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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ws8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis uracil-DNA glycosylase in complex with 2-thiouracil, Form V | ||||||
![]() | Uracil-DNA glycosylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / DNA-repair / Excision repair / Conformational selection / Ligand-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / base-excision repair / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arif, S.M. / Geethanandan, K. / Mishra, P. / Surolia, A. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural plasticity in Mycobacterium tuberculosis uracil-DNA glycosylase (MtUng) and its functional implications. 著者: Arif, S.M. / Geethanandan, K. / Mishra, P. / Surolia, A. / Varshney, U. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Structure of uracil-DNA glycosylase from Mycobacterium tuberculosis: insights into interactions with ligands. 著者: Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Varshney, U. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Unique features of the structure and interactions of mycobacterial uracil-DNA glycosylase: structure of a complex of the Mycobacterium tuberculosis enzyme in comparison with those from other sources. 著者: Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Krishna, P.D. / Varshney, U. / Vijayan, M. #3: ![]() タイトル: Domain closure and action of uracil DNA glycosylase (UDG): structures of new crystal forms containing the Escherichia coli enzyme and a comparative study of the known structures involving UDG. 著者: Saikrishnan, K. / Bidya Sagar, M. / Ravishankar, R. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M. #4: ![]() タイトル: X-ray analysis of a complex of Escherichia coli uracil DNA glycosylase (EcUDG) with a proteinaceous inhibitor. The structure elucidation of a prokaryotic UDG. 著者: Ravishankar, R. / Bidya Sagar, M. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4wpkC ![]() 4wplC ![]() 4wruC ![]() 4wrvC ![]() 4wrwC ![]() 4wrxC ![]() 4wryC ![]() 4wrzC ![]() 4ws0C ![]() 4ws1C ![]() 4ws2C ![]() 4ws3C ![]() 4ws4C ![]() 4ws5C ![]() 4ws6C ![]() 4ws7C ![]() 3a7nS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25813.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ung, Rv2976c, MTCY349.11 / プラスミド: pRSETB MTUUDG / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TUL / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6 詳細: Ammonium acetate, Sodium citrate tribasic dihydrate, PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978565 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→40.69 Å / Num. obs: 41291 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.923 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3A7N 解像度: 1.4→40.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.401 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.4→40.69 Å
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拘束条件 |
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