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- PDB-4wsj: Crystal structure of a bacterial fucodiase in complex with 1-((1R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wsj
タイトルCrystal structure of a bacterial fucodiase in complex with 1-((1R,2R,3R,4R,5R,6R)-2,3,4-trihydroxy-5-methyl-7-azabicyclo[4.1.0]heptan-7-yl)ethan-1-one
要素Alpha-L-fucosidase
キーワードHYDROLASE / Fucosidase Complex Covalent Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3U3 / Alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Davies, G.J. / Wright, D.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilA0067812 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: In vitroandin vivocomparative and competitive activity-based protein profiling of GH29 alpha-l-fucosidases.
著者: Jiang, J. / Kallemeijn, W.W. / Wright, D.W. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Rohde, V.C. / Folch, E.C. / van den Elst, H. / Florea, B.I. / Scheij, S. / Donker-Koopman, W.E. / Verhoek, M. / ...著者: Jiang, J. / Kallemeijn, W.W. / Wright, D.W. / van den Nieuwendijk, A.M.C.H. / Rohde, V.C. / Folch, E.C. / van den Elst, H. / Florea, B.I. / Scheij, S. / Donker-Koopman, W.E. / Verhoek, M. / Li, N. / Schurmann, M. / Mink, D. / Boot, R.G. / Codee, J.D.C. / van der Marel, G.A. / Davies, G.J. / Aerts, J.M.F.G. / Overkleeft, H.S.
履歴
登録2014年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-fucosidase
B: Alpha-L-fucosidase
C: Alpha-L-fucosidase
D: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,38613
ポリマ－206,0934
非ポリマー1,2939
水29,1481618
1
A: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9194
ポリマ－51,5231
非ポリマー3953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9194
ポリマ－51,5231
非ポリマー3953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8233
ポリマ－51,5231
非ポリマー2992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Alpha-L-fucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7272
ポリマ－51,5231
非ポリマー2031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.480, 186.980, 98.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA35 - 4721 - 438
21ALAALABB35 - 4721 - 438
12ARGARGAA35 - 4701 - 436
22ARGARGCC35 - 4701 - 436
13ALAALAAA35 - 4721 - 438
23ALAALADD35 - 4721 - 438
14ARGARGBB35 - 4701 - 436
24ARGARGCC35 - 4701 - 436
15LYSLYSBB35 - 4731 - 439
25LYSLYSDD35 - 4731 - 439
16ARGARGCC35 - 4701 - 436
26ARGARGDD35 - 4701 - 436

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-L-fucosidase


分子量: 51523.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A3I4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-3U3 / N-[(1S,2R,3R,4S,5R)-3,4,5-trihydroxy-2-methylcyclohexyl]acetamide


分子量: 203.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→93.49 Å / Num. obs: 238023 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDRejects% possible all
1.64-1.684.20.6781098.6
7.33-93.494.10.0341098.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JFV

4jfv


解像度: 1.64→93.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.1946 / WRfactor Rwork: 0.1645 / FOM work R set: 0.8595 / SU B: 1.967 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0858 / SU Rfree: 0.0862 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1943 11927 5 %RANDOM
Rwork0.1642 226036 --
obs0.1657 226036 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.39 Å2 / Biso mean: 25.202 Å2 / Biso min: 10.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å2-0 Å2-0.09 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→93.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14062 0 81 1618 15761
Biso mean--24.32 35.33 -
残基数----1761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0214584
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0213095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7771.9319867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4463.00230114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.97851760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.3924.174690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66152271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9621564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.22053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02116600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.023492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2282.3477043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2282.3467042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8423.5158796
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A261840.07
12B261840.07
21A258850.07
22C258850.07
31A260400.06
32D260400.06
41B262410.07
42C262410.07
51B260390.07
52D260390.07
61C259140.07
62D259140.07
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 852 -
Rwork0.272 16847 -
all-17699 -
obs--98.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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