaparinux / Chem-3YW / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Poly(ribitol-phosphate) alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus 21178 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Sobhanifar, S. / Strynadka, N.C.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of Staphylococcus aureus TarM, the wall teichoic acid alpha-glycosyltransferase.
著者: Sobhanifar, S. / Worrall, L.J. / Gruninger, R.J. / Wasney, G.A. / Blaukopf, M. / Baumann, L. / Lameignere, E. / Solomonson, M. / Brown, E.D. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年7月12日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 2.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TarM
B: TarM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,3438
ポリマ－114,9282
非ポリマー4,4156
水6,575365
1
A: TarM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6724
ポリマ－57,4641
非ポリマー2,2083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
2
B: TarM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6724
ポリマ－57,4641
非ポリマー2,2083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.470, 92.140, 96.110
Angle α, β, γ (deg.)65.890, 83.660, 84.120
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 TarM


分子量: 57463.836 Da / 分子数: 2 / 変異: G117R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus 21178 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SA21178_0837 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H0AM96, UniProt: A0A0H2WWV6*PLUS
#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside / fondaparinux


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗凝固薬 / 分子量: 1508.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: fondaparinux
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,5,4/[a2122h-1a_1-5_1*OC_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-3-4-5/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO33SO36SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 糖 ChemComp-3YW / (2S)-2,3-dihydroxypropyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside / (2S)-2,3-dihydroxypropyl 2-(acetylamino)-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside / (2S)-2,3-dihydroxypropyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucoside / (2S)-2,3-dihydroxypropyl 2-acetamido-2-deoxy-D-glucoside / (2S)-2,3-dihydroxypropyl 2-acetamido-2-deoxy-glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 295.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H21NO8
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 MES pH 6.5, 10-14 % w/v PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月22日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→87.48 Å / Num. obs: 71890 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 42.52 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 276850 / Scaling rejects: 78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.15-2.22.80.5051.61303045840.7370.37696.7
10.31-87.483.80.04920.825236570.9950.0398.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→87.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9505 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9402 / SU R Cruickshank DPI: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1997 3707 5.16 %RANDOM
Rwork0.1792 ---
obs0.1803 71885 97.87 %-
原子変位パラメータBiso max: 182.34 Å2 / Biso mean: 58.09 Å2 / Biso min: 25.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3942 Å23.294 Å23.6011 Å2
2---5.8058 Å2-4.5802 Å2
3---3.4115 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→87.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8080 0 272 365 8717
Biso mean--53.83 53.6 -
残基数----986
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3150SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes242HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1176HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8516HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1144SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9821SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8516HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11484HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.62
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 240 4.57 %
Rwork0.1884 5010 -
all0.1892 5250 -
obs--97.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5296-0.19350.73020.6935-0.80252.6274-0.0026-0.12640.10830.14370.055-0.0336-0.4003-0.0963-0.0524-0.1652-0.0590.0303-0.05810.0823-0.09977.1552-1.468-88.8684
20.48480.3908-0.23831.5717-1.37562.02790.01530.1048-0.1239-0.2851-0.0582-0.02310.32810.02940.0429-0.1785-0.004-0.0143-0.00040.0579-0.1643-7.246843.9156-57.155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 493
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 493

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る