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- PDB-4wiv: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wiv | ||||||
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Title | Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a novel inhibitor UMB32 (N-TERT-BUTYL-2-[4-(3,5-DIMETHYL-1,2-OXAZOL-4-YL) PHENYL]IMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3-AMINE) | ||||||
![]() | Bromodomain-containing protein 4 | ||||||
![]() | transcription/transcription inhibitor / Drug Discovery / Epigenesis / Structure-Activity Relationship / Tumor / transcription-transcription inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Amanitin/phalloidin toxin / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / toxin activity / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Chem-3P2 / Alpha-amanitin proprotein 1![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, X. / Blacklow, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Biased multicomponent reactions to develop novel bromodomain inhibitors. Authors: McKeown, M.R. / Shaw, D.L. / Fu, H. / Liu, S. / Xu, X. / Marineau, J.J. / Huang, Y. / Zhang, X. / Buckley, D.L. / Kadam, A. / Zhang, Z. / Blacklow, S.C. / Qi, J. / Zhang, W. / Bradner, J.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 73.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 53.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3mxfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15099.380 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 44-168 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-3P2 / | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: Crystals of inhibitor-free BRD4-BD1 were first obtained in a drop with equal volumes of BD1 at 12 mg/ml and a precipitant solution containing 100mM sodium nitrate, 5% ethylene glycol, and ...Details: Crystals of inhibitor-free BRD4-BD1 were first obtained in a drop with equal volumes of BD1 at 12 mg/ml and a precipitant solution containing 100mM sodium nitrate, 5% ethylene glycol, and 18% (w/v) PEG3350, as precipitant. Rod-like crystals were typically grown in 10 days reaching a maximal size of 0.05x0.05x0.4 mm3. Then, native crystals were transferred and soaked in 1 mM UMB32 in the same crystallization buffer for 7 days. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 14, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si(311) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.56→35.45 Å / Num. obs: 19177 / % possible obs: 99.58 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.04 Å2 / Net I/σ(I): 9.88 |
Reflection shell | Resolution: 1.56→1.616 Å / Redundancy: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / % possible all: 100 |
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Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.9_1678) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3MXF Resolution: 1.56→35.449 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.56→35.449 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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