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- PDB-4wq2: Human calpain PEF(S) with (Z)-3-(6-bromondol-3-yl)-2-mercaptoacry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wq2
タイトルHuman calpain PEF(S) with (Z)-3-(6-bromondol-3-yl)-2-mercaptoacrylic acid bound
要素Calpain small subunit 1
キーワードHYDROLASE / Calpain / Domain VI / PEF(S) / Human / Calcium Binding / Protease / EF-Hand
機能・相同性
機能・相同性情報


calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / Formation of the cornified envelope / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of macroautophagy / Degradation of the extracellular matrix / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular exosome ...calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / Formation of the cornified envelope / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of macroautophagy / Degradation of the extracellular matrix / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3SU / Calpain small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Adams, S.E. / Rizkallah, P.J. / Miller, D.J. / Hallett, M.B. / Allemann, R.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0701192 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Conformationally restricted calpain inhibitors.
著者: Adams, S.E. / Robinson, E.J. / Miller, D.J. / Rizkallah, P.J. / Hallett, M.B. / Allemann, R.K.
履歴
登録2014年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation_wavelength ...atom_site / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calpain small subunit 1
B: Calpain small subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,19816
ポリマ－40,0332
非ポリマー1,16514
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.720, 78.430, 56.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Calpain small subunit 1 / CSS1 / Calcium-activated neutral proteinase small subunit / CANP small subunit / Calcium-dependent ...CSS1 / Calcium-activated neutral proteinase small subunit / CANP small subunit / Calcium-dependent protease small subunit / CDPS / Calcium-dependent protease small subunit 1 / Calpain regulatory subunit


分子量: 20016.607 Da / 分子数: 2 / 断片: Protease domain, UNP residues 92-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPNS1, CAPN4, CAPNS / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04632
#2: 化合物 ChemComp-3SU / (2Z)-3-(6-bromo-1H-indol-3-yl)-2-sulfanylprop-2-enoic acid


分子量: 298.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8BrNO2S
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3 UL PROTEIN (10 MG/ML PEF(S), 5 MM SODIUM CACODYLATE, 2 MM EDTA, 5 MM BME, 1 MM CALCIUM CHLORIDE, PH 7.0) + 3 UL PRECIPITANT (50 MM SODIUM CACODYLATE, 12.5% PEG6000, 20 MM CALCIUM CHLORIDE, PH 7.0) + 1 UL WATER

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→41.99 Å / Num. all: 51550 / Num. obs: 51550 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 190491
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.64-1.683.60.9011.71358337490.6660.54796.5
7.33-41.993.40.03340.219345620.9890.02289.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.12データスケーリング
Coot0.6.2モデル構築
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4phj

4phj


解像度: 1.64→41.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.2032 / WRfactor Rwork: 0.1735 / FOM work R set: 0.8594 / SU B: 3.918 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.0853 / SU Rfree: 0.0848 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1966 2620 5.1 %RANDOM
Rwork0.1699 48906 --
obs0.1713 48906 97.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.85 Å2 / Biso mean: 34.082 Å2 / Biso min: 14.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å2-0.38 Å2
2--1.07 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→41.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 56 157 3019
Biso mean--53.53 41.46 -
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9671.9534215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0043.0016591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1925390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.42424.268157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97915556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2461522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2032.161506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2032.161505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0583.2281914
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 202 -
Rwork0.27 3542 -
all-3744 -
obs--96.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10760.0346-0.21320.9144-0.56460.50610.0022-0.05120.07930.09090.07580.0477-0.0778-0.0825-0.0780.02830.0015-0.00050.06040.00020.05920.32410.089527.7861
21.1902-0.3880.3820.21820.12491.3270.14690.0598-0.0163-0.0455-0.0622-0.04910.1891-0.1138-0.08470.0759-0.0335-0.00030.09460.02580.067935.60870.007912.685
318.5742-15.58391.791217.13982.48534.0858-0.0264-0.1324-0.0715-0.3164-0.14150.2357-0.3356-0.25780.16790.1372-0.00080.00240.10490.01570.148.89876.943933.1037
429.5398-3.6482-16.47891.7328-0.573717.8330.6359-0.31180.6305-0.1295-0.0398-0.1564-0.23910.6097-0.5960.1641-0.0165-0.01950.1863-0.02430.16136.9509-11.40436.7792
51.93251.0384-1.65261.4115-0.74271.43810.0422-0.0064-0.01730.0909-0.0735-0.0272-0.0011-0.01040.03130.09-0.0157-0.03980.083-0.01250.08519.22113.882428.3406
62.32811.2654-0.0521.64930.85050.80460.06040.0467-0.01470.0988-0.14190.08240.0642-0.15730.08150.1773-0.05020.0050.13110.02010.035230.4349-3.412911.8867
70.5543-0.1841-1.74340.57210.05286.11680.08460.03030.0237-0.0184-0.0759-0.0462-0.2582-0.0581-0.00870.0213-0.0117-0.00230.03770.01680.033224.21174.684120.912
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A96 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2B96 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3A270
4X-RAY DIFFRACTION4B270
5X-RAY DIFFRACTION5A301 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6B301 - 304
7X-RAY DIFFRACTION7E1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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